На его место избран и поставлен (в феврале 1581 г.) игумен Хутынского монастыря Дионисий. Этому первосвятителю выпал жребий постричь царя Иоанна пред самою его смертию в монашество под именем Ионы и погребсти его (†18 марта 1584 г.), а потом венчать и миропомазать на царство Феодора Иоанновича (31 мая). Вскоре по воцарении Феодора в Москве созван был (20 июля) Собор знатнейшего духовенства под председательством митрополита Дионисия, точно такой же, какой был в 1580 г., по тем же самым побуждениям и с тою же целию. Этот новый Собор, обдумывая средства, как бы пособить государству в его нуждах, прежде всего подтвердил все постановления Собора 1580 г. относительно церковных вотчин. Затем, приняв во внимание, что митрополит, владыки и монастыри, по силе тарханных грамот, не платят с своих земель никаких государственных податей и земских сборов, а земли те оплачивают служилые воинские люди, отчего и терпят великие убытки, и что крестьяне от служилых людей переходят на церковные земли, чтобы, по тем же тарханным грамотам, пользоваться льготою, отчего еще более оскудевают воинские люди, определил: а) отселе, и именно с 1 сентября, остановить на время действие тарханных грамот ради оскудения воинского чина до государева указа, пока земля не поустроится, и платить царские подати и земские сборы со всяких тарханных земель, и церковных, и боярских, и княжеских, наравне со всеми земскими и служилыми людьми; б) платить оброк впредь до государева указа и за право торговли как всяким людям, так и имеющим тарханы (следовательно, и церковным), чтобы государевой казне убытку не было; в) людей торговых, с которых идут царские дани, в закладчиках у себя не держать никому – ни из духовных лиц, ни из мирских. Соборная грамота о всем этом, подобно грамоте Собора 1580 г., была утверждена печатью государя, печатями всех владык и подписями как владык, так и всех присутствовавших на Соборе настоятелей монастырей и старцев.
Митрополит Дионисий слыл в свое время за человека очень умного и образованного, почему и назван в летописи «премудрым грамматиком». Обладал он и силою воли и характера, как показывают его действия по отношению к шурину царя Феодора Борису Годунову. Облеченный неограниченным доверием монарха и заправляя всеми делами государства с неограниченною властию, Борис тем самым возбуждал к себе зависть и неприязнь между другими боярами, во главе которых стояли Шуйские. По долгу пастыря и в видах общественной пользы митрополит старался примирить Шуйских с Борисом и действительно примирил в своем доме. Но когда оказалось, что Борис примирился притворно и вслед за тем сослал неизвестно куда двух купцов, приверженных к Шуйским, тогда митрополит не устрашился перейти на сторону Шуйских с целию отдалить Бориса от государя и лишить власти. Для этого в 1586 г. митрополит и Шуйские вместе с другими боярами и московскими купцами письменно условились между собою бить челом царю Феодору, чтобы он развелся с сестрою Борисовою Ириною как бесплодною, а женился на другой, от которой мог бы иметь наследника себе для блага России. К счастью Бориса, он вовремя узнал о замысле против него и словами кротости убедил митрополита оставить это дело, объясняя, что Ирина при своих молодых летах может еще иметь детей, и обещаясь не мстить никому из участвовавших в замысле. Митрополит поверил и был обманут. Скоро по наущению Бориса слуга Шуйских подал на них извет, будто бы они с своими друзьями и некоторыми купцами затеяли изменить государю. Началось расследование, и хотя клевета не подтвердилась ничем, но Шуйские и другие бояре были разосланы в отдаленные места на заточение, а несколько купцов обезглавлены. Тогда митрополит вместе с Крутицким архиепископом Варлаамом смело явились пред лицо Феодора, говорили ему о неправдах Годунова, называли его клеветником и тираном, обличали и самого царя в слабости и излишней доверенности к честолюбцу. Напрасно: хитрый Борис сумел извернуться пред государем, действительно в высшей степени слабым, и еще оболгал пред ним самого митрополита и Крутицкого владыку. Оба они были лишены своих кафедр (1587) и сосланы в новгородские монастыри: Дионисий – в Хутын, а Варлаам – в Антониев, где и скончались. На кафедру митрополитскую был возведен Ростовский архиепископ Иов, который, впрочем, недолго носил имя митрополита и вскоре начал собою ряд Русских патриархов.