В Суздале из прежних монастырей продолжали существовать Ризположенский женский, пощаженный монголами, и Борисоглебский Кидекоцкий, в котором в 1239 г. освящена была Ростовским епископом Кириллом каменная церковь. Вновь устроен монастырь Александровский женский, благоверным князем Александром Ярославичем Невским, этот монастырь служил усыпальницею для суздальских княгинь, как свидетельствуют доныне сохранившиеся памятники двух из них XIII в. В том же столетии мы видим четыре монастыря в Ростове: один из прежде основанных – Авраамиев-Богоявленский, из которого взят был на кафедру Ростовскую архимандрит Игнатий (в 1261 г.), и три новые: Петровский, построенный Ордынским царевичем Петром при епископе Игнатии (1261–1288); Спасский – женский, созданный ростовскою княгинею Мариею Михайловною († 1271) и называвшийся Княгининым, и Иоанновский, откуда поставлен был (1288) во епископа Ростову игумен Тарасий.
К концу XIII и в 1-й четверти XIV столетий возникли еще монастыри: а) в Москве: Даниилов, созданный московским князем Даниилом Александровичем († 1303), и, как некоторые думают, Богоявленский, основанный тем же князем, а оконченный (1304) сыном его – Иоанном Даниловичем Калитою; б) в Ярославле: Спасо-Преображенский – из прежних, где погребен святой ярославский князь Феодор Черный († 1299) и откуда взят (1311) на Ростовскую епископию архимандрит Прохор, и Толгский, основанный (ок. 1314 г.) в семи верстах от города на месте, где явилась икона Божией Матери епископу Ростовскому Прохору (в схиме Трифону), известная под именем Толгской ч; в) в Твери: Отпрочь-Успенский, построенный (ок. 1265 г.) отроком, или одним из придворных, тверского великого князя Ярослава Ярославича Григорием; Богородичный на Шеше, из которого (1289) игумен Андрей возведен был на кафедру епископии Тверской, и Архангельский, где встретили жители Твери (1319) тело убитого в Орде своего святого князя Михаила Ярославича; г) в Юрьеве Польском: Архангельский, в котором погребен (1269) местный князь Димитрий Святославич.
Во второй, более легкий период монгольского ига над Россиею, когда достоинство великого князя перешло в Москву и утвердилось в потомстве Иоанна Даниловича Калиты, когда Москва, постепенно возвышаясь над другими городами, сделалась постоянным местопребыванием и Русских митрополитов, средоточием духовной власти, число обителей начало быстро возрастать в средней полосе России, особенно в Москве и ее окрестностях.
Сам Иоанн Данилович, едва сделавшись великим князем русским (1328), нарочно отправлял посольство к митрополиту Феогносту, находившемуся тогда в Волыни, чтобы испросить у него благословение на создание Спасского монастыря в Москве. Как большой любитель иноческого жития, князь назначил место для обители на собственном великокняжеском дворе, чтобы постоянно видеть ее, чаще посещать и удобнее иметь общение с ее черноризцами. Через год каменная церковь во имя Спаса-Преображения была уже окончена, монастырь сооружен и в него была переведена архимандрития из Данилова московского монастыря, из Заречья. Первым архимандритом в новом монастыре был Иоанн, «муж сановитый, словесный, любомудрый, учительный и добродетельный», который впоследствии (1346) за свои достоинства поставлен был епископом Ростову. Иоанн Данилович любил свою обитель более всех монастырей, наделил ее иконами, книгами и священными сосудами, постоянно снабжал пищею и одеждою, обогатил вкладами и доходами. Сын его великий князь Симеон расписал монастырскую церковь, и хотя обитель в нашествие на Москву Тохтамышево была предана огню, но вскоре была возобновлена попечением Димитрия Иоанновича Донского и продолжала пользоваться вкладами как великих, так и некоторых удельных князей.
Но не Спасской обители, созданной усердием и богатством великого князя, суждено было сделаться главною и знаменитейшею в ряду всех обителей московских, а обители, основанной трудами, и слезами, и молитвами смиренного инока Сергия. В этом отношении судьба Свято-Троицкого Сергиева монастыря имеет большое сходство с судьбою монастыря Киево-Печерского, точно так же как в житии самого преподобного Сергия будто повторились некоторые черты из жития преподобного Феодосия Печерского.