Вскоре после этого в Москве состоялась Земская дума из представителей всех сословий государства, которая по воле Иоанна должна была решить вопрос: продолжать ли войну с польским королем или помириться с ним на предложенных им условиях, и 2 июля решила вопрос не в пользу мира. Для участия в Думе созвано было в Москву и знатнейшее духовенство: девять архиепископов и епископов, многие архимандриты, игумены и другие иноки. Этим-то собранием высшего духовенства государь, вероятно, и воспользовался, чтобы избрать нового митрополита. По желанию Иоанна, выбор пал на Казанского архиепископа Германа, мужа святой жизни. Но Герман долго не соглашался и, только будучи «принужден» царем и Собором, был возведен на митрополичий двор. Прошло два дня, Иоанн посетил святителя, и новоизбранный в митрополита, все еще страшась тяготы предлежащего ему сана и особенно не желая нести ее при таком лютом и нерассудительном царе, решился побеседовать с ним наедине, поучал его тихими и кроткими словами, напомнил ему о Страшном суде Божием и о том отчете, какой должны будут дать все люди, как простые, так и цари. Иоанн прямо от святителя пошел в свои палаты и немедленно объявил своим любимцам о слышанном им духовном совете. «Боже тебя сохрани от такого советника, – сказали они единогласно, – вновь ли хочешь быть в неволе, еще большей, чем был у Сильвестра и Адашева?» И стали умолять царя со слезами, припадая к его коленам, чтобы он не допустил Германа сделаться первопрестольником. Иоанн послушался и послал изгнать Германа из митрополичьих палат и объявить ему: «Ты еще и на митрополию не возведен, а уже связываешь меня неволею». Надобно, однако ж, заметить, что все это известие об избрании на митрополию Германа передает нам один князь Курбский, больше никто, и передает только как слух, который могли сообщить ему из России его единомысленники, следовательно враги Иоанна и опричины. И недоверчивость к этому известию увеличивается еще оттого, что в конце его прибавлено, будто Герман чрез два дня по изгнании из митрополичих палат найден мертвым в своем дворе, и именно, по словам одних, задушенным тайно, а по словам других, отравленным по повелению Иоанна, между тем как несомненно известно, что Герман оставался жив и 25 июля того же года участвовал в поставлении митрополита Филиппа, а скончался уже чрез год и три месяца (6 ноября 1567 г.) во время морового поветрия в Москве.
Если признать справедливым сказание об избрании Германа на митрополитскую кафедру и особенно о том, за что он удален из митрополичьего дома, то нельзя не подивиться, как мог Иоанн, отвергнув Германа, избрать на митрополию Филиппа, игумена Соловецкого монастыря. А это избрание действительно зависело от самого царя. Он только объявил освященному Собору и синклиту свое желание и, получив от всех совершенное согласие, приказал вызвать Филиппа в Москву будто бы для духовного совета. Чем же известен был Филипп до того времени? Он происходил из знатного рода Колычевых, родился в 1507 г., 11 февраля и назван Феодором. Отец его Стефан принадлежал к числу ближних бояр великого князя Василия Иоанновича и заседал в государевой Думе. Когда подрос Феодор, то взят был ко двору. Здесь узнал его малолетний князь Иоанн, но ненадолго. В 1537 г., когда Иоанну исполнилось только восемь лет, а Филиппу тридцать, последний тайно оставил двор и Москву и удалился в Соловецкую обитель. Там, чрез несколько времени приняв пострижение вместе с именем Филиппа, он в продолжение десяти лет проходил разные, иногда весьма тяжелые, послушания. Возведенный в сан игумена (1548), Филипп в продолжение осьмнадцатилетнего управления Соловецкою обителию совершенно обновил ее. Соорудил в ней две каменные церкви – Успения Пресвятой Богородицы и Преображения Господня, завел колокола вместо бил и клепал, воздвиг для братии двух – и трехэтажные кельи и больницу. А вне монастыря умножил и улучшил соляные варницы, устроил водяные мельницы, завел скотный двор и оленей, соединил озера каналами и осушил болота, сделал просеки в лесах и проложил дороги. В сане игумена Филипп снова сделался известным Иоанну, посетив Москву (1550–1551), и заслужил его расположение. Царь пожаловал игумену грамоты на разные волости, села и другие владения, подарил ему богатые ризы, шитые жемчугом, и два покрова на раки угодников Соловецких Зосимы и Савватия, а впоследствии прислал тысячу рублей на построение Преображенского храма, два колокола, два золотых креста с драгоценными камнями и жемчугом и новые жалованные грамоты для подтверждения разных льгот обители. Может быть, Иоанн, оказав Филиппу столько знаков своего царского благоволения, рассчитывал, что Филипп охотно согласится быть в полной его воле, и, занимая митрополитскую кафедру, будет постоянно держать его сторону, и ни в чем не станет ему противоречить. Но такой расчет, если только он существовал, скоро оказался неверным.