В 1-й половине XVI в. появились еще в Вологодском крае монастыри: а) Озерский Николаевский Комельский – в 35 верстах от Вологды, на восточном берегу озера Комельского, основан преподобным Стефаном Комельским по благословению митрополита Даниила (1522–1539); б) Ефремов Спасо-Николаевский – в 80 верстах от Тотьмы, при слиянии рек Режи и Ваги, построен старцем Ефремом по разрешительной грамоте великого князя Василия Иоанновича (1505–1533) и с благословения Ростовского архиепископа, к епархии которого Тотьма тогда принадлежала; в) Сямский Рождественский – в 60 верстах от Вологды, на западном берегу Кубенского озера, построен жителями Сямской волости в 1524 г. по благословению Вологодского епископа Пимена; г) Арсениева пустынь – в 40 верстах от Вологды на реке Масляне и д) Арсениев монастырь в 25 верстах от Вологды, при слиянии рек Лежи и Кохтыжи – обе эти обители, одна за другою, основаны около 1530 г. преподобным Арсением Сухарусовым, который прежде был игуменом Сергиевой лавры (1525–1527); е) Катромский Николаевский при озере Катромском в 104 верстах от Вологды, основан неизвестно когда преподобным Онуфрием, но упоминается в 1532 г.; ж) Коряжемский Николаевский близ устья реки Коряжмы в 15 верстах от Сольвычегодска, основан в 1535 г. преподобными Логгином и Симоном; з) Сойгинская Преображенская пустынь при устье реки Сойги в 75 верстах от Сольвычегодска, основана в 1540 г. тем же самым преподобным Симоном, который был сотрудником преподобному Логгину при устроении Коряжемского монастыря; и) Черниговский Предтечев на устье речки Черной, в бывшем городке Чернигове близ Сольвычегодска, в 1546 г. сгорел, а в 1586 г. в нем жили только один иеромонах и два монаха.
Из монастырей 2-й половины XVI в. в обозреваемых нами местах известны: а) Телегов Троицкий в 70 верстах от Устюга к северу по Двине, построен в 1553 г. преподобным Нифонтом; б) Тотпемский Спасо-Суморин близ города Тотьмы, основан преподобным Феодосием Сумориным в 1554 г. по просьбе местных жителей с разрешения царя Иоанна Васильевича и благословения митрополита Макария и имел пред кончиною своего основателя только девять келий; в) Христофорова Богородицкая пустынь в 27 верстах от Сольвычегодска, в верховье речки Коряжемки, открыта около 1555 г. преподобным Христофором, постриженцем Коряжемского Николаевского монастыря; г) Пыскорский Преображенский при устье речки Пыскорки, впадающей в Каму, и д) Сольвычегодский Введенский в самом городе Сольвычегодске – первый построен в 1560 г. знаменитым родоначальником фамилии Строгановых – Иоанникием Федоровичем, в монашестве Иоасафом, а последний – детьми этого Иоанникия, Иаковом, Григорьем и Симеоном, в 1563 г. с благословения Ростовского архиепископа Никандра; е) Кобылкин Дмитриевский в Вологде или близ Вологды, упоминается в 1568 г.; ж) Маркушевский Николаевский на реке Маркуше в 100 верстах от Тотьмы к северо-востоку, основан в 1578 г. преподобным Агапитом, спостником преподобного Логгина Коряжемского, испросившим у царя Иоанна Васильевича несколько земли на содержание своей обители, а у митрополита Кирилла – благословение на освящение в ней двух церквей; з) Трифонов Успенский при городе Вятке, на берегу реки того же имени, построен в 1580 г. постриженником Пыскорского монастыря преподобным Трифоном на иждивение местных граждан, которые исходатайствовали для того грамоту у царя Иоанна Васильевича.