Когда митрополит Фотий скончался (8 июля 1431 г.), Иону, как мы уже знаем, избрали на место его, но по смутным обстоятельствам отечества не спешили отправить в Царьград для поставления в митрополита. В 1433 г. Иона продолжал еще именоваться только «нареченным в святейшую митрополию Русскую» и заведовать ею. А между тем в том же году Смоленский епископ Герасим побывал в Царьграде и возвратился оттуда митрополитом «на Русскую землю». Герасима скоро не стало (26 июля 1434 г.), тогда Иону послали наконец к патриарху для поставления в митрополита. Но в Царьграде уже назначили к нам митрополита Исидора, а Ионе сказали только, что он благословляется быть митрополитом после Исидора, если с последним случится смерть или что другое. С Исидором действительно скоро случилось недоброе: он изменил православию и был осужден Собором русских иерархов, в числе которых находился и Рязанский епископ Иона.
После этого великий князь Василий Васильевич решился писать к императору и патриарху. Сказав о принятии Россиею православия из Царьграда и о том, что оттуда она постоянно принимала своих митрополитов, иногда греков, а иногда русских, избранных в отечестве, князь продолжал с заметным огорчением, как и он по смерти митрополита Фотия посылал в Царьград епископа Рязанского Иону с просьбою о поставлении его в митрополита и как неизвестно почему просьбе этой не вняли. Иону на митрополию не поставили, а о ком не писал он, князь, кого не просил и не требовал, того прислали в Россию митрополитом, т. е. Исидора; как этот Исидор, которого князь едва-едва согласился принять, вопреки воле его отправился на Флорентийский Собор и, дав обещание сохранить православие, изменил ему, возвратился легатом папы к князю, привез от него послание, начал вводить латинские заблуждения и как, наконец, Собор русских епископов и прочего духовенства, рассмотрев внимательно послание папино, нашел «Исидорово все дело и прихождение чуждым и странным от Божественных и священных правил». Изложив это довольно подробно, князь обратился к императору и патриарху с словами: «Посему мы послали к вам наших послов и с ними писание папино, писанное по-латыни и по-гречески, которое принес к нам Исидор, и просим вас: воззрите в Божественные правила и в папино послание и рассудите, а нам дозвольте свободно совершать поставление для себя митрополита в нашей земле. Нужно это и по дальности и непроходимости пути к вам, по частым набегам татар в наши пределы, по нестроениям и мятежам в соседних нам странах. Нужно и потому, что всякому православному христианину приходится беседовать с митрополитом о духовных своих делах, а нам, государю, и о гражданских, иногда сокровенных, между тем с митрополитом из греков можно говорить не иначе как через молодых переводчиков, которые таким образом первые узнают то, чего им не следовало бы знать. Просим вас: пришлите нам ваше письменное разрешение, чтобы по святым правилам Собор епископов нашей земли, избрав человека доброго, мужа духовного, верою православного, поставил нам митрополита на Русь, как и прежде бывало по нужде поставление на Руси митрополита. А мы желаем, как было изначала, иметь сношения и любовь с святым царем и просить благословения и молитв у святейшего патриарха, пока будет стоять наша земля, и отнюдь не думаем разлучать от вас наше православное христианство». Из чтения этого послания легко приметить, что главным побуждением, почему великий князь Василий Васильевич решился ходатайствовать о поставлении Русских митрополитов в самой России, было вообще все прискорбное дело Исидорово… А остальные причины и обстоятельства, на которые ссылается князь, отнюдь не новые: на них русские могли бы ссылаться для той же цели и в прежние времена. Это послание, писанные в 1441 г. вдруг по осуждении Исидора в России, было отправлено в Константинополь, но вскоре пришедшая весть в Россию, что греческий император вместе с патриархом принял латинскую веру, заставила нашего князя воротить своих послов. Чрез два года послание было вновь приготовлено, с небольшими переменами, к отсылке в Царьград, но, может быть, по той же причине не было отправлено. И Рязанский епископ Иона все еще оставался епископом.
В 1446 г., когда великий князь Василий Васильевич был ослеплен князем Димитрием Шемякою, занявшим московский престол, и сослан в Углич, Шемяка, желая иметь в руках своих и малолетних детей Василия, которые были скрываемы в Муроме, вызвал Рязанского епископа Иону и обещал ему митрополию, если он отправится в Муром, возьмет «на свою епитрахиль» этих детей и привезет в Москву. Иона, не подозревая злых намерений Шемяки, исполнил его волю, привез детей в Москву и потом отвез к отцу в Углич. Тогда Шемяка повелел Ионе жить на митрополичьем дворе и Иона повиновался. Но скоро обстоятельства изменились. Василий Васильевич снова занял великокняжеский престол, и против Шемяки, бежавшего из Москвы и продолжавшего смуты, Собор русских владык и прочего духовенства издал (29 декабря 1447 г.) известное обличительное послание. В числе этих владык стоит и имя Ионы, только не митрополита, а владыки Рязанского, и не на первом, а на третьем месте, после владык Ростовского и Суздальского. Уже не прежде как в 1448 г. святой Иона достиг наконец митрополитского сана, к которому был избран семнадцать лет тому назад по смерти Фотия.