Конца соборного акта не сохранилось, и мы не знаем, не был ли Вассиан обличаем еще в других каких-либо заблуждениях и вольных мыслях. Но из другого источника известно, что Собор осудил Вассиана и послал его, с соизволения великого князя, в заточение в тот самый монастырь, против которого Вассиан всего более враждовал и который старался даже разорить, именно в Иосифов волоколамский, где он и скончался. Как бы снисходительно мы ни судили о старце-князе Вассиане, но, имея в виду известные его действия и особенно соборное деяние о нем, мы никак не можем сказать, чтобы он был христианин, православный во всем, и покорный сын Церкви; напротив, должны сознаться, что по некоторым предметам он был дерзкий вольнодумец и упорный противник православной Церкви, был даже еретик, по крайней мере, держался некоторых еретических мнений и, очень вероятно, не был чужд ереси жидовствующих. Называть подобную личность передовым человеком своего времени не согласится беспристрастная история, особенно история церковная, тем более что и по своему уму и образованию Вассиан, как показывают немногие уцелевшие его сочинения и действия, нимало не выдавался из ряду других образованных своих современников и далеко не мог равняться ни с преподобным Иосифом Волоколамским, против которого враждовал, ни с Максимом Греком, к которому был расположен.
Правление митрополита Даниила продолжалось еще около семи лет, но о действиях его в это время известно весьма немного. Последнюю услугу великому князю Василию Ивановичу оказал он незадолго пред его кончиною (3 декабря 1533 г.). Пришедши уже в крайнее изнеможение, государь выразил давнее свое желание постричься. Некоторые бояре стали было противиться этому и говорили: «Великий князь Владимир киевский и другие великие князья умерли не в чернецах, а сподобились покоя с праведными». Тогда митрополит, с гневом выразив свое неблагословение главному из возражателей, Андрею Ивановичу Воронцову, присовокупил: «Хорош сосуд серебряный, но лучше позлащенный» – и поспешил исполнить волю умиравшего князя, дал ему при пострижении имя Варлаама и в монашеских одеждах похоронил его в Архангельском соборе. Умирая, Василий Иоаннович «приказал» сына своего и наследника Иоанна, которому не исполнилось еще четырех лет, отцу своему Даниилу митрополиту. И Даниил, едва только скончался государь, немедленно привел братьев его и бояр к присяге новому государю и матери его, правительнице государства, Елене. А чрез несколько времени в Успенском соборе в присутствии духовенства, князей, бояр и народа торжественно благословил Иоанна святым крестом на великое княжение. Пока жива была Елена, Даниил не чувствовал над собою никакой перемены. Его приглашали в Государственную думу для совещаний и просили его благословения пред начатием войны с Литвою; он являлся посредником для примирения великого князя и его матери с младшим братом покойного государя Андреем. Но когда Елена скончалась (3 апреля 1538 г.) и настали смуты бояр, теснивших и давивших друг друга из-за власти, судьба митрополита скоро изменилась. Он имел неосторожность пристать к стороне князя Ивана Бельского, пользовавшегося некоторое время особенною доверенностию малолетнего Иоанна. Но князья Шуйские успели низложить Бельского и заключить в темницу. Затем свергли с престола и митрополита Даниила (в начале февраля 1539 г.) и сослали его в волоколамский монастырь, где он прежде был игуменом. Там спустя почти два месяца заставили его написать грамоту, в которой он отрекался от митрополии не по болезни или немощи, как некогда отрекся митрополит Зосима, а, к изумлению, по сознанию своей неспособности к такому высокому служению и свидетельствовал, будто он отпущен государем и великим князем в безмолвное житие по ходатайству всего святительского Собора.
Эту грамоту бывший митрополит подписал 26 марта 1539 г., а еще 6 февраля был избран, наречен и возведен на митрополичий двор и 9 февраля поставлен новый митрополит Иоасаф Скрыпицын из игуменов Троицко-Сергиева монастыря, воспринимавший от купели Иоанна. По-видимому, и избрание и поставление были совершенно законны, в том и другом участвовали святители: Макарий Новгородский, Иона Рязанский, Акакий Тверской, Досифей Сарский и Алексий Пермский. Но святители немало погрешили в том, что, вероятно уступая давлению мирской власти, избрали и поставили нового митрополита прежде, нежели прежний отрекся от своей кафедры. Свергнув Даниила, князь Иван Шуйский естественно мог рассчитывать, что в новом, избранном по его желанию первосвятителе найдет себе верного союзника и твердую опору, но скоро увидел свою ошибку. Иоасаф вместе с некоторыми боярами в июле 1540 г. осмелился ходатайствовать пред государем об освобождении из темницы князя Бельского, заключенного туда Шуйскими, и Бельский был освобожден. С того времени Бельский и митрополит сделались самыми приближенными лицами у государя, его «первосоветниками» и, надобно сказать, старались употреблять свою власть для умиротворения и благоденствия отечества.