И Новгородский владыка, подобно всем прочим, давал пред рукоположением своим обет соблюдать мир церковный и повиноваться во всем митрополиту. Но иногда политические, неприязненные отношения Новгорода к Москве, которым не мог вполне не сочувствовать владыка как гражданин и духовный глава Новгорода, а иногда и личные отношения самого владыки к митрополиту были причиною того, что Новгородские архиепископы оказывали непокорность своему первосвятителю, жаловались на него, даже противодействовали ему. В первый раз это обнаружилось в 1353 г. при архиепископе Моисее и, кажется, по одним личным побуждениям. Известно, что предшественнику Моисея Василию митрополит Феогност дал (1346) право носить крещатые ризы – важное преимущество, по понятиям того времени, а Моисею не давал, дал потом это же право и Владимирскому епископу Алексию, только что рукоположенному (декабрь 1352 г.). И вот чрез несколько месяцев Моисей послал в Царьград просить «исправления о непотребных вещех, происходящих с насилием от митрополита», выставлял пред патриархом, что Феогност дал крещатые ризы даже новопоставленному епископу Владимирскому, и умолял пожаловать и ему, архиепископу, такие же ризы. Патриарх отвечал Моисею, что, согласно с его собственным желанием и молением, жалует и ему крещатую ризу, но с тем, чтобы он повиновался во всем своему митрополиту по священным канонам и отнюдь не дерзал и не искал предлогов противиться ему, угрожая в противном случае утвердить все, что сделает над ним митрополит. То же повторилось при преемнике Моисея – владыке Алексии, и уже не по одним личным, а и по политическим побуждениям. Митрополит известил патриарха, что этот владыка самовольно присвояет себе право носить крещатую фелонь, данное его предшественнику, и не только не оказывает должной чести и послушания ему, митрополиту, и великому князю, но и противится им, противоречит. Патриарх написал (1370) к архиепископу, чтобы он снял с своей фелони кресты без всяких отговорок и воздавал надлежащее почтение и покорность как митрополиту, так и великому князю и прибавил: «Если же ты не исполнишь моего приказания, то я велю митрополиту удалить тебя и снять с тебя архиерейство». Наконец, всего более обнаружилось противление Новгородского владыки, как и всего Новгорода, митрополиту в известном споре о месячном митрополичьем суде (1385–1395), когда действовали исключительно политические причины. Других случаев такого противления, кроме трех указанных, мы не знаем, а выводить из этих трех мысль, будто Новгородские архиепископы искали себе независимости церковной и домогались отделения своей епархии от митрополии, значит, по нашему мнению, преувеличивать дело. Большею частию, особенно когда Новгород находился в добрых отношениях к великому князю московскому, Новгородские владыки сохраняли надлежащее повиновение к митрополиту, с честию принимали его у себя, без прекословия отправлялись к нему сами по его требованию и подчинялись его суду и положенному от него наказанию.