Таким образом, к осьми, а вместе с митрополичьего к девяти епархиям Московской митрополии присоединилось в течение настоящего периода еще четыре: Смоленская, Казанская, Полоцкая и Юрьевская – две последние, впрочем, только на время. Четыре из этих епархий управлялись архиепископами: Новгородская, Казанская, Ростовская и Полоцкая. А восемь – епископами: Суздальская, Рязанская, Тверская, Сарская, Коломенская, Смоленская, Пермская и Юрьевская. В ряду архиепископов Новгородский всегда считался первым. Казанский – вторым. Ростовский – третьим. Но между епископами порядок иногда изменялся: так, Пермский епископ, долго занимавший последнее место в ряду наших епископов, под конец периода занимал уже первое.
О степенях наших епархий в продолжение настоящего периода можем судить отчасти на основании летописей по тому порядку, в каком они исчисляют наших иерархов, собиравшихся на Соборы, а вернее – на основании соборных актов, в которых также перечисляются святители и под которыми иногда встречаются их подписи, хотя эти собрания святителей большею частию были неполные. Так, на Соборе 1459 г. находились: архиепископ Ростовский и епископы – Суздальский, Коломенский, Сарайский и Пермский – всего пять; на Соборе 1490 г.: архиепископ Ростовский и епископы – Суздальский, Рязанский, Тверской, Сарайский и Пермский – шесть; на Соборе 1503 г. кроме митрополита: архиепископ Новгородский и епископы – Суздальский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарайский и Пермский – семь. При поставлении на митрополию Новгородского архиепископа Макария в 1542 г. находились: архиепископ Ростовский и епископы – Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарский и Вологодский; на Стоглавом Соборе в 1551 г.: митрополит, архиепископы – Новгородский и Ростовский, епископы – Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарский и Пермский. На Соборе 1564 г.: архиепископы – Новгородский, Ростовский и Полоцкий, епископы – Суздальский, Смоленский, Рязанский, Коломенский, Сарский и Пермский; на Соборе 1572 г.: архиепископы – Новгородский, Ростовский и Полоцкий, епископы – Пермский, или Вологодский, Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский и Сарский; на Соборе 1580 г.: митрополит, архиепископы – Новгородский, Казанский и Ростовский, епископы – Вологодский, Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Юрьевский, Коломенский и Сарский. Наконец, сохранилась одна полная роспись всех восточнорусских епархий в последние годы царствования Иоанна IV, в которой перечисляются: митрополит Московский и всея России, архиепископы: Великого Новгорода и Пскова, Казанский и Астраханский и Свияжский, Ростовский и Ярославский, Полоцкий и Великолуцкий; епископы: Вологодский и Великопермский, Суздальский и Торусский, Смоленский и Брянский, Рязанский и Муромский, Тверской и Кашинский, Коломенский и Каширский, Сарский и Подонский, Юрьева Ливонского и всей земли Вифляндской.
Пределы наших тогдашних епархий с точностию нам не известны. Но главнейшие места, подлежавшие управлению каждого из иерархов, обозначались в самих их титулах, как показывает только что представленная нами роспись. Некоторые епархии были слишком обширны и растянуты. Например, к епархии митрополита, кроме Москвы, Владимира, Нижнего Новгорода, принадлежали еще, между прочим, Дмитров, Кострома, Галич, Грязовец, Пошехонь, даже Череповец и Вятка. Епархия Новгородского владыки обнимала собою не только все бывшие новгородские владения, но и Волоколамскую область и некоторые места Вологодского края. Духовная власть Ростовского архипастыря простиралась на Белозерский край с его многочисленными монастырями, на Устюг и Сольвычегодск. Пределы некоторых епархий иногда изменялись. Епископ Сарский и Подонский по свержении Россиею ига монгольского, когда самый Сарай был разрушен, переселился в Москву на Крутицы, получил в свое управление новые места, находившиеся в нынешних губерниях – Орловской, Тульской и Смоленской, и иногда назывался Крутицким и Подрельским, удерживая, впрочем, постоянно и свое прежнее, древнее название. К Пермской епархии по воле великого князя Иоанна Васильевича присоединены были в 1492 г. церкви, находившиеся в Вологде и ее уезде и дотоле принадлежавшие частию к митрополии, а частию к Новгородской архиепископии. С того времени Пермские епископы, жившие прежде постоянно в Усть-Выми, начали жить по временам и в Вологде и именоваться Пермскими или Великопермскими и Вологодскими, а иногда Вологодскими и Пермскими. В 1571 г. по воле царя Иоанна IV, прожившего пред тем около трех лет в Вологде, присоединены были к Пермской, или Вологодской, епархии от Новгородской еще Двина, Вага, Холмогоры и Каргополь со своими уездами. Но по смерти Иоанна все эти места вновь отданы (1584) Новгородскому архиепископу. Вятская страна, находившаяся под епархиальным управлением митрополита, вошла с 1555 г. в состав новой епархии – Казанской.