В Беломорском крае первое место между обителями занимала обитель Соловецкая. Основание ей положили еще к концу прошлого периода (1429–1436) два святых старца – Герман и Савватий, но только ж основание. А истинным создателем ее должно признать по всей справедливости преподобного Зосиму, который, особенно в продолжение 26-летнего игуменства своего (1452–1478), умножил в ней число братства, устроил новые и более обширные церкви, кельи и прочие монастырские службы, учредил общежитие и весь внутренний порядок, обеспечил средства для ее содержания. Потом лучшим временем для этой обители было время 18-летнего игуменства (1548–1566) святого Филиппа, впоследствии митрополита Московского, которого труды как для внутреннего ее устройства, так и для внешнего благосостояния нам уже известны. Вскоре после Соловецкой обители основана обитель Богословская на реке Ваге, в 15 верстах от нынешнего Шенкурска новгородским посадником Василием Степановичем Своеземцевым, который в 1452 г. пожертвовал ей три своих села, а затем и сам постригся в ней под именем Варлаама и скончался в 1462 г. Впоследствии, с 1543 г., она начала получать от царя ругу и имела до 30 человек братства. С XV же века делается известным монастырь Николаевский на Северной Двине около Холмогор в Чухченемской волости, продолжавший существовать и в 1582 г.
В 1-й четверти XVI столетия получил начало монастырь Антониев Сийский. Строителем его был преподобный Антоний, в мире Андрей, сын земледельца Двинской волости, деревни Кехты. В 1508 г., будучи тридцати лет, он принял пострижение в Кенской Пахомиевской пустыни от самого Пахомия и чрез несколько времени с благословения его основал было (1513) свою небольшую пустынь на реке Шелексне, где и прожил с шестью братами семь лет. Но вследствие притеснений от соседних поселян оставил это место и перешел со всею своею братиею на реку Сию, в Холмогорский уезд и поселился (1520) близ озера Михайлова. Когда число иноков увеличилось, Антоний испросил у великого князя Василия Иоанновича дозволение построить на занятом месте обитель и, получив от князя не только грамоту, но и церковную утварь, соорудил на острову обширный храм Святой Троицы и кельи, согласился принять на себя начальство над обителию и в продолжение 37 лет игуменства своими трудами и особенно высоким примером своего подвижничества утвердил в ней строгий порядок и благочестие (†1556). Чрез 20 лет после смерти преподобного в монастыре его обитало до 8 человек братии в двадцати кельях. Около половины XVI в., как мы знаем, устроены два монастыря просветителями лопарей: преподобным Феодоритом – Троицкий на устье реки Колы и преподобным Трифоном – Троицкий на реке Печенге. По благословению митрополита Дионисия (1581–1587) открыта Чирцова пустынь в 53 верстах от города Мезени. Около того же времени существовали еще два монастыря на самом дальнем севере у Белого моря: Кокуев (или Кукуев) при устье реки Порьи и Кандалажский на восточном берегу Кандалажской губы при устье реки Нивы.
Белозерский край, где процветала лавра преподобного Кирилла Белоезерского, украсился теперь новыми обителями, более или менее замечательными. В этой самой лавре постригся некто Нил, по фамилии Майков. Чрез несколько времени он отправился на восток с учеником своим Иннокентием и, посетив многие обители на Афоне, в странах цареградских и других местах, наиболее полюбил «скитское житие». А потому решился по возвращении в отечество подвизаться и сам по-скитски. Сначала он устроил было себе уединенную келью вблизи Кириллова монастыря, но вскоре удалился на реку Copy, или Сорку, в 25 верстах от Белозерска, на место низменное и болотистое и там поставил для себя небольшую хижину и часовню. Приходивших к нему для сожительства принимал, но с условием, чтобы и они жили скитниками. Для пропитания их он построил на Соре мельницу, для того чтобы они, подвизаясь ежедневно только в своих кельях, могли во дни воскресные и праздничные собираться вместе на молитву, построил деревянный храм, сделав для него высокую насыпь, а для руководства братии в духовной, подвижнической жизни написал подробный «Устав скитскаго иноческаго жития» по образцам восточных скитских уставов. Таким-то образом основался Нилов скит, или пустынь преподобного Нила Сорского, прославившийся не богатством или многолюдством братии, а строгостию устава и высотою отшельнических подвигов своего основателя. Братии здесь было немного: вскоре по смерти преподобного Нила (1508) мы видим в его ските только одного иеромонаха, одного иеродиакона и 12 старцев. Кроме Нилова скита в Белозерской стране к концу XV в. упоминается еще новый монастырь – Никитский, находившийся на правом берегу реки Шексны, в десяти верстах от города Кириллова.