Сама Смоленская епархия присоединилась к Московской митрополии в 1514 г. После того как Смоленск был взят русскими войсками и бывший там епископ Варсонофий подвергся справедливому гневу великого князя Василия Иоанновича и сослан на Кубенское озеро – о чем нами сказано было прежде, – в Смоленске начался ряд новых епископов, поставлявшихся в Москве, и этот ряд не прекращался до самого конца настоящего периода.
Таким же образом совершилось присоединение и Полоцкой епархии к Московской митрополии, хотя это было только на время. Взяв Полоцк (в 1563 г.), царь Иоанн Васильевич отправил тамошнего епископа Арсения как пленника в Москву, а на место его прислан был из Москвы бывший Суздальский епископ Трифон, возведенный в сан архиепископа. После Трифона управляли Полоцкою епархиею один за другим еще три архиепископа, приходившие из Москвы, пока польский король Стефан Баторий не отнял (в 1578 г.) Полоцка у России и не возвратил этой епархии Литовскому митрополиту. Достойно замечания, что в 1569 г., без сомнения по распоряжению Московского митрополита, отправлены были в Полоцк из Новгорода тридцать три священника и диакона соборных церквей – знак, что в Полоцке чувствовался недостаток образованных пастырей.
Одним из славных дел царствования Иоанна Васильевича IV было завоевание Ливонии, хотя конец этого дела далеко не соответствовал его началу. Решившись возвратить России эту древнюю ее область, отнятую некогда меченосцами, Иоанн желал вместе восстановить в ней православие, которое насаждено было там первоначально, но впоследствии подавлено латинством и лютеранством, так что едва ли не в одной Риге продолжала существовать русская церковь. Намерения Иоанновы осуществлялись в Ливонии весьма быстро и успешно. Взяв (в 1558 г.) Нарву, или Ругодив, государь повелел Новгородскому архиепископу послать туда из Новгорода юрьевского архимандрита и софийского протоиерея, а из Пскова – печерского игумена и троицкого протоиерея, чтобы они крестными ходами по городу и вокруг города «очистили его от веры латинской и Лютеровой», освятили во имя Пресвятой Троицы и соорудили в замке города церковь Воскресения Христова, а в самом городе церковь Пречистой Одигитрии и другие храмы. Вскоре за тем взяв другой город, или крепость, Нейшлос (Сыренск) царь приказал и там воздвигнуть православные храмы во имя Живоначальной Троицы, святителя Николая и преподобного Илариона Великого, в день памяти которого сдалась эта крепость. Так же поступал Иоанн и по взятии Дерпта, или Юрьева (в 1558 г.), и многих других ливонских городов, больших и малых: везде он приказывал устроять православные церкви с причтами и употреблял все меры для распространения православия между коренными жителями страны – эстами и латышами. Из участников в последнем деле остался нам известным один – игумен псковского Печерского монастыря Корнилий: он обратил к православию и крестил соседних этому монастырю эстов нейгаузенских (ливонского Новогородка) и учредил у них на Агиреве Троицкую, а на Топине – Рождественскую церкви и церковные причты. Чтобы упрочить то, что уже сделано было для православия в Ливонии и обеспечить его дальнейшие успехи, правительство наше, светское и духовное, признало за лучшее открыть в Юрьеве Ливонском епископскую кафедру и возвело на эту кафедру, по всей вероятности, только что упомянутого нами игумена Корнилия под названием епископа Юрьевского и Вельядского (т. е. Феллинского). В октябре 1570 г. он, вскоре по рукоположении своем, из Москвы прибыл в Новгород, может быть, проездом на свою епархию. А чрез два года снова посетил Новгород, чтобы представиться бывшему там государю и вслед за ним отправился в Москву. Больше мы не знаем ничего о епископе Корнилии, кроме того что он скончался или, вернее, умерщвлен по повелению Грозного царя в псковском Печерском монастыре, куда, вероятно, удалился было на покой как бывший в нем игуменом, и что в 1578 г. Юрьевскую кафедру занимал уже другой епископ – Савва, присутствовавший в конце того года на одном Московском Соборе. Этому последнему епископу суждено было видеть и упразднение своей епархии. В 1582 г. вследствие договора с польским королем Стефаном Баторием Иоанн IV принужден был уступить полякам Ливонию со всеми городами и местами, им занятыми, и вывести из нее все православные церкви с их принадлежностями. Тогда же польский канцлер Ян Замойский, заняв (24 февраля) своими войсками Дерпт, выгнал из него в русские пределы православного епископа и всех русских и восстановил там веру латинскую.