Все эти многолетние смуты и нестроения в митрополии не отклоняли святителя Алексия от его пастырских обязанностей. Он объезжал епархии и в 1358 г., при жизни еще Романа, посетил, между прочим, Киев, где пробыл около двух лет. Без сомнения, во время этого-то путешествия в юго-западные области святой Алексий подвергся нападению литовского князя Ольгерда, который обманом пленил всех его спутников, расхитил находившееся при нем многоценное имущество, и самого заключил под стражу, и умертвил бы, если бы святитель при содействии некоторых не ушел тайно, как беглец. Не здесь ли надобно искать объяснения, почему святой Алексий до конца своей жизни не посещал более ни Киева, ни вообще владений литовского князя, на что, как увидим, столько жаловался Ольгерд? Кроме того, святитель строил церкви и монастыри, особенно в Москве, и рукополагал архиереев в Новгород, Чернигов и многие другие города. Епископа Тверского Феодора, который вследствие непрестанных споров княжеских хотел (1357) оставить епархию, как весьма ревностного и опытного иерарха, убедил еще остаться на своей кафедре и только чрез три года уволил на покой. А на владыку Новгородского Алексия, как непокорного и своевольного, донес патриарху Филофею, который потому в 1370 г. писал этому владыке, чтобы он подчинялся своему митрополиту и не смел носить риз с крестами, данных только его предшественнику Моисею.
Не миновала святителя Алексия и тяжелая участь путешествовать в Орду. Первое путешествие, может быть, он предпринимал при самом вступлении своем на митрополию по общему закону, чтобы получить себе утверждение от хана; по крайней мере, сохранился ярлык, данный, по догадкам, в 1355 г. ханшею Тайдулою на имя святого Алексия для свободного проезда его чрез ханские владения в столицу Греческой империи, куда он действительно вскоре за тем отправлялся. Спустя недолго (1357) Алексий путешествовал в Орду уже не по собственной нужде, а по приглашению самого хана Чанибека. Жена ханова, Тайдула, три года была крайне больна и лишилась зрения, никакие лекарства не пособляли. Между тем слухи о святой жизни Русского первосвятителя и о силе его молитв пред Богом достигли улусов татарских, царь и царица решились испытать это последнее средство. И Чанибек написал к князю московскому Иоанну Иоанновичу, прося его выслать в Орду архиерея Божия, и в то же время просил самого Алексия посетить болящую царицу. Просьба сопровождалась угрозами за неисполнение ее. Отказать было невозможно. Возложив всю надежду на Бога, святитель отслужил молебен в соборной церкви и по вере своей еще во время молебна удостоился видеть ободрительное для себя знамение: свеча у раки святого чудотворца Петра зажглась сама собою. Приняв это за «некое извещение», митрополит раздробил свечу на части, раздал народу на благословение, часть взял с собою и отправился в путь. А Тайдула в то время видела сон, в котором представился ей святой Алексий в полном своем облачении вместе с сопутствовавшими ему священниками, и она приготовила по виденному образцу как для святителя, так и для спутников его священные одежды. В Орде его встретил сам хан с своими сыновьями, князьями и вельможами с великою честию. При совершении молебствия о больной царице святитель зажег свечу, сделанную из воска той, которая сама зажглась над ракою святого Петра, освятил воду, и, когда покропил водою царицу, она немедленно прозрела. Чудо поразило всех, и царь, щедро одарив чудотворца, равно как всю его свиту, отпустил их с миром. Но едва святой Алексий возвратился из Орды, как опять должен был идти туда же. Чанибек был умерщвлен сыном своим Бердибеком. Новый хан потребовал от всех русских князей новой дани и собирался на них войною. Великий князь Иоанн Иоаннович молил угодника Божия отправиться к грозному властелину в качестве ходатая за всю землю Русскую, и святой Алексий охотно согласился. Много он встретил препятствий со стороны татар, но достиг своей цели, укротил гнев царя, может быть, при содействии матери его, Тайдулы, которая была еще жива, и даже получил от него (к концу 1357 г.) новый ярлык, подтверждавший права и преимущества Русской Церкви и духовенства. Очень естественно, если после такого путешествия и великий князь со всеми вельможами и боярами, и Собор духовенства при бесчисленном стечении народа встретили своего архипастыря-отца с величайшею торжественностию, со слезами радости и благодарности и если слава его как защитника веры и отечества и вместе как чудотворца еще более огласилась во всех пределах России.