После нескольких удачных стычек с новгородцами войска великого князя нанесли им страшное поражение на реке Шелони (14 июля) и заставили их смириться. Нареченный владыка Феофил, старые посадники и житые люди приехали к Иоанну просить пощады. Великий князь смиловался, взял большой окуп (15500 рублей) и заключил с новгородцами новый договор (11 августа), по которому они обязывались пред великим князем и сыном его Иоанном Иоанновичем «за короля и великого князя литовского от вас, великих князей, нам, вашей отчине, вольным людям, не отдаваться никакою хитростию и князей нам у короля на пригороды не просить и не принимать, а на владычество нам избирать себе по своей старине, и владыке нашему ставиться в дому Пречистой, у гроба святого Петра чудотворца в Москве, и нигде нам, кроме Московского митрополита, владыки себе не ставить, а пошлины вам, великим князьям, и вашему отцу митрополиту от владыки нашего иметь по старине и лишнего не прибавлять». Через четыре месяца Феофил прибыл в Москву и декабря 15-го поставлен на архиепископию митрополитом Филиппом с пятью епископами.
С апреля 1472 г. главная забота митрополита Филиппа была сосредоточена на сооружении нового Успенского собора вместо прежнего, уже обветшавшего и частию обрушившегося. Но святитель едва только успел заготовить материалы для здания, разобрать прежний храм и начать новый. Через год (4 апреля) случился в Кремле большой пожар, от которого сгорел и митрополитский дом. Наутро, когда огонь стал утихать, митрополит пришел в деревянную церковь Успенского собора (временно устроенную) и со слезами начал петь молебен у гроба святителя Петра. Прибывший туда же великий князь, желая утешить святителя, говорил: «Бери у меня, отче, сколько хочешь хором и запасов». Но митрополит, изнемогши телом и почувствовав, что у него ослабела одна рука и нога, сказал князю: «Богу так угодно, отпусти меня в монастырь». Князь не согласился, а велел на время перевесть святителя в близ находившееся Богоявленское подворье Троицко-Сергиевой лавры. Здесь в ночь на 5 апреля митрополит Филипп скончался.
По зову великого князя ко дню святоговеликомученика Георгия (23 апреля) явились в Москву архиепископ Ростовский Вассиан и епископы: Суздальский Евфимий, Рязанский Феодосий, Коломенский Геронтий, Сарский Прохор. А Новгородский архиепископ Феофил и епископ Тверской Геннадий прислали своих послов, выражая свое согласие признавать митрополитом того, кого по воле Божией изберут великий князь, прочие епископы и весь Собор. Собор избрал епископа Коломенского Геронтия, который 4 июня был введен на митрополичий двор, а 29-го, т. е. в день святых апостолов Петра и Павла, поставлен в митрополита.
Святитель Геронтий был человек с твердым характером и в делах церковных не раз обнаруживал свою самостоятельность даже по отношению к великому князю. В 1478 г. иноки знаменитого Кирилло-Белозерского монастыря, гордясь своим богатством, задумали освободиться из-под власти Ростовского архиепископа Вассиана и перейти в непосредственное ведение своего удельного князя Михаила Андреевича верейского. Князь Михаил просил о том митрополита. Геронтий исполнил желание иноков и дал князю грамоту на монастырь. Архиепископ Вассиан начал бить челом митрополиту, чтобы он, вопреки правил, не вступался в его пределы, – митрополит не послушал его. Вассиан обратился с просьбою к великому князю – митрополит не послушал и великого князя. Тогда Иоанн Васильевич послал взять у князя Михаила митрополичью грамоту и приказал быть в Москве Собору епископов и архимандритов, чтобы дать суд архиепископу Ростовскому с митрополитом. Открылись продолжительные изыскания, и митрополит, убоявшись суда соборного, умолил великого князя примирить его с Вассианом. Мир состоялся, грамота митрополичья была разорвана, а Кириллов монастырь указали ведать по старине архиепископу Ростовскому. Вся эта смута произошла, замечает летописец, от бывшего тогда новоначального кирилловского игумена Нифонта и от новоначальных старцев, а старые старцы, постриженники того монастыря, все со слезами молили Бога, чтобы Он укротил брань и оставил их жить в повиновении своему святителю Ростовскому, как жил преподобный Кирилл.