Решив вопрос о четвертом браке царя Иоанна, Собор немедленно занялся избранием митрополита, и в мае 1572 г. избран и поставлен на Русскую митрополию один из присутствовавших на Соборе, именно архиепископ Полоцкий Антоний. При этом митрополите снова поднят был вопрос о церковных имуществах. Мы уже знаем, что Стоглавый Собор, оградив неприкосновенность прежних владений духовенства, постановил только, чтобы ни владыки, ни монастыри не покупали себе новых владений и никто им не продавал владений без доклада царю. А жертвовать владыкам или на монастыри вотчины, даже без доклада царю. Собор никому не запрещал. Теперь по приказу государеву митрополит Антоний и весь освященный Собор и все бояре в 9-й день октября 1573 г. приговорили следующее: «В большие монастыри, где вотчин много, впредь вотчин не жертвовать и не записывать за монастырями; но вотчин, прежде пожертвованных на монастыри, вотчичам не выкупать. Если же будут давать вотчины малым монастырям, у которых земель мало, те вотчины записывать за монастырями только не иначе как с доклада государю и по приговору боярскому». Чрез шесть лет царь нашел нужным потребовать от духовенства новых уступок. С наступлением 1580 г. в Москве открылся Собор, на котором присутствовали под председательством митрополита Антония все русские архиереи, множество настоятелей монастырей и других старцев. Иоанн объявил Собору, что отечество в опасности, что против него совокупились многочисленные враги – турки, крымцы, ногаи, Литва, Польша, немцы и шведы и угрожают потребить само православие; что для защиты веры и отечества от этих врагов необходимы средства, которые поистощились в предшествовавшие войны, между тем как у владык и монастырей много вотчин, много излишнего богатства, нередко употребляемого только на недостойную жизнь. Отцы Собора, поболев с благочестивым государем о затруднительных обстоятельствах отечества и выразив желание, чтобы воинский чин крепче ополчился на брань против врагов Креста Христова, определили: «а) отчин, какие доселе состояли при архиерейских домах и монастырях, не отнимать и никому не выкупать; но б) от сего дня (15 января) вотчинникам своих вотчин в помин души уже не раздавать по монастырям, а давать за них в монастыри только деньги, сколько какое село будет стоить; самые же вотчины передавать родовым наследникам, хотя бы и дальним; а если у кого не окажется и дальних родственников, тогда вотчины брать на государя за денежное вознаграждение из казны; в) митрополиту, и владыкам, и монастырям не покупать себе земель и не принимать их под залог; а если кто и после сего уложения купит землю или начнет держать под залогом, то земли те брать на государя безденежно, даже и те земли, которые ныне состоят в залоге за владыками и монастырями, отобрать на государя; а в деньгах ведает Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; г) равно и в вотчинах княжеских, которые прежде сего жертвованы были владыкам и монастырям, волен Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; а впредь княжеских вотчин не принимать; если же кто возьмет без ведома государева, те вотчины отобрать безденежно на государя, даже и те княжеские вотчины, которые были доселе куплены, взять на государя; а в деньгах ведает Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; д) вперед митрополиту, владыкам и монастырям земель себе не прибавлять никаким образом, жить только на тех землях, что ныне за ними; а у кого место убогое, земли будет мало или вовсе не будет, тот пусть бьет челом государю, и государь, приговоря с митрополитом соборне и с боярами, устроит тот монастырь землею, как будет пригоже, чтобы он мог существовать». Соборная грамота была утверждена печатью государя, печатями и подписью митрополита и владык, наконец подписью настоятелей и старцев, присутствовавших на Соборе. Спустя один год после этого Собора митрополит Антоний скончался.