Вскоре за тем, когда совершилось в Москве (августа 12-го) освящение Успенского собора, какие-то «прелестники» наговорили великому князю, что митрополит ходил вокруг церкви со крестами не по солнцу. Князь прогневался на митрополита и сказал, что за такие дела приходит гнев Божий. Открылось публичное расследование вопроса, посолонь ли или против солнца должно ходить при освящении церкви. Но в книгах об этом ничего не нашли. Много было речей и спору. Некоторые архимандриты и игумены говорили за митрополита и один сказал: «Я видел на Святой горе освящение церкви – там ходили со крестами против солнца». Сам митрополит приводил во свидетельство то, что диакон при каждении престола начинает с правой стороны и, следовательно, ходит вокруг престола против солнца. А Ростовский владыка Вассиан Рыло и чудовский архимандрит Геннадий, которых великий князь призвал на спор, в защиту противоположного мнения не представляли никакого свидетельства, но только говорили: «Христос, Солнце праведное, наступил на ад, связал смерть и освободил души; потому и на Пасху исходят, то же прообразуют на утрени». Много спорили, но ничего не решили. Важные гражданские дела и особенно нашествие татарского царя Ахмата отвлекли великого князя от этого церковного дела. Но чрез три года он снова начал распрю с митрополитом за то, что последний при освящении соборной церкви ходил вокруг нее с крестами не по солнцу. Митрополит огорчился и съехал в Симонов монастырь, оставив в соборе свой посох и взяв с собою только ризницу. У митрополита была мысль и совсем отказаться от кафедры и поселиться в келье, если великий князь не придет к нему бить челом и не перестанет настаивать, чтобы ходить посолонь. Между тем построено было много новых церквей, и великий князь не велел освящать их, пока не решится спорный вопрос. Но все священники и книжники, все иноки и миряне говорили за митрополита, а за князя – только Ростовский владыка Иоасаф, преемник Вассиана, да чудовский архимандрит Геннадий. Тогда Иоанн Васильевич увидел нужду уступить. Он послал сына своего просить митрополита, чтобы он возвратился на свой стол, митрополит не послушал. Великий князь поехал к нему сам и бил ему челом, прося возвратиться на кафедру, признавал себя виновным во всем, обещался слушать митрополита во всех речах и предоставить ему совершать крестные ходы по своей воле, как было в старину. И митрополит возвратился на свой стол.
В 1483 г. навечерие Крещения Господня случилось в день воскресный. Потому чудовский архимандрит Геннадий велел своей братии пить богоявленскую воду поевши, по своему изволению. Митрополит послал схватить Геннадия и представить к себе. Геннадий бежал к великому князю. Митрополит пошел туда сам и говорил на Геннадия: «Он, во-первых, поступил самовольно, не спросясь меня, а во-вторых, обесчестил священную воду, повелевши пить ее по принятии пищи». Тогда великий князь выдал его митрополиту, а митрополит приказал сковать его и посадить в ледник под палату. Но великий князь с боярами упросил митрополита пощадить виновного, указывая на тот случай, что когда Ростовский владыка Феодосий дозволил также в навечерие Богоявления вкушать мирянам мясо, то митрополит Иона хотя обличил владыку, но ради покаяния его простил.
Через два года митрополит Геронтий, сделавшись болен, задумал оставить митрополию и переехал в Симонов монастырь, взяв с собою ризницу и посох. Но, выздоровев, захотел опять на митрополию. Между тем великому князю этого не желалось, и он послал бывшего троицкого игумена Паисия уговорить Геронтия не возвращаться. Геронтий стоял на своем и несколько раз убегал из Симоновой обители в Москву, но его перехватывали на пути и отвозили в обитель. Великий князь не знал, что делать. У него была мысль видеть митрополитом самого Паисия, но Паисий объявил, что митрополии не желает, так как он, будучи прежде вынужден великим князем принять на себя только игуменство в Троицко-Сергиевом монастыре, не в силах был понести даже этого бремени и направить иноков на Божий путь, отчего и оставил игуменство. Великий князь потребовал у Паисия мнения: годится ли взять на митрополию опять Геронтия? Паисий отвечал утвердительно, и Геронтий с согласия князя возвратился на свой стол.