Суд по делам духовным находился при кафедре епархиального архиерея и состоял из лиц только духовных. Здесь судил сам архиерей «соборне» с архимандритами, игуменами и вообще избранными священнослужителями или судил тот, кому он «повелевал судить», т. е. его наместник. В Москве таким наместником митрополита, по крайней мере со времени Стоглавого Собора, всегда был епископ Сарский и Подонский, может быть, потому, что он постоянно жил в Москве и имел у себя небольшую епархию; у прочих архиереев должность наместников исполняли, вероятно, архимандриты или другие подобные лица духовного сана. А бояре митрополита и вообще святителей в духовном суде не заседали, кроме писарей, которые записывали дела. Суду этому подлежали: а) все миряне епархии по делам духовным, т. е. по преступлениям против веры и Церкви, каковы ересь, раскол, отправление языческих обрядов и подобные; б) все лица духовенства, белого и монашествующего, и причислявшиеся к ним – просвирня и другие также по делам духовным – по преступлениям против веры и Церкви, а лица собственно духовные и по преступлениям против обязанностей своего духовного звания и служения; в) настоятели и настоятельницы монастырей: архимандриты, игумены, строители и игуменьи – не только по делам духовным, но и по всем «прочим» (Стоглав. Гл. 66–68). Таким образом, эти лица, конечно по вниманию к их сану, вовсе были изъяты от подсудности другим судам епархиальным.
Суды по делам не духовным в каждой епархии существовали – один в том самом городе, где находилась кафедра архиерея, а прочие в тех городах и местах, где имели пребывание десятинники, заведовавшие десятинами, на которые разделены были наши епархии. По устройству своему все эти суды были одинаковы, а различались только тем, что в первом суде – при кафедре епархиального владыки – судили или председательствовали по его назначению его бояре, в том числе его дворецкий, а в прочих судах судили десятинники, тоже лица светские, назначавшиеся владыкою. Кроме председателей, или главных судей, в каждом из этих судов заседали: поповские старосты и десятские священники – по два или по три, каждый по одной неделе; градские старосты, и целовальники, и земский дьяк, которых назначал сам государь. Значит, суды эти по составу были почти исключительно светские и действовали под контролем государственной власти; духовные члены заседали в них только как бы депутатами и переменялись каждую неделю. Прибавим, что сами бояре и дворецкие, председательствовавшие на суде при кафедре владыки, не находились в полной его воле: он не мог, по крайней мере со времен Стоглавого Собора, ни отослать их от себя, ни вместо их поставлять новых без ведома и соизволения государева, как не мог держать у себя и дьяков без того же ведома. Судам епархиальным, в которых главными судьями были бояре и десятинники, подлежали: а) все миряне епархии по делам не духовным – из числа тех, которые перечислены еще в церковном уставе святого Владимира как подведомые Церкви, каковы: похищение женщин, подкинутие незаконнорожденных детей, прелюбодеяние, блуд, драка между мужем и женою об имении, нанесение побоев снохою свекрови, тяжбы о наследстве и пр.; б) все лица белого духовенства – протоиереи, священники, диаконы и причетники, равно как и причислявшиеся к ним, также по делам не духовным, именно: по рядным грамотам, по завещаниям, по кабалам, в поклажах, в боях, грабежах и во всяких тому подобных преступлениях, кроме душегубства и разбоя с поличным, по которым все вообще духовенство, белое и черное, подлежало судам мирским. Что же касается, в частности, монашествующего духовенства, то хотя до Стоглавого Собора оно судимо было по делам не духовным десятинниками наравне с белым духовенством, но Стоглавым Собором оно все освобождено от подсудности боярам и десятинникам: Собор определил, чтобы настоятелей и настоятельниц и по этим делам, как мы уже прежде сказали, судили сами архиереи, а прочих иноков и инокинь по всем делам, кроме духовных, судили в своих обителях сами настоятели с соборными старцами и настоятельницы, и сами же по суду чинили управу (Стоглав. Гл. 67–69).