Чрез два дня (23 февраля) собралось во дворец еще гораздо больше народа, чем прежде, и Антония вновь позвали к государю. Антоний был в большом страхе и на всякой случай приобщил даже своих спутников Святых Тайн. Но Иван Васильевич, как только увидел его, пригласил его сесть и громким голосом вслух всех произнес: «Антоний! Если я сказал тебе прошлый раз что-либо неприятное о Римском первосвященнике, то прошу меня извинить, и не пиши о том к папе. Мы хотим иметь с ним, несмотря на разности по вере, как и с прочими христианскими государями, дружбу, братство и единение, для чего и пошлем с тобою в Рим нашего посла. А о всем прочем дадут тебе от нашего имени ответ наши бояре». Бояре рассуждали с Антонием о разных политических делах, относительно же веры только просили его именем государя изложить на бумаге, чем разнятся вера русская и латинская, так как в России никто не умеет перевесть с греческого присланную папою книгу о Флорентийском Соборе. Антоний обещал исполнить просьбу.
В последний раз Иван Васильевич имел с Антонием речь о вере 4 марта. То было первое воскресенье Великого поста. Позвав к себе Антония, в присутствии многочисленных сановников и царедворцев государь сказал ему: «Ныне мы идем в соборную церковь, пойди и ты – мне сказали, что ты этого желаешь, – и посмотри, как мы поклоняемся Пресвятой Троице, и Богородице, и всем святым, как чтим нашего отца и богомольца митрополита, но не обожаем его, не носим на престоле, как вы носите своего папу и целуете его в ногу, – то гордость, а не святительское дело. Ты называешь папу наместником апостола Петра, но Петр так не делал, его не носили на престоле, а ходил пеш и бос». Антоний, озадаченный новыми нападками на папу, хотя царь в них уже извинялся, отвечал, что делание идти в русскую церковь никому не выражал, что знает чин ее службы и не может присутствовать при служении митрополита, пока он не утвержден папою, а в защиту папы повторял прежние свои слова и под конец сказал: «Как нам всем не чтить и не величать папы? Он всем отцам отец. А вот и у тебя, государя, митрополит, и ты какую ему честь воздаешь? Умоет он в службе руки свои, и тою водою ты мажешь свои очи». Государь: «Называешься учителем и сказываешь, что пришел нас учить, а и того не знаешь, что говоришь; читал ли ты толковую обеденную службу (толкование на литургию)?» Антоний ответа не дал, и государь продолжал: «Коли не знаешь, я тебе скажу: тою водою, которою митрополит на обедне умывает руки, как он сам, так и мы все просвещаем очи свои: она знаменует Страсти Господни». После того Антоний сказал: «Чтобы не утруждать тебя более, государь, прошу принять вот эту рукопись, которую я написал по твоему приказанию, о различии между католическою Церковию и Греческою. Тут ты найдешь, когда пожелаешь, ответы на все такого рода вопросы о вере». Приняв рукопись, царь велел боярам идти в церковь вместе с Антонием, но Антоний, когда бояре остановились пред церковию в ожидании государя, успел незаметно уйти. Пред отъездом своим из России Антоний снова просил, чтобы позволено было приезжим латинянам иметь в ней свои церкви, и в третий раз получил отказ. Бояре именем государя отвечали: «Приезжие люди римской веры могут невозбранно иметь у нас своих попов, но только б они своего учения русским людям не плодили, а костелов им в нашем государстве не ставить. В нашем государстве много разных вер, и мы у них воли не отнимаем: живут все по своей воле, как кто хочет, а церквей еще по сие время ни которой веры в нашем государстве не ставливали». Отпуская Антония, царь Иван послал с ним в Рим своего гонца и грамоту к папе, в которой извещал, что принял его посла с благодарностию и любовию, выражал свою готовность быть в союзе с христианскими государями против турок, касательно же веры писал: «А что еси прислал к нам с Антонием книгу Собора Флорентийскаго, печатную греческим письмом, и мы тое книгу у посла твоего велели взяти, а что еси писал к нам и речью нам посол твой говорил о вере, и мы о том с Антоньем говорили».