Из афонских монастырей Иван IV наиболее благодетельствовал Пантелеимонову, называвшемуся русским и ктиторией русского государя, и сербской Хиландарской лавре. В 1543 г. он пожаловал первому монастырю грамоту, в которой приказывал не только давать его старцам свободный проезд по России и не брать с них на пути никаких пошлин, но и доставлять им корм и подводы. По этой-то, конечно, грамоте приходили к нам в 1547 г. из Пантелеимонова монастыря строитель Савва и три другие брата просить милостыню «на прокормление, вспоможение и искупление» своей обители, и, после того как государь «почтил их и удовлетворил» из собственной казны, митрополит Макарий написал еще окружное воззвание ко всем сынам Русской Церкви, приглашая их жертвовать по мере сил на ту же обитель. В 1550 г., извещая государя о полученной от него милостыне, братия обители извещали также, что на деньги, присланные его покойным отцом, они построили лишь половину монастырской ограды, а другая половина рассыпалась, что монастырь задолжал 600 рублей и терпит насилия не только от турок, но и от греков, отнявших у него многие его земли, и умоляли вновь пособить им и написать о них турецкому султану. Иван Васильевич не отказал в пособии и действительно написал турецкому султану, прося Пантелеимонову монастырю «защищения и облегчения дани». В 1554 г. царь приказал выдать старцу этого монастыря Евфимию грамоту на беспрепятственное путешествие по России для сбора пожертвований, а в 1571 г. чрез купца Барзунова послал в этот монастырь двести рублей по царице своей Анастасии, сто пятьдесят по брате Юрии и серебряную чашу по царице Марии.
Не менее, если даже не более, участия принимал царь в судьбе сербской Хиландарской лавры. В 1550 г. прибыл из нее в Москву игумен Паисий с грамотою к царю ото всех своих братий, в которой они горько жаловались на бедственное положение своей обители и притеснения не только от турок, но и от греческих монастырей. «Ныне, – писали старцы, – монастырь наш обветшал и кельи все порушились; церковные сосуды, златые и серебряные, честные кресты, святые Евангелия, кадильницы, рипиды и иная церковная утварь заложены у турок и жидов за полторы тысячи рублей, а помощи монастырю ниоткуда нет… Плачемся тебе, царю и государю, умилосердись, пошли до турецкого султана свое царское слово, чтобы не брал с нас дани и пошлин и велел возвратить нам пашни, которые отняли у нас греки; они богаты и дают туркам великие посулы, отнимая у наших монастырей пашни, а нам нечего давать туркам… Ныне наши монастыри словенского языка в Греческой земле пребывают в чуждостранствии, и мы алчем, и жаждем, и наготуем без своих царей и ктиторов у безбожных агарян. Сотвори милость с нами». Государь немедленно послал (1551) свое ходатайство турецкому султану и о Хиландарском монастыре. Затем (1554–1556) выдал монастырю жалованную грамоту на свободный приезд его старцев в Россию за милостынею; принял монастырь и всех его иноков под свое особое покровительство, выражаясь в своей грамоте: «Хотя они и не под нашим обретаются начальством, но, видя их скорбь, и утеснение, и смиренное припадание к нашему царству, мы приняли их во имя государства нашего для вспоможения и пропитания их во всяких бедах», – пожаловал монастырю в Москве подворье со всеми потребными хоромами, в новом городе Китае, по правую сторону Богоявленского монастыря, и позволил трем его старцам собирать милостыню в Новгороде и по всем новгородским монастырям. В 1557 г. послал в монастырь чрез этих старцев триста рублей и богатую завесу к царским вратам, шитую золотом и унизанную жемчугом, причем также послали от себя: царевич Иван – серебряную позолоченную панагию и князь Юрий Васильевич – пятьдесят рублей деньгами. В 1559 г. послал архимандриту монастыря Прохору чрез новгородского софийского архидиакона Геннадия еще триста рублей. В 1571 г. пожаловал этому же архимандриту Прохору, находившемуся в Москве, пятьсот рублей на помин царицы Анастасии и послал в монастырь чрез купца Барзунова еще сто пять рублей на поминовение брата Юрия. А около 1580 г. послал архимандриту монастыря Феодосию сто двадцать рублей. Надобно заметить, что в 1571 г., кроме монастырей Хиландарского и Пантелеимонова, государь послал чрез купца Барзунова и к проту и всему Собору Святой горы семьсот рублей по царице и четыреста рублей по брате для раздачи всем прочим монастырям Афона.