С начала XVI в., если не раньше, у нас появляется особый разряд Кормчих, в которых Номоканон Фотиев, доселе содержавший одни указания на правила Церкви, излагавшиеся отдельно от него, соединяется с ними по образцу Номоканона Схоластикова, и все апостольские, соборные и отеческие правила вместе с толкованиями на них излагаются по граням и главам Номоканона. Кормчие этого рода при всем сходстве между собою имеют и свои отличия. В одной из них (XVI в.), которая, судя по признакам правописания, принесена к нам из югославянских стран или снята со списка, прежде принесенного оттуда, изложены по граням Номоканона те самые правила и толкования, которые содержатся в Кормчих Рязанской фамилии, т. е. правила сокращенные и толкования Аристиновы. В другой, появившейся несомненно в России, кроме того что по граням Номоканона расположены эти самые правила и толкования, к каждой грани прибавлены еще соответствующие статьи из разных греческих духовных писателей: над этим потрудился игумен Иосифо-Волоколамского монастыря Нифонт (1523–1544) по благословению митрополитов Даниила и Макария. Наконец, третья Кормчая, также русского происхождения, отличается от двух упомянутых прежде всего тем, что в ней по граням Номоканона расположены правила с толкованиями, полные, как они содержатся в Кормчих Софийской редакции. Но, кроме того, Кормчая эта имеет и другие отличия.
Она изложена князем-иноком Вассианом Косым, известным врагом монастырских вотчин. Списывал он ее, как сам говорит, с симоновских правил, т. е. с Кормчей Симонова монастыря, которая, судя по этой снятой с нее копии, принадлежала к Софийской фамилии, а сличал с другим списком Кормчей, вывезенным из святой горы Афонской. Но, будучи проникнут подозрением, что «русские наши правила», т. е. употреблявшиеся в России Кормчие, повреждены, особенно в тех статьях, на которые ссылались защитники монастырских вотчин, и суть «не правила, а кривила», и вообще не разделяя того высокого понятия о Кормчей, какое имели его современники, считавшие Кормчую за книгу богодухновенную и приравнивавшие даже градские законы, в ней помещенные, правилам святых апостолов и святых отцов. Вассиан отнесся к этой книге в своем изложении ее довольно смело и небрежно: иное в ней перемешал, другое изложил короче или двукратно, вместо правил и наравне с правилами поместил кое-где статьи совсем другого достоинства, а главное, многие статьи исключил из Кормчей, которые прежде в ней помещались, а несколько других статей внес в Кормчую, от себя прибавил. Исключил, например, дорогие для защитников церковных имений статьи: а) Слово (подложное) 165 святых отцов Пятого Вселенского Собора на обидящих святые Божии церкви ; б) все вообще так называемые градские законы греческих царей на пользу Церкви; в) церковные уставы русских князей святого Владимира и Ярослава, издавна помещавшиеся в Кормчих Софийской редакции, хотя некоторых других русских статей тех же Кормчих не исключил. Прибавил, во-первых, новые, впрочем весьма немногие, толкования на правила, именно толкования Вальсамоновы, прежде у нас неизвестные, которые перевел для него с греческого Максим Грек, а во-вторых, прибавил некоторые новые статьи, видимо направленные против русских монастырей и их вотчин. Таковы: а) «Сказание старца Максима Св. горы к старцу Васиану о Св. горе жительства»; б) заметка самого Вассиана относительно монастырских сел, которую он поместил по окончании оглавления всех 14 граней, и в) особенно статья самого же Вассиана, довольно обширная, под заглавием: «Събрание некоего старца на въспоминание своего обещания от Св. Писаниа о отвержении мира». Здесь сначала Вассиан выражает мысль, что иноки не должны иметь сел и владеть ими, но должны жить в безмолвии и питаться своими руками и милостынею от христолюбцев, а если не хранят своего обещания, то Священное Писание именует их отступниками, предает проклятию, осуждает на вечные муки. Потом утверждает (не совсем справедливо), что как древние начальники монастырей – Пахомий Великий, Иларион, Евфимий, Савва Освященный и другие, так (будто бы) и русские – Антоний и Феодосий Печерские, Сергий Радонежский, Кирилл Белозерский, Варлаам Новгородский, Дионисий Глушицкий, Димитрий Прилуцкий и Павел Комельский сел при своих монастырях не имели и учили своих учеников жить по Евангелию и своему обещанию. Наконец, останавливается на трех соборных правилах и толкованиях на них (IV Вселенского Собора правило 24 и VII Вселенского Собора правила 12 и 18), в которых по прежнему употреблявшемуся у нас переводу упоминалось о монастырских селах, и, высказав недоверие к этому переводу, представляет новый перевод означенных правил вместе с новыми толкованиями Феодора Вальсамона, сделанный Максимом Греком с греческого Номоканона, что был вывезен еще митрополитом Фотием из Царяграда и хранился в московском Успенском соборе. При этом, однако ж, Вассиан позволил себе кое-что, не совсем похвальное. Вальсамон в своем толковании на 24 правило IV Вселенского Собора для более подробного ознакомления с делом указал на узаконения Иустиниана царя, в которых ясно упоминается и о монастырских селах; Вассиан не захотел привести этих узаконений, несогласных с его любимою мыслию, но ограничился также лишь указанием на них. А в толковании того же Вальсамона на 12 правило VII Вселенского Собора, запрещающее отдавать и продавать кому-либо епископские и монастырские угодия или имения, к числу которых Вальсамон относит и
загородные угодья προάστεια, хотя и не опустил следующих слов: «приградие селнов (так перевел Максим Грек προάστειον), аще насельникы обитаемо внове доброприходно будет, сие убо ради доброприходиа да не продастся», но внизу страницы прибавил к этому месту от себя такое толкование: «Летопровожение – сие тлъкуется проастион, сиречь пашни и винограды, а не села с житейскыми христианы» (л. 339), между тем как у Вальсамона говорится здесь о приградии селном, или проастионе, именно обитаемом насельникы. Нельзя оставить без внимания еще одной прибавки, которую сделал Вассиан в своей Кормчей на самой последней ее странице и в которой он ясно выразил свое очень невысокое понятие об этой книге, говоря: «Есть в св. правилех супротывно св. Евангелию, и Апостолу, и всех св. отец жительству. Но не смех на своей души сего положити, и о сем возвестих господину отцу моему митрополиту Варлааму и всему священному Собору. И они ми не велели ничего выставливати, глаголя: «Кто целомудр разум имеет, тъй лучшаго дьржится, еже есть по Возе, такожде и мы хотим и благословляем» (л. 406).