Порядок судопроизводства во всех судах епархии был почти одинаков. Составные части его были следующие:
1) Предварительное следствие, или обыск. Когда к архиерею по каким-либо делам духовным или иным, например по обидам, по рядным и духовным грамотам, по кабалам, займам и пр., кроме душегубства и разбоя с поличным, приходили жалобщики, архиерей приказывал своим боярам или десятинникам давать жалобщикам приставов, которые и отправлялись за ответчиками с приставными грамотами. В то же время по приказанию владыки посылались его недельщики или недельщики десятинников производить по жалобам «правду и обыск» на месте. При этом обыскные списки писали земские дьяки пред земскими старостами и десятскими или дьяки церковные. По окончании обыска недельщики отдавали попов, диаконов и причетников на поруки, но не иначе как пред десятскими священниками, а мирян – не иначе как пред земскими старостами или пред земскими десятскими и назначали обвиняемым сроки явиться в подлежащий суд (Стоглав. Гл. 69. С. 318–320; снес.: А. э. 1. № 231). Впрочем, для настоятелей и настоятельниц монастырей сделано было исключение. К ним владыка не посылал в случае жалоб на них своих недельщиков для обыска, а посылал только свои грамоты за печатьми чрез самих же жалобщиков, чтобы настоятели или настоятельницы управились с ними сами на Соборе пред братиею или сестрами; если же не управятся, то присылали бы вместо себя к ответу своих слуг или, когда пожелают, приезжали бы сами. Только по делам духовным они должны были непременно приезжать сами ко владыке. А если они и слуг вместо себя не присылали к ответу и сами не являлись, в таком случае владыка посылал за ними приставов – представить их на суд (Стоглав. Гл. 68. С. 300–302). Вести обыск, или следствие, недельщики должны были со всею справедливостию и «поклонного» ни от кого не принимать; если же они обличались во взяточничестве, то с них взыскивалось втрое по цареву Судебнику (гл. 69. С. 320, 321).
2) Производство дел на суде. На суде снова производился обыск: допрашивались истцы и ответчики, выслушивались свидетели, делались очные ставки, но ни «крестного целования» (присяги), ни «поля» (судебного поединка) для лиц священнического и иноческого чина, как и на предварительном следствии, не допускалось. Если же свидетелей вовсе не было, а между тем по сану тяжущихся нельзя было прибегнуть ни к присяге, ни к поединку, в таком случае, предоставляя дело воле Божией, кидали жребий, и чей прежде вынимался, того и оправдывали. Судные списки на суде духовном писались в одном экземпляре, а на суде у бояр и у десятинников в двух: один список писался для бояр или десятинников, а другой слово в слово списывали себе заседавшие в суде градские старосты, и целовальники. и земский дьяк. Оба эти списка подписывались всеми членами суда и хранились дьяками в ларце за печатями бояр и десятинников. Если бояре и десятинники начинали судить неправедно, брали «посулы» и волочили дела, то прочие члены суда должны были говорить им, чтобы судили в правду и посулов не брали, а если бояре и десятинники не слушались, то старосты, целовальники и земский дьяк должны были писать к святителям и к самому царю. Тогда виновные подвергались великой опале, взятое ими взыскивалось втрое по цареву Судебнику, и сами они иногда лишались своего места (Стоглав. Гл. 66, 68; снес.: А. э. 1. № 231).
3) Решение дел. Когда на суде духовном разбирал дело сам владыка соборне с архимандритами и игуменами, тогда он по окончании обыска тут же и постановлял решение и приказывал «чинить управу». А когда вместо владыки на суде присутствовал его наместник, тогда по окончании суда наместник представлял судный список и обоих истцов ко владыке; владыка выслушивал судный список на Соборе, спрашивал истцов, так ли их судили, и затем утверждал судебный приговор и приказывал чинить управу. Равным образом и бояре по окончании всякого дела в их суде, находившемся при кафедре епархиального архиерея, представляли ему судные списки и обоих истцов; владыка также выслушивал судный список, спрашивал истцов, таков ли им был суд, и, если они говорили, что таков, утверждал решение суда, а если говорили, что не таков, то поручал членам того же суда переисследовать дело и доложить вновь и затем давал приказ чинить управу. Но десятинникам, суды которых находились более или менее вдали от местопребывания владыки, предоставлено было самим по обыску и суду чинить на месте управу во всяких делах, и только в которых делах невозможно было им учинить там управу, они представляли судные списки и обоих истцов ко владыке, который по выслушании списков и приказывал чинить управу (гл. 68).