Послужил святитель благу отечества своим участием и в других гражданских делах. Еще великий князь Симеон Иоаннович, умирая (1353), завещал братьям своим, в числе которых находился и преемник его Иоанн: «Слушали бы есте отца нашего владыки Алексия», – и этот владыка, вскоре сделавшийся митрополитом, был главным руководителем нового великого князя во все время его княжения. С восшествием на великокняжеский престол отрока Димитрия Иоанновича (1363) владыка Алексий направлял с советом бояр и благословлял все распоряжения, клонившиеся к возвышению Москвы. В 1364 г. он был посредником при заключении договора между великим князем Димитрием Иоанновичем и двоюродным братом его Владимиром Андреевичем, лучшим из сподвижников Димитрия во всю его жизнь. В следующем году, когда князь суздальский Димитрий, желая владеть своею наследственною областью Нижегородскою, самовольно занятою братом его Борисом, обратился с просьбою о содействии к Димитрию Иоанновичу, московский князь и митрополит, чтобы избежать кровопролития, послали в Нижний Новгород игумена Радонежской обители Сергия для убеждения Бориса уступить область брату или явиться на суд в Москву к великому князю. Так как Борис не соглашался, то Сергий, уполномоченный митрополитом, во всем городе «затворил церкви», прекратил богослужение. А епископ Суздальский Алексий, заведовавший и Нижним Новгородом, за свою приверженность к стороне Бориса лишен был митрополитом области Нижегородской. Эти меры и особенно приближавшееся войско московское смирили наконец Бориса и привели к желанному концу. Святой Алексий предал церковному отлучению смоленского князя Святослава за то, что он, заключив с великим князем Димитрием Иоанновичем договор, скрепленный клятвою и присягою, – воевать вместе против врагов веры огнепоклонников-литовцев, не только не исполнил этой клятвы, но еще соратовал (в 1368 г.) Ольгерду против Москвы. Равным образом и других русских князей, заключивших такой же договор с Димитрием Иоанновичем и также изменивших ему, предал анафеме как нарушителей Божиих заповедей, клятв и обетов. О всем этом московский князь и первосвятитель донесли патриарху Филофею и просили его оказать им свое духовное содействие. Патриарх немедленно прислал тому и другому самые любезные письма (от 8 июня 1370 г.), в которых уверял их в своей особенной расположенности и любви ив своей готовности исполнять их просьбы. А в то же время писал он к смоленскому князю и прочим князьям русским, что признает клятву, наложенную на них Алексием, совершенно законною и справедливою и не снимет с них этой клятвы, пока они не исполнят принятого на себя обета – сразиться вместе с великим князем против литовцев, не падут к стопам своего митрополита и пока митрополит не известит об их сердечном раскаянии и исправлении. Вместе с тем патриарх прислал князьям русским увещательную грамоту, чтобы они оказывали своему митрополиту подобающую честь, уважение и благопокорность, слушались его как своего отца, пастыря и наставника, дарованного Богом, и любили его и слово его как истинные сыны Церкви. В 1371 г., когда великий князь Димитрий решился ехать в Орду, митрополит провожал его до берегов Оки, отслужил ему там напутственный молебен, благословил всех его спутников, поручил им блюсти драгоценную жизнь князя и сам желал разделить с ним опасности, но должен был остаться в Москве, чтобы участвовать в совете боярском.
Но если, с одной стороны, за свою пламенную любовь к отечеству и великому князю Димитрию, за свое благодетельное участие в самых гражданских делах княжества Московского святой Алексий был чтим, любим, благословляем всеми своими согражданами, то, с другой, его ненавидели и всячески старались преследовать враги Москвы и особенно тверской князь Михаил Александрович и женатый на сестре его литовский – Ольгерд. Первый, после того как в 1368 г. был действительно обманом заключен в Москве под стражу, обвиняя в этом коварстве не только князя московского, но и митрополита, жаловался на Алексия Константинопольскому патриарху Каллисту и настоятельно требовал судить его – митрополита – на Соборе. А Ольгерд в то же время доносил патриарху, что Алексий, постоянно живя в Москве, никогда не посещает ни Клева, ни Литовского княжества и, будучи предан одному князю московскому, вовсе не любит других князей русских. По поводу первой жалобы патриарх приказывал нашему святителю, чтобы он или сам явился на суд, или прислал для того своих особых чиновников в Константинополь, или, всего лучше, как отец и учитель, позаботился примириться с князем тверским Михаилом и, если сделал какую ошибку, то уступил бы ему и имел его как сына, наравне с другими князьями, к чему тогда же патриарх убеждал и тверского князя. Вследствие же донесения Ольгердова патриарх писал нашему митрополиту: «Святыня твоя хорошо знает, что когда тебя хиротонисали, то хиротонисали в митрополита Киевского и всея России, не одной какой-либо части, но всея России. Ныне же слышу, что ты не отходишь ни в Киев, ни в Литву, но посещаешь только одну часть, а другую оставил без пастыря, без надзора и учения отеческого. Справедливость требует, чтобы ты назирал всю землю Российскую и имел ко всем князьям любовь и отеческое расположение, чтобы любил не некоторых только из них, а других не любил, но имел всех их сынами своими и всех одинаково любил. Тогда и они все будут воздавать тебе благорасположенность, и любовь, и совершенное повиновение. Знай, что я написал и к великому князю литовскому, чтобы он любил тебя и почитал, как и другие князья русские, и, когда ты придешь в княжество его, чтобы оказал тебе почесть, и расположение, и полную любовь и чтобы ты мог совершить путь по его княжеству без затруднений. Постарайся же и ты, сколько возможно, иметь к нему любовь и расположенность и считать его, как и других князей. Совершенно необходимо, чтобы ты находился с ним в любви, посещал его и учил его народ; и это исполняй со всем усердием без всякого возражения». Все эти послания патриарха остались, однако ж, без добрых последствий. По крайней мере, тверской князь Михаил, едва только скончался Каллист и на место его снова взошел Филофей, повторил свою жалобу пред патриархом. Филофей сначала решил было (сентябрь 1371 г.) вызвать святого Алексия на суд и потребовал, чтобы и митрополит, если сам не может явиться, и тверской князь прислали в Царьград для производства суда своих уполномоченных.