В ответе на жалобу Новгородского архиепископа Моисея патриарх Филофей писал ему еще прежде, чтобы он «не только не дерзал противиться своему митрополиту, не искал к тому никакого предлога и никогда не делал в отношении к нему ничего предосудительнаго, напротив, горячо и неизменно был ему предан» – свидетельство, что жалоба эта на какие-то насилия от святого Феогноста была несправедлива, по крайней мере, признана несправедливою патриархом. Теперь, с возведением на кафедру Русской митрополии Алексия патриарх счел нужным опять обратиться к Новгородскому владыке с посланием, в котором, изъяснив причины возведения Алексиева, убеждал владыку покоряться и новому первосвятителю. В послании, между прочим, сказано: «Святейший митрополит Киевский и всей России кир Алексий, возлюбленный о Господе брат и сослужитель нашей мерности, отправляется с Богом в предоставленную ему святейшую митрополию. Потому мы пишем к твоему боголюбию, чтобы и ты возрадовался пришествию его и оказывал ему подобающую честь и послушание в том, что он будет говорить душеполезного и спасительного как пастырь и учитель согласно с Божественными и священными догматами Церкви Божией. Это и Богу благоприятно, и пред нашею мерностию и Божественным и священным Собором похвально. Это повелевают и Божественные и священные каноны, когда явственно так говорят: „Епископам каждого народа надобно знать первого между ними и оказывать ему всякое почтение и покорность“. Но так как по духовной любви и расположенности, какую имел святейший архиерей кир Феогност к сему епископу Владимирскому, он дал ему право носить на фелони четыре креста, то мы, соответственно твоему Собственному желанию и молению, сделали это и для тебя. Посему ты должен быть благодарным и более не позволять себе, но оказывать святейшему митрополиту своему покорность к какой ты обязан». Нельзя здесь не остановиться и не спросить: не это ли преимущество, данное Феогностом епископу Владимирскому Алексию пред Новгородским владыкою, и огорчало последнего и было одною из причин, если не единственною, доноса его на митрополита? Чрез несколько строк патриарх продолжает: «Если же, паче чаяния, возникнет какая-нибудь распря из-за того, что мы сделали в отношении к тебе, т. е., как выше означено, из-за крестов, то об этом и об одном только этом деле ты доноси нашей мерности, чтобы она распорядилась по своему усмотрению: в отношении к этому одному предмету даем тебе такое право. Во всяком же другом деле, например если позовет тебя митрополит твой к себе, или в другом каком-либо случае ты подлежишь его власти и суду. И если в исследовании и суде случится недоумение, ты от него, т. е. святейшего митрополита Киевского и всей России, принимай суд и исследование, ни в чем не противореча и не противясь по сохраняющемуся издревле в таких делах благочинию и по преданию тех же Божественных канонов. Но так как священные каноны и то заповедуют, чтобы, когда у тебя случится необходимая надобность писать донесение к нашей мерности, ты прежде дал знать об этом своему митрополиту и с его ведома и воли писал свое донесение, уважая установленный для таких случаев порядок, то и мерность наша, соответственно предписаниям канонов, повелевает, чтобы ничто в этом случае не делалось у тебя без совета митрополита, но чтобы все совершалось таким именно образом. А если ты не будешь оказывать в отношении к своему митрополиту, соответственно тем же Божественным канонам, подобающей покорности по своей обязанности, то знай, что он уполномочен от нашей мерности делать с тобою все, на что имеет право по канонам, и то, что в таком роде будет им сделано, непременно будет утверждено согласием и нашей мерности. И ты не найдешь от нас совершенно никакой помощи, если, паче чаяния, явишься непослушным и непокорным к утвержденному митрополиту твоему. Итак, соблюдай себя в мире, как должно, и поступай непреложно и неизменно так, как мы пишем и внушаем твоему боголюбию в настоящей грамоте, посланной для руководства тебе. Благодать Божия да будет с твоим боголюбием». Если для Новгородских владык нужны были такие внушения со стороны патриарха, можно судить, как неохотно покорялись эти владыки своему митрополиту.