Но, видно, Вассиан не довольствовался одними хульными словами против Иосифа и святителей, не пощадивших на Соборе ереси жидовствующих; вероятно, еретики, пользуясь покровительством этого сильного временщика, начали смело поднимать свои головы и угрожать опасностию православию, потому что Иосиф в 1511–1512 гг. нашелся вынужденным снова со слезами умолять великого князя Василия Ивановича от лица всей своей обители и писал к нему: «Ради Бога и Пречистой Богородицы, попекись и промысли о Божественных церквах и православной вере и об нас, нищих твоих и убогих… Как прежде, боговенчанный владыко, ты поревновал благочестивому царю Константину и вместе с отцом своим до конца низложил скверных новгородских еретиков и отступников, так и теперь, если ты, государь, не позаботишься и не подвигнешься, чтобы подавить их темное еретическое учение, то придется погибнуть от него всему православному христианству… Как в первом обыску все ты, государь, обыскал и управил, так и ныне подобает тебе попещися: ты всем глава, покажи ревность твоего благочестия… Отец твой по проклятии еретиков Захарии чернеца и Дионисия попа велел заключить их в темницу, и они там скончались и не прельстили никого из православных. А которые начали каяться и отец твой покаянию их поверил, те много зла сотворили и многих христиан увлекли в жидовство. Так, невозможно никому той беды утолить, кроме тебя, государя и самодержца всей Русской земли». Убеждения святого старца и в этот раз подействовали на Василия Иоанновича: он «повелел всех еретиков побросать в темницу и держать там неисходно до конца их жизни, и, слыша о том, отец игумен воздал славу Богу Отцу и Сыну и Святому Духу». Но преподобный Иосиф вскоре скончался (9 сентября 1515 г.), а по смерти его жидовствующие снова приободрились. Дошло до того, что явился, как было при начале этой ереси, какой-то «жидовин-волхв, чародей и прелестник» по имени Исаак, который обольщал и увлекал православных. Около 1520 г. составился Собор на еретика, и только что прибывший к нам Максим Грек написал отцам Собора «Совет» – подвигнуться ревностию за православие и единодушно с дерзновением предать смутившего стадо Христово внешней власти на казнь, чтобы и другие научились не смущать более овец Христовых и земля наша очистилась от таких бешеных псов. После этого, казалось, ересь жидовствующих совсем исчезла, так что Новгородский архиепископ Макарий около 1527 г. величал великого князя Василия Иоанновича окончательным ее низложителем. Но на самом деле она только притаилась и продолжала существовать, как увидим, не только до кончины своего главного покровителя, князя-инока Вассиана, а и после него, хотя уже под другим названием.