Не удовольствовался, однако ж, и этим святитель Иона. Чрез несколько дней (20 декабря 1459 г.) он написал и от себя послание к князьям, боярам и всем православным мирянам земли Литовской. Извещал их, что желал бы и сам побывать у них и благословить их, да не в состоянии по великой своей немощи; напоминал им всю историю отпадения Исидора от православия и с «великим молением» умолял, не ради себя, а ради спасения душ их, чтобы они не принимали никого, кого бы ни прислал к ним отступник Исидор, и непоколебимо стояли в православии, хотя бы им грозили за это смертию, в полной надежде, что если кому случится и умереть за веру Христову, то такой увенчается венцом мученика. Еще чрез несколько месяцев святитель написал новое послание ко всем епископам литовским: подробно говорил об измене Исидора, о своем поставлении в митрополита, о своих трудах для литовских епархий; извещал, что король Казимир присылал двух своих послов к великому князю Василию Васильевичу с просьбою о принятии Григория, что князь на это не согласился, а он, митрополит Иона, со всеми архиепископами и епископами Русской земли признал Григория отлученным от святой Церкви и чуждым православию; в заключение убеждал литовских епископов, чтобы и они не принимали Григория, считали его отлученным от Церкви и, если он начнет учить или писать к ним, не слушали его, а если начнет делать запрещения, не обращали на них внимания, помня слова Господа:
Не убойтеся от убивающих тело, души же не могущих убити. Наконец, сохранилось послание святителя Ионы, которое он адресовал отдельно каждому из епископов земли Литовской в конце 1460 или в начале 1461 г. Повторив и здесь с подробностию то же самое, о чем писал прежде, святитель еще раз убеждал каждого из этих епископов не сообщаться с отступником Григорием, блюсти от него свою паству, стоять твердо за православие и присовокуплял: «А если, сын мой, будет тебе от кого-либо истома за то и нужда, ты бы по своему к нам исповеданию и обещанию, не принимая пришедшего из Рима и не сообщаясь с ним, ехал ко мне. А не поедешь ко мне, забыв свое исповедание и обещание, данное при поставлении своем, и пожелаешь вступить в общение с отcтупником Григорием или с кем другим, поставленным от латинян, ты сам наложишь на себя страшную и великую церковную тягость».