О достоинствах Даниила в должности настоятеля можем заключать из того, что он заслужил особенное благоволение самого государя, часто посещавшего монастырь, и удостоился быть избранным прямо в сан митрополита. На митрополитской же кафедре Даниил явился таким архипастырем, каких у нас бывало немного. Он был по своему времени человек очень образованный и весьма начитанный, как свидетельствуют его сочинения и другие памятники. Он с ревностию проповедовал истины святой веры как в храмах, что составляло тогда у нас редкость, так и чрез послания разным лицам, смело обличал современные пороки в обществе, в духовенстве, в самых вельможах. Особенно он вооружался против господствовавшего тогда у нас вольнодумства и неповиновения уставам Церкви, старался охранить свое духовное стадо «от еретиков, хуливших Христа Бога и Его Пречистую Матерь», т. е. жидовствующих, которые, значит, еще существовали, и в своих поучениях и обличениях говорил всегда яко власть имеяй, что некоторым могло показаться гордостию, и держась во всем неуклонно основных начал православия: Священного Писания, учения и правил Вселенских и Поместных Соборов и святых отцов. Правда, сохранились о Данииле и свидетельства для него невыгодные. Но чьи это свидетельства? Во-первых, людей недовольных, находившихся в опале, за которых он не хотел ходатайствовать и которые, естественно, могли всячески порицать его в своих домашних беседах; так, один из них говорил: «Не ведаю, есть ли митрополит на Москве, и Даниил – митрополит ли или простой чернец; учительного слова от него нет никакого, и ни о ком он не печалуется, тогда как прежние святители печаловались пред государем о всех людях». А во-вторых, свидетельства людей, враждебных Даниилу, людей партии князя-инока Вассиана и Максима Грека, или враждебных и великому князю, каков был впоследствии князь Андрей Курбский. Потомок древних удельных князей, он свою родовую и личную ненависть к царю Иоанну IV перенес и на отца его Василия и в своей известной «Истории князя великого московского» старался изобразить Василия Иоанновича как величайшего злодея и тирана. А вслед за тем, до крайности восхваляя всех. которые имели несчастие подвергнуться его гневу, в особенности князя-инока Вассиана и Максима Грека, также неумеренно порицал людей, пользовавшихся благоволением Василия Ивановича, в особенности иноков Иосифова монастыря и митрополита Даниила; первых называл не иначе как презлыми и прелукавыми, а последнего «прегордым, лютым и проклятым». Вообще, вся «История» Курбского дышит очевидным пристрастием к людям его партии и почему-либо ему близким (к числу таких относился и Максим Грек: Курбский любил называть себя его учеником) и нескрываемою ненавистию к Иоанну IV, его отцу и деду – великим князьям московским, на которых тогдашние наши бояре, потомки бывших удельных князей, смотрели не иначе как на беззаконных нарушителей их стародавних прав и как на грабителей. А потому в «Истории» этой немало известий, иногда только неточных, иногда искаженных, а иногда и совершенно ложных и вымышленных. Враги Даниила, либералы того времени, против которых он восставал с такою силою в своих сочинениях, чернили его еще при его жизни, и они-то, по всей вероятности, уверили Герберштейна, будто Даниил избран (в 1522 г.) в митрополита только тридцати лет и будто он, чтобы не казаться более преданным чреву, нежели посту, бдению и молитве, окуривал лицо свое серою для придания ему бледности каждый раз, когда шел на богослужение и являлся пред народом. Между тем как еще при избрании Даниила во игумена в 1515 г. его называли «старцем» (хорош был бы старец и игумен – 22 лет!); да он не мог удостоиться тогда, по действовавшим правилам, даже священства, или иеромонашества, не имея тридцати лет. И братия, как мы видели, за то именно и избрали Даниила себе в настоятеля, что он любил пребывать в трудах, посте и молитвах.
Взысканный милостию государя и пользуясь его неизменным благоволением, митрополит Даниил, естественно, должен был платить государю взаимною совершенною преданностию и старался во всем угождать ему, хотя иногда, быть может, и более надлежащего. По крайней мере, известны два такого рода случая. В 1523 г. позван был в Москву, и уже не в первый раз, внук известного князя Димитрия Шемяки северский князь Василий Шемячич по подозрению его в тайных сношениях с Литвою. Великий князь и митрополит наперед выслали ему свои «опасные» грамоты с удостоверением его в личной безопасности. И когда он прибыл в Москву, то принят был с честию; но чрез несколько дней его схватили как уличенного в измене и заключили в темницу. Некоторые не верили этой измене и осуждали великого князя и митрополита за неправду. Боярин Беклемишев-Берсень, находившийся под опалою князя, сказал однажды в домашней беседе, будто Даниил выражал радость, что Бог избавил государя от «запазушного» врага Шемячича, а «то митрополит позабыл, что сам писал к Шемячичу грамоту, и приложил к ней свою руку и печать, и взял его на образ Пречистой и чудотворцев да на свою душу», хотя впоследствии Берсень отказался от этих своих слов. Другие, напротив, говорили, что Шемячич точно был виноват, что уликою ему послужило его собственное письмо, которое он послал было к польскому королю чрез киевского воеводу, а воевода доставил прямо Василию Ивановичу. Это последнее известие нам кажется более вероятным. Шемячич и прежде два раза (в 1511 и 1517 гг.) был вызываем в Москву по бывшим на него доносам о сношениях его с польским королем, но каждый раз оправдывался пред государем и с честию был отпускаем в свой удел. Теперь же, верно, не мог оправдаться и обличен был неопровержимою уликою. А если бы Василий Иванович хотел только погубить Шемячича, даже безвинно, чтобы воспользоваться его уделом, то, конечно, в состоянии был бы сделать это и в оба первые раза. И следовательно, обвинения, взводимые на митрополита Даниила по делу князя Шемячича, может быть, несправедливы.