В послании к новгородскому князю Юрию Семеновичу святитель Иона утешает его по случаю кончины его супруги и, между прочим, говорит: «Слышал я, сын мой, о приключившейся тебе по Божественному повелению скорби – о преставлении благородной и благоверной княгини твоей Софии. Видит Бог, что и наше смирение глубоко скорбит о том, вспоминая ее добрый нрав и благую покорность Богу и Церкви Божией. Но ты сам ведаешь, что еще с прародителя нашего Адама по нашему преступлению все мы осуждены на смерть, и одна чаша всем уготована повелением Божиим, един есть мост общий, которого не миновать никому, великому и малому, нищему и богатому, праведному и грешному. И благословляю тебя, сына моего, не вводи себя в безмерную скорбь, но более благодари человеколюбие Божие… и получишь от Бога отраду для души своей… А то ты весьма хорошо сделал, что велел положить ее (княгиню) у себя, в своем городе. Конечно, как и сам знаешь, не место спасает человека или осуждает, а наши дела: какие дела сотворим, такую и мзду получим за них. Но, имея всегда (усопшую княгиню) у себя пред твоими очами, ты можешь всячески творить пользу душе ее молитвами священников, всегдашними поминовениями, приношением Бескровной Жертвы и милостынями нищим…»
В послании в Боголюбов монастырь святитель Иона писал к священноинокам и инокам: «Бил мне челом, дети, ваш игумен Вениамин и сказывал, что вы не слушаете его ни в чем и что в вашей честной обители много чинится бесчиния и убытков между братиею, – все это происходит по изначальной гордости нашего общего супостата и врага, дьявола. Вы знаете, как вы умерли для мира и пожертвовали всем временным для будущего; следует вам, дети, иметь попечение о том, повинуясь своему духовному настоятелю, игумену, по данному вами Богу обету. Посему пишу к вам, дети, с моим благословением и мольбою, чтобы вы понудили себя исполнять всячески дарованное вам общежитие… Пьянства да не будет в вас и в мир не выходите без благословения игуменова… Имейте попечение о своем спасении, о устроении мира и тишине нашего великого православия, друг друга превосходя любовию и направляя на путь спасения… Игумену вашему я также приказал держать вас в любви и духовном согласии, заботиться о ваших бессмертных душах и заведовать всем монастырским порядком. Если же кто из вас начнет не слушаться игумена вопреки Божественным и священным правилам и производить смятение в честной обители, такого я приказал игумену вразумить с любовию, духовно; а не послушает, я велел выслать его из монастыря, как и всякого разорителя и нарушителя закона Божия, ибо таковой сам себя изринул из стада Христова».
К каким-то молодым князьям, не повиновавшимся своей матери, святитель писал: «Била мне челом ваша мать, а моя дочь, княгиня, жалуясь на вас, своих детей: по своей ли оплошности, или по дьявольскому наваждению, или по своей молодости вы живете с нею недружно да еще и обижаете ее во всем. Чем пожаловал ее ваш отец, а ее муж, что дал ей в удел для жизни, то все вы поотнимали у ней, у своей матери, хотя и вас отец пожаловал особо и подавал вам ваши уделы. Это, дети, вы делаете богопротивно, на свою душевную погибель, временную и вечную. Разве не помните слов Господа: Иже злословит отца и матерь, смертию умрет?.. Благословляю вас, детей моих, чтобы вы испросили себе прощение у своей матери, оказывали ей родительскую честь во всем, по Божию повелению, и были ей всячески послушны, а обиды ей не чинили ни в чем и возвратили ей всю ее часть, довольствуясь тем, чем вас благословил отец ваш. Когда же с своею матерью, а нашею дщерию, управитесь, отпишите к нам, и мы за вас помолимся Богу по своему святительскому долгу, а по вашему чистому пред Богом покаянию…» Затем святитель объявляет князьям, что если они не исправятся и не перестанут обижать свою мать, то он вынужден будет рассмотреть их дело соборне, в присутствии их епархиального владыки и положить на них церковную епитимию, пока не покаются, и угрожает им проклятием от их матери.