Другою, важнейшею, заботою митрополита Кирилла была забота о благоустроении духовенства и всей паствы. С этою-то целию он предпринимал частые путешествия по России и, проходя грады и веси, «по обычаю своему учаше, наказуяше, исправляше» Он всюду встречал не только развалины жилищ, храмов и обителей, не только бедствия и слезы соотечественников, но, к сугубому прискорбию, и разные беспорядки, церковные и нравственные, вкравшиеся или утвердившиеся посреди всеобщего расстройства, произведенного нашествием монголов. Епископы редко обозревали свои епархии; на священнические степени возводились лица без надлежащего внимания к их достоинствам и часто по святокупству; в совершении Божественной литургии и других служб допускаемы были произвольные отступления от древнего чина; народ предавался играм и обычаям, противным духу веры. Желая искоренить все это, митрополит воспользовался собранием епископов, бывших во Владимире в 1274 г. по случаю рукоположения Серапиона, и вместе с Собором постановил правила, которые доселе остаются памятником его пастырской мудрости и ревности к своему долгу.
Нужно еще было митрополиту Кириллу отстоять и защитить права духовенства и вообще Русской Церкви пред монгольскими ханами. Не знаем, путешествовал ли сам Кирилл в Орду, как путешествовали его преемники, чтобы испросить ярлык ханский в охранение от татар святой веры и привилегии своих и всего клира; но древнейший из ярлыков, до нас дошедших, дан был в митрополитствование Кирилла ханом Менгу-Темиром, вероятно, по случаю вступления его на престол в 1267 г., и в этом ярлыке говорится, что такие же ярлыки были даны и прежними ханами Русскому митрополиту и церковным людям. Впрочем, Кирилл мог получать ярлыки, которые обыкновенно испрашивались у каждого вновь воцарившегося хана, чрез епископов Ростовских: сперва чрез Кирилла, два раза бывшего в Орде у предшественника Менгу-Темирова Берге, и потом чрез Игнатия, который также двукратно ходил в Орду, в последний раз в 1280 г., по выражению летописца, вообще «за причет церковный». Простирая свой попечительный взор и на тех несчастных, которые целыми тысячами отводимы были из России в Орду как пленники или должны были путешествовать в Орду и иногда проживать там долгое время, митрополит Кирилл исходатайствовал у хана позволение основать в самом Сарае православную епархию и в 1261 г. поставил туда первого епископа Митрофана, подчинив ему и древнюю епархию Переяславскую.
Преемником митрополита Кирилла, правившего с такою высокою ревностию целые тридцать лет отечественною Церковию в самое тяжкое время владычества монгольского, был митрополит Максим, родом грек, избранный и рукоположенный в Царьграде в 1283 г. Прибыв в Россию, он немедленно отправился в Орду: тогда, верно, уже начался обычай, по которому все наши митрополиты и епископы, подобно князьям, должны были ездить в Орду, чтобы получить от хана утверждение в своей власти и ярлык или, по крайней мере, отправляли туда своих послов для этой цели. По возвращении в Киев Максим созвал (1284) к себе всех русских епископов: являться к новому митрополиту было в обыкновении у наших святителей и прежде; но теперь побуждением к Собору могли послужить еще потребности бедствующей Церкви. В следующем (1285) году первосвятитель обходил всю землю Русскую, повсюду уча и исправляя дела церковные, и, между прочим, посетил землю Суздальскую, Новгород и Псков. В 1288 г. он рукоположил в киевском Софийском соборе епископа Владимирского и Суздальского Иакова; в 1289 г. там же рукоположил епископов Ростовского Тарасия и Тверского Андрея. В 1295 г. снова приезжал в землю Суздальскую и здесь рукоположил во Владимир и Суздаль епископа Симеона. Наконец, не вынося более насилия от татар, вследствие которого разбежался весь Киев, митрополит в 1299 г. принужден был совершенно оставить свою митрополию и переселиться в землю Суздальскую со всем своим клиросом: здесь он, подобно предшественнику своему, сам сел на стол во Владимире, а Владимирского епископа Симеона посадил в Ростове. Это было, однако ж, только личное переселение митрополита Максима во Владимир, совершенно похожее на бывшее переселение митрополита Кирилла II, а не перенесение самой митрополитской кафедры, которая по-прежнему оставалась и считалась в Киеве. Вскоре за тем (1300) Максим ходил в Новгород вместе с двумя епископами – Ростовским и Тверским для рукоположения Новгородского владыки Феоктиста, а в следующем году был в Царьграде и присутствовал на тамошнем Соборе. Во время последнего путешествия он обозревал Волынскую землю, и здесь, в числе прочих, ему представлялся игумен Ратского монастыря Петр со своею братиею и поднес ему икону Пресвятой Богородицы, собственного письма, впоследствии богато украшенную святителем, – тот самый Петр, который чрез несколько лет сделался его преемником. В 1305 г. митрополит Максим скончался и погребен был не в Киеве при митрополитской кафедре, а во Владимире, в соборной церкви Пресвятой Богородицы.