Когда Филипп из своей отдаленной обители прибыл в Москву, Иоанн принял его с великою честию, удостоил своей царской трапезы и щедро одарил. Но как только предложил ему в присутствии всего освященного Собора и бояр митрополитскую кафедру, то Филипп сначала смиренно отказывался, ссылаясь на слабость своих сил и уподобляя себя малой ладье, неспособной носить великой тяжести, а потом, будучи «понуждаем» царем и Собором на митрополию, смело «сказал, чтобы царь и великий князь отменил опричину; а не отменит – ему, Филиппу, митрополитом быть невозможно; а если его и поставят в митрополита, он затем оставит митрополию». Царь прогневался; но по челобитью архиепископов и епископов отложил свой гнев и велел сказать Филиппу, чтобы он «в опричину и в царский домовый обиход не вступался, и на митрополию ставился, и после поставления не оставлял ее из-за того, что царь не отменил опричины, и не велел ему вступаться в царский домовый обиход, а советовал бы с царем, как прежние митрополиты советовали с отцом его и дедом». И Филипп «дал свое слово архиепископам и епископам, что он по царскому слову и по их благословлению соглашается стать на митрополию, что в опричину и в царский домовый обиход ему не вступаться, а по поставлении из-за опричины и царского домового обихода митрополии не оставлять». В таких выражениях составлен был приговор и 20 июля подписан нареченным на митрополию соловецким игуменом Филиппом и за ним двумя архиепископами и пятью епископами. Через пять дней совершилось в Успенском соборе поставление митрополита Филиппа при соучастии всех святителей Русской земли (и именно: Пимена Новгородского, Германа Казанского, Никандра Ростовского, Елевферия Суздальского, Филофея Рязанского, Симеона Смоленского, Варлаама Коломенского, Галактиона Сарского и Иоасафа Пермского), кроме двух: Полоцкого, пред тем скончавшегося, и Тверского Акакия, находившегося в тяжкой болезни. Сам Иоанн присутствовал при торжестве с своими детьми и двоюродным братом Владимиром Андреевичем.
Прошло около года, и ничто не возмущало мира между царем и митрополитом. Филипп занимался делами Церкви, стараясь, как говорит его древний биограф, подражать благому нраву благолюбивого Макария митрополита и последовать честным стопам его. Царь оказывал Филиппу благоволение и любовь. Православные радовались этому и благодарили Бога. Но в душе царь уже не любил первосвятителя, потому что подозревал в нем орудие бояр, полагая, что по их-то настроению он осмелился требовать уничтожения опричнины пред своим поставлением на митрополию. В июле 1567 г. перехвачены были письма польского короля Сигизмунда и литовского гетмана Хоткевича к главнейшим нашим боярам, которые будто бы еще прежде тайно дали согласие изменить своему государю и переселиться в Литву. Начались страшные казни; опричники неистовствовали в Москве, убивали всенародно на улицах и площадях человек по десяти и по двадцати в день; всех объял ужас. Многие со слезами прибегали к митрополиту и умоляли его заступиться за них пред государем. И добрый пастырь, утешая несчастных словами веры, не мог оставаться безответным на вопли и стоны своих духовных чад. Он помнил, что отказался от мысли просить уничтожения опричины, но что сохранил за собою право «советовать» государю и, следовательно, ходатайствовать, по крайней мере, о том, чтобы он обуздывал своих опричников, наблюдал правду и милость по отношению к своим подданным и, карая злодеев, не дозволял проливать неповинной крови. Одушевленный такими мыслями, святитель отправился к Иоанну, чтобы сначала наедине пастырски побеседовать с ним. В чем состояла эта тайная беседа, как обличал или убеждал царя митрополит – неизвестно, но последствия показали, что убеждения не принесли никакой пользы, а только, быть может, еще более утвердили Иоанна в уверенности, что митрополит держит сторону ненавистных бояр и служит их орудием.
К прискорбию, нашлись и между духовными лицами, по выражению древнего жития святого Филиппа, предатели, старавшиеся только об угождении царю. Это были Пимен, архиепископ Новгородский, Пафнутий, епископ Суздальский, Филофей, епископ Рязанский, и протоиерей Благовещенского собора Евстафий, царский духовник, которого Филипп подверг запрещению за какие-то проступки. Особенно этот последний, т. е. духовник царя, непрестанно доносил ему, тайно и явно, хульные речи на митрополита. Время шло, неистовства опричников не прекращались, царь нимало не исправлялся. И святитель, испытав недостаточность тайных вразумлений царю, решился начать (22 марта 1568 г.) открытые, всенародные обличения ему. Иоанн пришел в соборную церковь; здесь святой Филипп обратился к нему с следующею речью: «О державный царь! Ты облечен самым высоким саном от Бога и должен чтить Его более всего. Тебе дан скипетр власти земной, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними по закону: правда – самое драгоценное сокровище для того, кто стяжал ее. По естеству ты подобен всякому человеку, а по власти подобен Богу – как смертный, не превозносись, а как образ Божий, не увлекайся гневом. По справедливости, властелином может назваться только тот, кто сам собою обладает и не работает позорным страстям. От века не слыхано, чтобы благочестивые цари волновали свою державу, и при твоих предках не бывало того, что ты творишь, у самих язычников не случалось ничего такого…» Услышав эти обличения, царь в ярости сказал: «Что тебе, чернецу, за дело до наших царских советов? Того ли не знаешь, что меня мои же хотят поглотить?» Филипп: «Я точно чернец, но по благодати Святого Духа, по избранию священного Собора и твоему изволению я пастырь Христовой Церкви и вместе с тобою обязан иметь попечение о благочестии и мире всего православного христианства». Иоанн: «Одно тебе говорю, отче святой: молчи, а нас благослови действовать по нашему изволению». Филипп: «Благочестивый царь, наше молчание умножает грех души твоей и может причинить смерть». Иоанн: «Владыко святой, восстали на меня друзи мои и искренний мои ищут мне зла». Филипп: «Государь, тебе говорят неправду и лукавство; приближь к себе людей, желающих советовать тебе доброе, а не льстить, и прогони говорящих тебе неправду». Иоанн: «Филипп, не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя мой гнев, или сложи свой сан». Филипп: «Не употреблял я ни просьб, ни ходатаев, ни мзды, чтобы получить этот сан; зачем лишил ты меня пустыни? Если для тебя ничего не значат каноны, делай как хочешь». Царь пошел в свои палаты в большом раздумье и в гневе на святителя.