Отвергая Божество Иисуса Христа, Божественное происхождение Его учения и Церкви и все собственно христианские догматы и учреждения, жидовствующие не могли не отвергать, в частности, христианской иерархии и христианского монашества, на которое действительно и нападали. Но, вооружаясь на первую и на последнее в их идее, или принципе, не нападали ли жидовствующие на самое поведение современных им русских иерархов и всего духовенства, белого и монашествующего? Не напрасно епископ Геннадий, жалуясь митрополиту и другим святителям на одного из первых вождей ереси жидовствующих, чернеца Захарию, называл его прямо стригольником. А известно, в чем состояло лжеучение стригольников: они отвергали всю церковную иерархию прежде всего за поставление духовных лиц по мзде, потом за их нетрезвую и зазорную жизнь и, наконец, за то, что они принимали приношения от христиан, делали поборы, собирали себе большие имения. Очень вероятно, что такие же точно укоризны против нашего духовенства повторяли и жидовствующие вслед за чернецом Захариею. Как бы то ни было, впрочем, только на все эти предметы в начале XVI в. сочло нужным обратить строгое внимание наше церковное и гражданское правительство.
В 1503 г. составился Собор в Москве. На нем присутствовали под председательством митрополита Симона Геннадий, архиепископ Новгородский, шесть епископов и множество низшего духовенства, в среде которого находились и знаменитые старцы – Паисий Ярославов, Нил Сорский и Иосиф Волоколамский, В совещаниях Собора принимали участие оба великих князя – Иоанн III и сын его Василий. Первые вопросы, возбужденные на Соборе, касались поставления лиц на священные степени и состояли в том, следует ли брать за поставление какие-либо пошлины и каких лет должны быть поставляемые. Известно, что всякая мзда за поставление, всякая симония строго запрещена апостольскими и соборными правилами и потому всегда преследовалась как в Греции, так и в России. Но у нас вошло в обычай по примеру Церкви Греческой, на основании гражданских греческих узаконений делать некоторые сборы с поставляемых на церковные должности, даже на архиепископские кафедры, не в виде мзды за самое поставление, а в виде уплаты за
протори, или издержки, необходимые при поставлении. Такие сборы делались иногда не только с лиц поставляемых, но и от мест, для которых они поставлялись. Владимирский Собор 1274 г. не отменил совершенно этих сборов, но только назначил им меру, и очень небольшую, для предупреждения злоупотреблений. Настоящий Собор поступил иначе: присутствовавшие на нем на основании правил святых апостолов (правило 29) и святых Соборов (IV Вселенского правило 2; VI Вселенского правило 22) уложили: «От сего времени впредь нам, святителям, – мне, митрополиту, и нам, архиепископам и епископам, и нашим преемникам, от поставления архиепископов и епископов, архимандритов и игуменов, попов и диаконов и от всего священнического чина ничего никому не брать и поминков никаких не принимать; также от ставленых грамот – печатнику от печати и дьякам от подписи ничего не брать, и всем нашим пошлинникам – моим, митрополичьим, и нашим, архиепископским и епископским, пошлин от ставления никаких не брать; также нам, святителям, у архимандритов, игуменов, попов и диаконов от священных мест и от церквей ничего не брать, но каждого поставлять без мзды и без всякого дара и отпускать на его место». Что же касается до возраста лиц, поставляемых на церковные степени, то Собор только возобновил определение прежнего Владимирского Собора, согласное с правилами древних Соборов (VI Вселенского правила 14, 15), чтобы поставляемые в священники имели не менее 30 лет, в диаконы – не менее 25 и в иподиаконы – не менее 20. «Если же кто из нас и после нас, – прибавили в заключение святители, – митрополит ли, архиепископ или епископ, от сего дня впредь некоторым нерадением дерзнет преступить настоящее уложение, то да лишен будет своего сана и да извержется сам и поставленный от него без всякого ответа». Все это уложение состоялось 6 августа 1503 г. и утверждено печатями обоих великих князей, Иоанна и Василия, подписью и печатаю митрополита и подписями прочих архиереев. Не может быть сомнения, что уложение вызвано было существовавшими в нашей Церкви злоупотреблениями, но оно оказалось бессильным предупредить новые злоупотребления. Как ни прискорбно, но мы не можем утаить или исказить ясного свидетельства летописей, что первым нарушителем этого уложения явился один из святителей, участвовавших в его составлении, и не кто другой как знаменитый Геннадий Новгородский. Едва возвратившись с Собора в свою епархию, он «начал брать мзду с священников за поставление еще больше прежнего вопреки своему обещанию по совету своего единомысленного любимца дьяка Михаила Алексеева. И, обыскав (обследовав) то, великий князь и митрополит свели Геннадия с кафедры на Москву». В июне 1504 г. он подал митрополиту грамоту, в которой отрекся от управления епархиею «своея ради немощи», поселился в Чудовом монастыре и там 4 декабря 1505 г. скончался.