Собор открылся не позже октября 1553 г. и продолжался и в следующем году. На этом Соборе, имевшем свои заседания в царских палатах, присутствовали под председательством митрополита Макария Ростовский архиепископ Никандр и епископы: Афанасий Суздальский, Кассиан Рязанский, Акакий Тверской, Феодосий Коломенский и Савва Сарский вместе с многочисленным духовенством. Присутствовал и царь с своими братьями и со всеми боярами. Пред лицом Собора Башкин вновь исповедал свои заблуждения, каялся в них и начал обличать своих единомысленников с очей на очи. Сам государь «начат их испытовати премудре», но они хотя убоялись царя, так крепко поборавшего по благочестию, однако ж запирались и не сознавались. Только некоторые из них сказали сами на себя, что они не поклонялись святым иконам и положили зарок и впредь им не поклоняться. Для обличения еретиков на Собор принесена была книга преподобного Иосифа Волоколамского – знак, что лжеучение их Собор считал однородным с ересию жидовствующих и как бы ее отраслию. Царь весьма похвалил эту книгу, а митрополит и весь священный Собор назвали ее светилом православия. К изумлению, один из числа самих святителей – Кассиан Рязанский начал поборать за еретиков и особенно за своего старца Исаака Белобаева, приведенного на Собор из дальней пустыни Соловецкого острова, а вместе начал хулить книгу преподобного Иосифа и говорить, что ее свидетельства не подлинны, за что и подвергся небесной казни: у него отнялись рука, нога и язык, и он, расслабленный, оставил свою епископию и отошел в монастырь. Из всех заподозренных в ереси и судившихся на Соборе только об одном, именно о бывшем игумене Троицкого Сергиева монастыря Артемии, дошла до нас соборная грамота, из которой можно видеть, в чем обвинялся он и какие давал ответы.
До игуменства своего Артемий жил в псковском Печерском монастыре, потом поселился в какой-то белозерской пустыни и оттуда вызван был в Москву. Здесь царь велел остановиться ему в Чудовской обители, а священнику Сильвестру поручил поприсмотреться к нему, поиспытать его. И когда Сильвестр нашел, что Артемий имеет «довольно книжнаго ученья и исполнен добраго нрава и смирения», то по просьбе троицких братий и по повелению государеву Артемий поставлен был в игумена к Троице (в 1551 г.). У Артемия был ученик Порфирий; этот ученик в качестве старца-странника не раз приходил для духовной беседы к благовещенскому священнику Симеону, который, заметив, что он «от Писания говорит недобро», передал все слышанное Сильвестру. Сильвестр пригласил странника к себе и во время неоднократной беседы с ним заметил то же самое и свои сомнения пересказал царю. Царь обратил свое внимание на самого Артемия и начал примечать «вся слабостная учения» Порфирия и в его учителе. Но Артемий скоро оставил игуменство «за свою совесть» и отошел в пустыню. Когда начались разыскания по поводу ереси Башкина, тогда приведен был в Москву из своей пустыни и Артемий вместе с учеником своим Порфирием и другими старцами. Артемию было сказано, будто он вызван, чтобы «говорить книгами», или состязаться, с Башкиным; но, услышав в Москве, что Башкин указывает и на него как на своего сообщника, тайно бежал из Андроникова монастыря, где был помещен, в свою белозерскую Порфириеву пустынь. Его, однако ж, вновь взяли оттуда и представили пред лицо Собора. Здесь прежде всех выступил против Артемия сам Башкин и как письменно, так и словесно свидетельствовал, что Артемий изрекал хулы на поклонение святым иконам, на таинство Евхаристии, на предания святых отцов и многие другие. Но Артемий ни в чем не сознался и на все убеждения митрополита покаяться отвечал: «Я так не мудрствую, я верую во Отца и Сына и Святого Духа, в Троицу Единосущную». Кроме Башкина еще шесть свидетелей один за другим говорили против Артемия. Собственный его келейник и ученик Леонтий рассказал только, как Артемий бежал тайно из Андроникова монастыря в свою пустынь. Артемий сознался, что бежал от наветующих, будто он неистинствует в христианском законе; самих же наветующих, несмотря на неоднократные допросы, не поименовал. И Собор поставил Артемию в вину, зачем он не бил челом царю и митрополиту на этих наветующих и не свел с себя навета, а тайно бежал из Москвы. Бывший ферапонтовский игумен Нектарий заявил пред Собором: «Артемий говорил мне о Троице: в книге Иосифа Волоцкого написано негораздо, что Бог посылал в Содом двух ангелов, т. е. Сына и Святого Духа; да Артемий же новгородских еретиков не проклинает, и латинян хвалит, и поста не хранит: во всю Четыредесятницу ел рыбу и в день Воздвижения у царя за столом ел рыбу; да он же, Артемий, ездил из Пскова, из Печерского монастыря в Новый городок к немцам и восхвалял их веру…» Артемий на это отвечал: «Когда случалось мне из пустыни бывать у христолюбцев, я ел рыбу и у царя в день Воздвижения ел рыбу; в Городок к немцам ездил и спрашивал у немецкого князя, нет ли у них человека, с кем бы мне поговорить книгами; я имел в виду поговорить о том, таков ли христианский закон у римлян, как у нас; но мне такого книжного человека не указали». Собор вменил Артемию в вину и то, что он нарушал пост к соблазну православных, и то, что ездил к немцам для означенной цели, ибо он сам ведает, говорил Собор, что наша есть истинная православная вера, а латинская вера отречена от православной святыми отцами и предана проклятию. Тот же Нектарий обличал Артемия во многих богохульных и еретических речах; но Артемий называл все это клеветою, и три старца-пустынника, на которых сослался Нектарий как на слышавших те богохульные речи, действительно не подтвердили его слов и сказали, что «про Артемия хулы на Божественное Писание и христианский закон не слыхали ничего». Третий свидетель, бывший игумен Троицкого Сергиева монастыря Иона, писал на Артемия, что он говорил хулу о крестном знамении: «Нет-де в том ничего; прежде-де сего на челе своем знамение клали, а ныне своим произволением большие кресты на себе кладут; да и на Соборе-де о том крестном знамении слово было да не доспели ничего». Артемий отвечал, что про крестное знамение Ионе не говаривал, а про Собор говорил, и именно про Собор нынешний, – и это поставлено Артемию в вину. Четвертый свидетель, келарь Троицкого Сергиева монастыря Адриан Ангелов, показал пред Собором: «Говорил Артемий в Корнильеве монастыре, в келье игумена Лаврентия, что нет пользы петь панихиды и обедни по умершим, тем они муки не избудут». Артемий отвечал: «Я говорил про тех, которые жили растленным житием и грабили людей, что когда начнут петь по них панихиды и обедни, то нет им пользы и чрез то им муки не избыть». Собор справедливо осудил эту ложную мысль и обвинил Артемия за то, что отнимает у грешников надежду спасения, подобно Арию, который учил, что не должно творить приношения за умерших. Затем старец Троицкого Сергиева монастыря Игнатий Курачов показал: «Я слышал от Артемия про канон Иисусов: таки