Ревностный помощник великому князю против врагов внутренних, святитель Иона всячески старался содействовать ему и против внешних врагов – монголов. Зависимость наша от них почти уже не существовала, но они еще часто вторгались в наши пределы и в случае успеха заставляли смиряться нашего великого князя и даже платить ордынскую дань. Чтобы успешнее отражать их набеги, великий князь нуждался в помощи от других русских князей. И вот святой Иона для возбуждения их к этому иногда слал к ним свои пастырские грамоты, как к можайскому князю Ивану Андреевичу, иногда отправлял своих послов, как отправлял к тому же князю Коломенского владыку Геронтия, а иногда убеждал местных епископов ходатайствовать о том пред своими князьями. Так, по случаю похода великого князя Василия Васильевича на казанских татар Иона писал (1451–1452) Тверскому епископу Илии: «Благословляю тебя, моего сына о Святом Духе, чтобы ты по своему святительскому долгу говорил, бил челом и твердо докучал великому князю Борису Александровичу, чтоб послал он к великому князю Василию Васильевичу своих воевод на тех безбожных с своими многими людьми за святые церкви Божии и за все православное христианство. Сам ты знаешь, что если милосердием Божиим учинится какое добро нашему великому государю для устроения христианского и истины, то это будет общее добро всего нашего православного христианства, а если не так станется по грехам нашим, это будет наше общее несчастие… Верую Христу, моему Владыке, что кому случится из православных умереть на той брани, те пострадают за святые церкви Божии и за все православное христианство и подобно древним мученикам восприимут от Христа венец мучения». Еще более святой Иона подкреплял оружие великого князя против татар своими пламенными молитвами. В 1451 г., когда ногайский царевич Мозовша с многочисленными хищниками вторгнулся в Россию, Василий Васильевич, отправляясь из Москвы для собирания войска, поручил ее митрополиту и боярам. Июля 2-го татары приблизились к столице и зажгли ее посады. Сильный ветер гнал на Кремль облака дыма и угрожал ему пожаром. Тогда святитель со всем освященным Собором при бесчисленном стечении народа начал совершать по стенам города крестный ход – и ветер внезапно утих. Увидев во время хода одного инока Чудова монастыря по имени Антония, отличавшегося благочестием, святой Иона сказал: «Брат Антоний, помолись прилежно Богу об избавлении города и всего православия от безбожных агарян», Антоний отвечал: «Ты великий архиерей Божий, твоей молитвы не презрит Богородица – агаряне будут прогнаны, и я один буду уязвлен ими». Когда он произносил эти слова, неприятельская стрела действительно поразила его, и он вскоре умер. Ночью предсказание его исполнилось: враги бежали от Москвы, услышав великий шум в городе и полагая, что великий князь пришел с войском. Первосвятитель сам почтил погребением достойного инока. Впоследствии, когда святой Иона на место умершего владыки Новгородского Евфимия поставил друга и соименника своего Иону (в феврале 1459 г.) и оба они вместе испросили у великого князя Василия Васильевича милость людям новгородским, оба эти святителя с дерзновением обещали ему испросить у Бога того, что не будут более ордынские цари одолевать Русской державы и великие князья перестанут ходить в Орду на поклонение царям, а начнут самодержавно царствовать в своем отечестве; оба предсказывали Великой Орде разорение, а Русскому царству распространение.