Переходя к церковным делам, для которых преимущественно и созван был Собор, царь дал Собору на бумаге 37 вопросов для обсуждения и в первом из них говорил: «Отец мой Макарий, митрополит всей России, и все архиепископы и епископы! Воззрите на свои паствы, врученные вам от Бога, и помыслите о святых Божиих церквах, и о честных иконах, и о всяком церковном строении, чтобы по святым церквам звонили и пели по Божественному уставу и по священным правилам. Ибо ныне мы видим и слышим, что многие церковные чины совершаются не сполна, не по священным правилам и не по уставу. И вы бы, о всех тех церковных чинах рассудив, указ чинили, а равно и о всяком священническом, и иноческом, и церковном причте, и уставили бы поповских старост над всеми священниками и прочие чины по правилам. Ибо вам поручено пасти Церковь Божию, и установлять церковных чиновников, и поучать, да и мы от них спасение получим…» и пр. В последующих вопросах указаны были более частные предметы, на которые царь хотел обратить внимание Собора (гл. 5). Отцы Собора обсудили все эти царские вопросы и сделали по ним свои определения (гл. 6–40). Царь предложил еще 32 вопроса, на которые также Собор дал свои ответы (гл. 41), и вслед за тем изложил и много других своих постановлений: частию на первые вопросы царские, частию на вторые, а части о предметах, прямо не указанных в вопросах царя (гл. 42–97). Наконец, по совету царя, митрополита и прочих святителей «царское предисловие», т. е. все речи царя пред началом Собора, царские вопросы и соборные на них ответы были «преданы писанию» и отправлены в Троицкий Сергиев монастырь к бывшим: митрополиту Иоасафу, архиепископу Ростовскому Алексию, архимандриту чудовскому Вассиану, игумену троицкому Ионе, проживавшим в том монастыре, равно как и ко всем соборным старцам. Это была первая редакция книги Стоглав, в которой, вероятно, еще не было разделения на главы и, без сомнения, недоставало двух нынешних последних глав, судя по их содержанию. Иоасаф вместе с прочими названными лицами, выслушав «царское и святительское уложение», изъявил свое согласие на «соборное уложение» и послал свой ответ (гл. 99). Но в ответе счел нужным сделать свои замечания против некоторых постановлений Собора и при этом не ссылался на главы соборной книги, что было бы весьма удобно, если бы главы в ней существовали, а указывал на предметы постановлений без всякого порядка (гл. 100). Собор по прочтении ответа митрополита Иоасафа признал большую часть его замечаний справедливыми и по ним изменил и дополнил некоторые свои постановления. В это-то уже время книга Стоглав могла получить окончательную свою редакцию на Соборе: с постановлениями, уже измененными по замечаниям митрополита Иоасафа, и с разделением на главы, из которых 99-ю составляет сказание о посылке соборной книги на рассмотрение Иоасафа, а 100-ю – его ответ Собору. Была ли тогда книга Стоглав подписана всеми, присутствовавшими на Соборе, – неизвестно, но она могла остаться и неподписанною, потому что заключала в себе не одни постановления Собора, а и деяния его, вовсе не требовавшие подписей.
О чем же происходили совещания Стоглавого Собора, о чем состоялись его определения? Предметы для занятий Собора были указаны в 69 вопросах царя и были вообще многочисленны и разнообразны, но круг их еще расширялся самими отцами Собора при их совещаниях и постановлениях. Можно сказать, что круг этот обнимал собою всю обширную область церковной жизни и касался более или менее всех ее сторон: и учения, по крайней мере Символа веры и училищ; и богослужения с его обрядами во всех подробностях; и управления, или святительского суда, также во всех подробностях; и поведения духовенства, белого и монашествующего, особенно устройства монастырей; и поведения мирян, их суеверий, нравов и обычаев, семейных и общественных; и отношений церковной власти к власти гражданской и к самому государю. Стоглавый Собор имел в виду как бы обновить всю Русскую Церковь, исправить все недостатки, какие существовали в ней и усилились в последнее время, и указать ей путь для правильного развития всех отраслей ее жизни. На Стоглавом Соборе, между прочим, вновь рассмотрены разные вопросы, которыми занимались наши прежние Соборы, например Владимирский 1274 г. и Московский 1503 г., но рассмотрено и множество других вопросов, которых вовсе не касались на наших прежних Соборах. И в этом отношении Стоглавый Собор далеко превосходит все, дотоле у нас бывшие. Уложение его, или книга Стоглав, явилась в царствование Иоанна IV почти таким же сводом узаконений для Русской Церкви, каким явился тогда же пересмотренный Судебник для Русского государства.