Неизвестно, признавали ли Герасима митрополитом в Москве и подчинялись ли ему (кроме Новгорода) собственно русские епархии, но, с другой стороны, не видно, чтобы нареченный на митрополию Русскую Иона, епископ Рязанский, управлял делами Московской митрополии. И, не прежде как по смерти Герасима, московский князь Василий Васильевич с согласия всех русских князей, всего духовенства и народа, а равно и с согласия великого князя литовского, отправил Иону в Константинополь для поставления в митрополита. Только не суждено было и теперь святителю Рязанскому сделаться первосвятителем всей России. Еще до прибытия его греческий император Иоанн Палеолог и патриарх Иосиф, давно уже начавшие сношения с Западом о воссоединении Церквей, поспешили назначить на кафедру Русской митрополии Исидора, родом болгарина, на которого имели свои виды по случаю начатого дела. Когда Иона приехал в Царьград, ему выразили сожаление, что он опоздал, и дали обещание сделать митрополитом после Исидора. С скорбию сердца возвратился святитель Рязанский в отечество, сопутствуя новому митрополиту, который прибыл в Россию в 1437 г. Не менее прискорбно было это и великому князю московскому, который сначала не хотел было принять Исидора как избранного без его воли и прошения, но принял только, «не хотя рушити изначальныя старины». Исидор едва приехал в Россию, как отправился на Ферраро-Флорентийский Собор, принял там унию с Римскою Церковию, но не был принят вместе с униею в России и бежал в Рим. А потому, хотя носил имя Русского митрополита несколько лет (1437–1442), но на деле почти не был Русским митрополитом и не управлял Русскою Церковию. Это был последний митрополит, избранный и поставленный для России в Константинополе. И Исидором окончился тот переходный период нашей митрополии, когда наши первосвятители избирались то в Греции, то в России или Литве, когда являлось у нас по два и даже по три митрополита и происходили многие другие беспорядки от искателей митрополитской власти.
V. Русские епархии
Немало перемен произошло в этот период и в состоянии наших епархий. Вследствие нашествия монголов, которые на пути своем истребляли все – и города, и села, и жителей, закрылись четыре древние епархии: Черниговская, Переяславская, Белгородская и Юрьевская; первая – только на время, а последние – навсегда. Другие епархии, подвергшиеся таким же опустошениям, может быть, и не были закрываемы даже на время, но более или менее долго оставались без архипастырей, хотя по имени существовали: о епископе Владимиро-Волынском упоминается только с 1260 г., о Перемышльском – с 1271 г., о Рязанском – с 1284 г., о Галицком – с 1331 г., о Туровском – с 1345 г. Епархия Владимирская на Клязьме не имела своего епископа до 1250 г., потом в продолжение четырнадцати лет управляема была митрополитом, с 1274 г. имела своих епископов, которые назывались Владимирскими, Суздальскими и Нижегородскими, а с 1299 г. окончательно перешла в ведение Русских митрополитов. Между тем одна за другою возникали новые епархии. Около 1250 г. открыта епархия Холмская по воле галицкого князя Даниила, который, украсив Холм после нашествия Батыева, переместил в него епископскую кафедру из Угровеска. В 1261 г. открыта епархия в Сарае – самой столице татарских ханов; около 1271 г. – в Твери; около 1347 г. – в Суздале; около 1360 г. – в Брянске, куда собственно перенесена кафедра епархии Черниговской; в 1383 г. – в Перми. С 1288 г. упоминается епархия Луцкая, с 1353 г. – Коломенская, с 1389 г. – Звенигородская, которая, впрочем, открыта была только на короткое время. Жители Пскова, издавна находившиеся под властию Новгородского владыки, желали иметь у себя особую епархию и в 1331 г. просили митрополита поставить им епископом избранного ими Арсения, но получили отказ. Таким образом, к концу XIV и в начале XV в. число епархий в Русской Церкви возросло до восьмнадцати, если не считать Звенигородской. Девять из них, со включением епархии митрополичьей, находилось в Руси Северо-Восточной: Владимиро-Московская, заключавшая в себе Владимир, Москву, а иногда Нижний Новгород и Городец, Новгородская, Ростовская, Суздальская, Рязанская, Тверская, Сарская, Коломенская и Пермская. А девять – в Руси Юго-Западной, кроме Киева, принадлежавшего с некоторыми другими городами к епархии митрополичьей: Черниговская, или Брянская, Полоцкая. Смоленская, Галицкая, Перемышльская, Владимиро-Волынская, Холмская, Туровская и Луцкая.