В Новгороде или по поручению Новгородского владыки Ионы Пахомий написал прежде всего сказание о чуде преподобного Варлаама Хутынского, совершившемся в 1460 г. над постельником великого князя Василия Васильевича Григорием, потом жития: того же преподобного Варлаама, великой княгини Ольги, преподобного Саввы Вишерского и Новгородского архиепископа Евфимия – вместе с канонами им. Преподобный Варлаам скончался еще в 1193 г., потому устных известий о жизни его, вполне достоверных, Пахомий, конечно, не мог в свое время услышать ни от кого. Но существовало уже житие Варлаама, кем-то написанное, очень краткое и крайне скудное по содержанию, с описанием и чудес преподобного. Этим-то готовым житием, по обычаю своему, и воспользовался Пахомий, частию переписав его почти дословно, а частию изменив в нем только слог более витиеватыми оборотами речи. От себя же прибавил в начале жития предисловие, в котором говорит о поездке своей в Хутынь монастырь по поручению владыки Евфимия для собирания сведений о преподобном, а в конце жития свое сказание об упомянутом чуде – 1460 г., прежде написанное, и похвальное Слово преподобному Варлааму. Еще менее мог слышать Пахомий устных достоверных сказаний о равноапостольной княгине Ольге, скончавшейся в IX в., да и письменных мог найти весьма немного – только в древней летописи и у мниха Иакова. И какое бы из двух известных житий блаженной Ольги, встречающихся в рукописях XV – XVI вв., мы ни приписали нашему автору, оба эти жития очень кратки. А может быть, ни одно из них не принадлежит ему, и подлинное сочинение Пахомия об Ольге, если только оно действительно было им написано, до нас не дошло. Но нельзя не удивляться, что почти столько же скудным вышло у Пахомия житие преподобного Саввы Вишерского, его современника. Савва подвизался неподалеку от Новгорода и умер в 1460 г. или несколько прежде – о нем можно было собрать самые свежие и подробные сведения. А Пахомий ограничился лишь тем, что воспользовался готовым житием Саввы, написанным в 1464 г. одним из его преемников в обители, Геласием, прибавив от себя к житию только приступ и заключение, в котором упоминает, что писал по поручению архиепископа Ионы, и, вероятно, сделав некоторые изменения в слоге. Более усердия показал Пахомий при составлении жития Новгородского архиепископа Евфимия (1458). Житие это удачнее всех, написанных тем же автором в Новгороде. Под конец предисловия к житию, изложенного, впрочем, очень невразумительно, Пахомий замечает, что дерзнул описывать жизнь Евфимия не по своему мудрованию, но по повелению владыки Новгородского Ионы, бывшего искренним другом Евфимия, пока он был жив, и потом сделавшегося его преемником на кафедре. В самом житии довольно подробно рассказывает, что Евфимий родился в Новгороде, обучился грамоте, пострижен в Вяжицком монастыре, был казначеем при владыке Симеоне, игуменом в монастыре на Лисичей горе, избран во архиепископа и рукоположен в Смоленске митрополитом Герасимом; затем также подробно говорит о милосердии и постничестве Евфимия, о построении и украшении им храмов, о его кончине и погребении, о его чудесах по смерти и оканчивает все краткою ему похвалою. Биография эта всецело принадлежит самому Пахомию и составлена им по свежим преданиям и рассказам современников о святителе, а отчасти, может быть, и по собственным наблюдениям, так как автор лично знал святителя в последние годы его жизни.