В 1274 г. архимандрит Киево-Печерского монастыря Серапион произведен был во епископа Владимирского, значит, и эта знаменитая обитель продолжала существовать, хотя главный храм ее, до половины разрушенный, оставался в развалинах, и иноки, если верить позднейшему сказанию, жили не в самой обители, а вокруг ее по дебрям и лесам, в уединенных пещерах и тайно сходились в один уцелевший от разорения придел церкви для совершения богослужения. В 1288 г. упоминается и другой настоятель Киево-Печерского монастыря – игумен Агапит, участвовавший в погребении владимиро-волынского князя Владимира Васильковича. С 1320 г., когда Киев перешел под власть литовских князей, которые начали управлять им чрез своих наместников, исповедовавших православную веру, участь города и Печерского монастыря естественно должны были улучшиться. Здесь во 2-й половине XIV в. принял пострижение один юноша, родом тверитянин, святой Арсений, впоследствии епископ Тверской. Он возрадовался духом, нашедши в Киево-Печерском монастыре иноков, которые сияли добродетелями, как звезды на тверди небесной, и, стараясь подражать им, в продолжение многих лет проходил разные степени послушания, пока не был взят в Москву в качестве архидиакона митрополитом Киприаном, отправлявшимся туда из Киева. В то же время настоятелем киевской лавры был архимандрит Давид, духовник великой княгини литовской Иулиании, супруги Ольгердовой, который и самого Ольгерда под конец его жизни (1377) крестил в православную веру и постриг в схиму. Во второе или третье десятилетие XV в. в Киево-Печерский монастырь писал свои послания митрополит Фотий, обращаясь в них к настоятелю-архимандриту, священноинокам и инокам и представляя обитель населенною и устроенною. Уважение литовских князей к этой обители выражалось тем, что некоторые из них, исповедовавших православие, избирали ее местом своего погребения: здесь между прочими погребена и великая княгиня Ольгердова Иулиания (в 1392 г.). А другие здесь составляли свои духовные завещания, желая придать им большую силу свидетельством печерской братии, как поступил в 1446 г. киевский князь Андрей Владимирович. В своем завещании он упоминает печерского архимандрита Николая, также уставника, ключника, келаря и многих старцев, а самый монастырь называет обителию царскою. Впрочем, несмотря на покровительство литовских князей, Печерская обитель подвергалась иногда бедствиям от монголов. В 1399 г. монгольский хан Тимур-Кутлук, подступив с войском к Киеву, взял с него окуп 3000 рублей, а с Печерского монастыря особо 30 рублей серебром. Через 17 лет другой хан, Едигей, опустошив посады Киева, выжег и Печерскую обитель. Остается присовокупить, что и в этот мрачный период своего существования Киево-Печерский монастырь оставался не без влияния на Русскую Церковь. Один из постриженников этой обители, преподобный Стефан, Махрицкий чудотворец, основал во 2-й половине XIV в. два монастыря: неподалеку от Москвы – Махрицкий и в пределах вологодских – Авнежский, а другой постриженник, святой Арсений, епископ Тверской, был основателем Желтоводского Успенского монастыря в своей епархии.
Уцелело непререкаемое свидетельство, что в начале XV в. существовал и Киево-Пустынный Николаевский монастырь, неизвестно когда восстановленный. Разумеем Евангелие, писанное в этом монастыре в 1411 г. по повелению инока Ионы Балакирева. В самом начале Евангелия помещена запись какого-то князя, который в 1427 г. пожертвовал на этот монастырь свою землю с пошлинами и оброками.
Но тогда как в Киеве с трудом могли поддерживаться только некоторые из прежних монастырей, в княжестве Владимиро-Галицком, которое значительно процвело при великом князе Данииле Романовиче и его ближайших преемниках, возникли новые обители. Так, в первый раз упоминаются: в 1262 г. монастырь Полонинский в городе Полонном (между Владимиром и Луцком), где подвизался некто Григорий, славившийся редким благочестием и бывший наставником в монашеской жизни литовскому князю Воишелгу; 1268 г. – монастырь святого Даниила в Угровеске – городе, основанном великим князем Даниилом, вероятно им же основанный во имя его ангела, и монастырь святого Михаила во Владимире Волынском, бывший местом несчастной кончины Воишелга. Сын Даниила Романовича Лев, княживший во Львове, основал два монастыря: Георгиевский в предместии этого города, по завещанию дяди своего Василька, скончавшегося в 1269 г., и Спасский близ Самбора, где и сам был погребен (в 1301 г.). Племянник Даниилов, сын Василька Владимир († 1288), княживший во Владимире Волынском, создал «монастыри многи» и в числе других монастырь святых апостолов в самой своей столице, которому пожертвовал село Березовичи. К концу XIII в. один скромный инок по имени Петр, впоследствии митрополит Киевский, создал монастырь Ратский на реке Рате в Галиции.