Чрез несколько времени в день воскресный царь снова пришел в соборную Успенскую церковь к Божественной службе. Сам он и сопровождавшие его опричники были в черных одеждах, которые он нарочно придумал для них, и с высокими шлыками на головах. В церкви он приблизился к митрополичьему месту, на котором стоял Филипп, и три раза просил его благословения, но святитель ничего не отвечал. Тогда бояре сказали: «Святой владыко, к тебе пришел благочестивый государь и требует твоего благословления». После этого Филипп, взглянув на Иоанна, произнес: «Царь благой, кому поревновал ты, приняв на себя такой вид и изменив свое благолепие? Убойся суда Божия: на других закон ты налагаешь, а сам нарушаешь его. У татар и язычников есть правда – в одной России нет ее; во всем мире можно встречать милосердие, а в России нет сострадания даже к невинным и правым. Здесь мы приносим Богу Бескровную Жертву за спасение мира, а за алтарем безвинно проливается кровь христианская. Ты сам просишь прощения во грехах своих пред Богом, прощай же и других, согрешающих пред тобою…» Иоанн распалился яростью и воскликнул: «О Филипп, нашу ли волю думаешь изменить? Лучше было бы тебе быть единомысленным с нами». «Тогда, – отвечал святитель, – суетна была бы вера наша, напрасны и заповеди Божии о добродетелях. Не о тех скорблю, которые невинно предаются смерти, как мученики; я скорблю о тебе, пекусь о твоем спасении». Иоанн, вовсе не слушая слов святителя, в великом гневе махал рукою, грозил ему изгнанием и разными муками и говорил: «Ты противишься, Филипп, нашей державе, посмотрим на твою твердость». «Я пришлец на земли, – отвечал святой, – как и отцы мои, и за истину благочестия готов потерпеть и лишение сана и всякие муки». Тут же, в соборе, враги Филиппа, желая унизить его всенародно, подготовили на святого старца самую гнусную клевету, которую подучили произнесть пред всеми одного благообразного отрока, бывшего чтецом домовой митрополичей церкви. Выслушав отрока, Пимен Новгородский и другие епископы, угодники царские, сказали: «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства». Митрополит отвечал Пимену: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего». А отрока, который вслед за тем сознался, что говорил все не по своей воле, но по принуждению и из страха, простил и благословил. Когда эта клевета не удалась, царь приказал схватить всех главных бояр и сановников митрополичих, их заключили под стражу, пытали, стараясь выведать что-нибудь недоброе о святителе, но ничего не допытались.