Высшая правительственная и судебная власть в Русской Церкви, с тех пор как она фактически перестала зависеть от Цареградского патриарха, сосредоточивалась исключительно в ее собственных Соборах.
Соборы в настоящий период бывали у нас весьма часто: принято было за правило, чтобы епархиальные архиереи для соборных совещаний собирались в Москву к митрополиту каждый год, по крайней мере, однажды, но иногда по требованию обстоятельств они собирались и чаще или, собравшись раз, проживали в Москве очень долго и составляли с небольшими промежутками целый ряд Соборов; с этою целию некоторые, если не все, архиереи имели для себя в Москве постоянные подворья. Созывал Соборы обыкновенно митрополит с соизволения или даже по приказанию великого князя, но нередко созывал и сам непосредственно великий князь своими грамотами к епископам, особенно в тех случаях, когда дело касалось митрополита, его избрания или суда над ним. Заседания Соборов происходили иногда в церкви: в Архангельском соборе, в Успенском или его приделе, но большею частию в палатах государевых или митрополичьих. Соборы составлялись иногда из одних только архиереев, которые, если не могли явиться на Собор, присылали свои повольные грамоты, например при избрании митрополита или епископа. Но большею частию на Соборах присутствовали, кроме архиереев, и настоятели монастырей – архимандриты, игумены, строители, также протоиереи, священники, монахи и вообще низшее духовенство; часто присутствовал и сам государь, иногда с своими детьми, братьями и со всеми боярами. Председательствовал на Соборе всегда митрополит, и только если его не было или дело касалось его лично, старейший из присутствовавших архиепископов. Право голоса на Соборах принадлежало, разумеется, прежде всего митрополиту и прочим архиереям, и случалось, что, например, при рассмотрении недоумений дьяка Висковатова, все объяснения в продолжение двух заседаний давал подсудимому исключительно сам митрополит, а при суде над Максимом Греком и князем-старцем Вассианом делал вопросы и обличения то сам митрополит, то по его поручению один из архиереев, Но предоставлялось и другим духовным лицам, присутствовавшим на Соборах, выражать свои мнения, и иногда, если эти лица отличались высоким умом и образованием, их голос имел даже преобладающее значение на Соборе, как, например, голос преподобного Иосифа Волоколамского на Соборах 1503–1504 г. Государь, присутствуя на Соборах, иногда, как на Соборе Стоглавом, обращался к отцам Собора с речью, устною и письменною, и предлагал им целый ряд вопросов, на которые они должны были дать ответы; иногда принимал участие в допрашивании еретиков, как Башкина и его товарищей; иногда, указывая на нужды отечества, прямо требовал от духовенства жертв, как по вопросу о церковных владениях, и вообще высказывал, не стесняясь, свои мысли пред отцами Собора, пока происходили их рассуждения о том или другом предмете, но затем постановлять самые определения и решения предоставлял уже отцам Собора. А бояре, находившиеся на Соборах, не вмешивались даже и в рассуждения Соборов, и когда однажды дьяк Висковатов, слушая на Соборе разговор государя с митрополитом об иконах, позволил себе высказать свое мнение, то митрополит Макарий, назвав это мнение «негораздым», заметил дьяку: «Знал бы ты свои дела, которые на тебе положены». Решения или вообще деяния наших Соборов в настоящий период касались всех отраслей и предметов церковного управления и суда. К деяниям первого рода, касавшимся управления, относятся: рассмотрение и одобрение толковой Псалтири, переведенной Максимом Греком; установление новых праздников в честь русских святых, рассмотрение житий их и церковных служб им; распоряжение о продолжении пасхалии на восьмую тысячу лет; избрания и поставления митрополитов и епископов; постановления о невзимании пошлин с поставляемых на священные степени и о летах этих лиц, о вдовых священниках, о мужеско-женских монастырях и перечислении Иосифо-Волоколамского монастыря в ведение великого князя московского; постановления о белом клобуке и красной печати для митрополита, о четвертом браке для царя Ивана Васильевича; рассуждения и приговоры о церковных вотчинах и почти все многосложное «соборное уложение о многоразличных чинех церковных» Стоглавого Собора. К решениям и вообще деяниям наших Соборов, касавшимся церковного суда, относятся: все статьи Стоглава «о святительском суде», в которых кратко обозначены не только предметы и лица, подсудные церковной власти, но и устройство церковных судов и порядок судопроизводства в них; решения о ереси жидовствующих и самих еретиках, о ересях Башкина и Феодосия Косого, о недоразумениях дьяка Висковатого и виновности его; судебные приговоры о митрополите Филиппе II, архиепископах – Ростовском Феодосии и Новгородском Серапионе, о старце Максиме Греке и князе-старце Вассиане. Соборные решения и постановления одни подписывались только архиереями, другие – и низшими духовными лицами: архимандритами, игуменами и утверждались согласием государя, который привешивал к ним свою печать, а обнародовались то от лица Собора, то от лица митрополита, то от лица самого государя. Не излишне присовокупить, что, принимая такое участие в деяниях Соборов, государь охотно допускал и участие Соборов в делах его государственных. Так, когда Иоанн III, отправившись с войском против татарского хана Ахмата, колебался вступить с ним в борьбу, Собор русских иерархов послал своему великому князю послание и убеждал его постоять мужественно за веру и отечество. Иоанн IV сам предложил свой Судебник на рассмотрение и утверждение Стоглавого Собора. Тот же государь пригласил всех святителей со множеством духовенства участвовать в Земской думе, собиравшейся в Москве, чтобы решить вопрос, продолжать ли или прекратить борьбу с Польшею. Не говорим уже о том, что в случаях важнейших, например предпринимая войну против врагов, государь обыкновенно испрашивал благословения митрополита, епископов и всего освященного Собора.