В ответ на замечания царя относительно чинов церковных Собор 1) постановил общее правило: «Отныне в царствующем граде Москве, и по всем городам, и по всей земле Русской во всех церквах совершать литургию и все прочие церковные службы сполна, по уставу и по священным правилам, ничего не претворяя» (гл. 6). 2) В частности, запретил все уклонения от устава, указанные царем, и подтвердил, чтобы впредь над просфорами ничего не приговаривали просфорницы, но только отсылали просфоры в алтарь, а священники вынимали из тех просфор частицы о здравии и за упокой (гл. 8); чтобы в московских церквах «неотложно» пели те песни, литии и псалмы, которые дотоле не пелись вопреки уставу (гл. 41, ответ 9, 10), и чтобы освящение воды совершаемо было одним крестом чрез троекратное его погружение, а прочие кресты и иконы с мощами тут же держались на руках священнослужителей (гл. 41, ответ 6). 3) Изложил или только подтвердил некоторые правила, касавшиеся и других чинов и священнодействий церковных, которые также, верно, нарушались, например, правила: а) о звоне к литургии: в субботу звонить в начале четвертого часа (разумеется, от восхода солнечного), в день воскресный и в великие праздники – в начале третьего, в средние и малые праздники и во все прочие дни – в начале пятого (гл. 7); б) о чтениях для поучения народа на заутрени: читать Евангелие толковое, Златоуста, жития святых, Пролог и прочие святые и душеполезные книги (гл. 6); в) о крещении: крестить детей чрез троекратное погружение, а не чрез обливание, причем должен быть только один кум, либо мужеского, либо женского пола (гл. 17); г) о браке: совершать бракосочетание после литургии, а не ночью, жениху должно быть не менее 15 лет, невесте – не менее 12 (гл. 18); д) о царских дверях и завесе: когда отверзать или открывать их и пр. (гл. 10, 11).
Против бесчиния, неисправностей и нерадения, какие допускали, по свидетельству царя, относительно священнослужений сами священнои церковнослужители. Собор определил: а) чтобы чтение и пение в церквах совершалось неспешно и со всяким вниманием, чтобы вдруг двое не читали псалмов, не канонархали и чтобы церковные песни в пении не смешивались (гл. 16); б) протоиереям и старшим священникам строго наблюдать за поведением приходского духовенства и самим приходским священникам и диаконам строго заповедать, чтобы они всякий день ходили в церковь, стояли в ней со страхом Божиим и благоговением, совершали все службы чинно и по уставу, виновных же и неисправных подвергать запрещению, а потом и низвержению из сана (гл. 29); в) крестить детей, венчать свадьбы, святить воду в навечерие Богоявления, в день самого Богоявления на иордани и в 1-й день августа священники должны в полном облачении, а вечерни, панихиды, повечерия и полунощницы, утрени и молебны должны петь в епитрахили и фелони (гл. 14).
Немало также известно и разностей, которые допускаемы были у нас при отправлении богослужений и зависели от произвола людей или от местных обычаев. В Новгороде, например, как свидетельствовал царь на Стоглавом Соборе, по всем церквам городским, посадским и монастырским по окончании проскомидии и часов священник велегласно говорил в царских дверях отпуст, а в московских церквах нигде этого не говорили, и Собор определил: говорить везде по всем церквам (Стоглав. Гл. 41, вопрос 12). В Москве и во всех московских пределах по всем церквам, кроме монастырей, даже в воскресные и праздничные дни не пели, а только «речью говорили», т. е. читали, на вечерне: «Свете тихий» и на заутрени великое славословие, между тем в Новгороде, и Пскове, и в Троицко-Сергиевой лавре обе эти священные песни пелись во все воскресные и праздничные дни и только в будни читались (Стоглав. Гл. 5, вопрос 33, 34). Равным образом и на литургии песнь: «Отца и Сына и Святаго Духа, Троицу Единосущную и нераздельную» в Москве и московских пределах всегда «речью говорили», а в Новгороде, Пскове и Сергиевой лавре всегда пели (см. там же). В Пскове на литургии «Отче наш» и «Верую во Единаго Бога» пели, а в Новгороде читали; в некоторых местах «Отче наш» возглашал диакон. В Символе веры одни пели и говорили: «Воплощшася от Духа Свята и Мария Девы» – и далее: «Чаю воскресения мертвых», а другие: «От Духа Свята из Мария Девы» и «жду воскресения мертвых». По всей России на литургии пели: «Поем Тя, благословим Тя, благодарим Тя, Господи, и молим Ти ся, Боже наш», а в Москве с некоторого времени вздумали петь: «Поем Ти, благословим Тя» и пр. Точно так же издревле все пели у нас на литургии: «Свят, свят, свят Господь Саваоф, исполнь небо и земля слава Твоея», а какой-то Варлаам Лопотухин с своими клевретами в Троицко-Сергиевом монастыре начал первый петь: «Исполнь небо и земля славы Его», и вслед за Лопотухиным едва не повсюду стали петь: «Славы Его». Все эти и другие подобные, касавшиеся богослужения разности естественно, обращали на себя внимание, особенно людей книжных, считались более или менее важными, а некоторые даже весьма важными и служили предметами состязаний и споров, в которых приходилось принимать участие и таким лицам, каковы были Максим Грек и отенский инок Зиновий. Но самыми важными в ряду этих разностей, приобретшими наибольшую историческую известность, должно признать две: разность в сложении перстов для крестного знамения и разность в пении аллилуйи.