Нет сомнения, что недостаточность меры, указанной Стоглавым Собором для исправления богослужебных книг, сознавали уже и в то время. Вследствие этого, лишь только царю Ивану Васильевичу было донесено, что почти все купленные на торжищах по его приказанию книги для церквей оказались «растленными» от переписчиков, царь начал помышлять, как бы завести на Руси вместо рукописных печатные книги по примеру греков и других народов. Он открыл свою мысль митрополиту Макарию. Святитель весьма обрадовался и, воздав благодарение Богу, сказал царю, что Сам Бог внушил ему эту мысль и она есть дар, ниспосланный свыше. Вслед за тем по повелению царя и благословению митрополита и открылась в Москве первая типография. Новая мера, бесспорно, была несравненно лучше прежних. Чрез печатание можно было достигнуть разом двух целей: во-первых, уничтожить разнообразие богослужебных книг и ввести во все церкви книги одинаковые, а во-вторых, предотвратить дальнейшую порчу книг, дальнейшие ошибки со стороны писцов. Но уничтожить прежние ошибки, уже существовавшие в книгах, печатание не могло само собою. Для этого требовались люди, которые сумели бы еще до печатания сличить славянские книги с греческими и исправить со всею точностию испорченный перевод по тексту подлинному. А таких-то людей у нас тогда и не было. И вот все три книги, какие только успели у нас выйти из типографии в настоящий период, Апостол, Часослов и Псалтирь, были напечатаны без всякого сличения с греческим текстом, прямо со списков славянских, которые, быть может, показались печатавшим сравнительно лучшими, но не были свободными от погрешностей и ошибок, в чем при чтении этих книг и сличении с подлинником легко убедиться. В таком же виде перешло дело печатания богослужебных книг и в последующий период.
Много было погрешностей и разностей в наших богослужебных книгах, но допускались еще у нас погрешности при самом совершении богослужения и в том, что относится к богослужению, существовали разности в самих священнодействиях и обрядах, зависевшие не от книг, а от людей. Невеселую картину этого рода погрешностей и неисправностей представил царь отцам Стоглавого Собора. «Ныне видим и слышим, – говорил царь, – что многие церковные чины совершаются не сполна, не по священным правилам и не по уставу, и вы бы о всех тех церковных чинах рассудив, указ учинили» (гл. 5, вопрос 1). И как бы для примера указал, в частности, на то, а) что над просфорами о здравии или за упокой, за которые боголюбцы давали деньги просфорницам, сами просфорницы «приговаривали» имена поминаемых, а священники уже не проскомисали тех просфор на жертвеннике о здравии или за упокой православных, и Жертва к Богу от них не приносилась, но только брали те просфоры от просфорниц и относили к себе (гл. 5, вопрос 11); б) что в московских церквах совсем не пели литий и псалмов Хвалите имя Господне, Исповедайтеся Господеви, На реках вавилонских, когда то положено по уставу (гл. 41, вопрос 9, 10); в) что освящение воды совершали некоторые по неведению или неразумию не одним крестом, через троекратное его погружение, а совокупляли для того многие кресты и иконы с мощами и погружали (гл. 41, вопрос 6). Обращая внимание на самих священнослужителей и причетников, царь свидетельствовал: «Попы по своим церквам и церковные причетники поют бесчинно, вдвое и втрое (гл. 5, вопрос 22); совершают утреню и вечерню в церкви у престола без риз, в одной епитрахили и так в царские врата входят, без риз, в одной епитрахили крестят детей, отпевают младенцев, венчают свадьбы, поют молебны и панихиды» (гл. 5, 23) и пр.