Епархиальным архиереям, в том числе и митрополиту, который имел свою особую епархию, принадлежала не одна административная, но равно и судебная власть, каждому лишь в пределах его собственной епархии. Самые верные и довольно подробные сведения об епархиальном управлении настоящего периода и о епархиальном суде находим в книге Стоглав, так как Стоглавый Собор изложил о том и другом предмете большею частию не новые постановления и правила, а те самые, какие существовали в его время и до него, но только часто были нарушаемы или вовсе оставались в пренебрежении, и если сделал какие-либо пояснения и изменения, то немногие. Этими сведениями мы и воспользуемся, дополняя их по возможности сведениями из других источников.
Духовное управление каждого архипастыря, без сомнения, простирается на всю его духовную паству, но он не столько сам непосредственно может действовать на всех верующих своей епархии, особенно при обширности ее, сколько действует чрез подведомое ему низшее духовенство. Потому-то главная забота наших архипастырей в деле епархиального управления сосредоточивалась, как и всегда, на епархиальном духовенстве и заключалась в том, во-первых, чтобы давать всем приходам и церквам епархии достойных пастырей, которые были бы способны и учить своих прихожан вере, и совершать для них церковное богослужение, и вообще руководить их на пути к вечной жизни, во-вторых, чтобы употреблять надлежащие меры против уклонений этих пастырей от своего призвания и долга и, в-третьих, чтобы внимательно и постоянно наблюдать за их пастырским служением и жизнию и руководить ими.
Поставление священников и других членов причта для церквей епархии соединено было у нас с крайними затруднениями. При архиерейских кафедрах не существовало училищ, и архиереи не имели возможности сами назначать достойных людей на все открывавшиеся в приходах священно – и церковнослужительские места. Забота об этом предоставлена была местным прихожанам, а прихожане по той же самой причине, т. е. по неимению училищ и образованных людей, часто выбирали себе в попы малограмотных или почти безграмотных и приводили их к своему архипастырю для поставления. Архиереи сознавали, что ставить таких людей священниками и диаконами противно священным правилам, а не ставить – церкви будут без пения и православные станут умирать без покаяния. К этому присоединялись еще злоупотребления. В Новгороде, например, прихожане открыто торговали церковными местами и со всякого, кто желал поступить на место священника, диакона, дьячка, пономаря, даже просвирни, требовали денег; за священнические места брали до пятнадцати, двадцати и тридцати рублей и избирали тех, кто давал больше, а не тех, кто был грамотнее и достойнее по жизни. Присылал ли сам владыка к какой-либо церкви священника, гораздого грамоте и благочестивого, – прихожане не принимали его, если он не давал им больших денег. Равно и к церквам ружным, существовавшим в разных городах, княжеские дворецкие и дьяки, а в Пскове наместник владыки избирали в члены причта только тех, кто давал больше денег, не обращая внимание, насколько они грамотны и достойны священного сана. Для устранения этих недостатков, о которых засвидетельствовал на Стоглавом Соборе сам государь, Собор постановил: а) чтобы в Москве и во всех городах открыты были училища, в которых дети обучались бы «грамате, книжному письму, церковному пению и налойному чтению» и таким образом приготовлялись на служение Церкви, и б) чтобы по всем епархиям прихожане к своим приходским церквам, а дворецкие, дьяки или владычные наместники к церквам ружным избирали священников, диаконов и прочих членов причта «искусных, и грамате гораздых, и житием непорочных», а денег от них и мзды себе не требовали и не принимали (Стоглав. Гл. 25, 26 и 41, вопросы 14, 15). Вместе с тем Собором изложены и в руководство епископам по этому предмету следующие правила: 1) епископы должны с великим испытанием избирать в священный сан (разумеется, из числа представляемых прихожанами) достойных, Священное Писание в конец ведающих и могущих строить все пастырское, исполнять церковный чин по Божественному уставу, а особенно упасти врученное им стадо словесных овец; 2) должны испытывать от отца духовного и от седмя свидетелей (как было положено еще на Владимирском Соборе 1274 г.) о чистоте жизни избранного и о летах его возраста: если будет достоин и тридцати лет, такого ставить в попы, а 25 лет – ставить в диаконы согласно с древними канонами Церкви; если же будут и весьма достойны, но по летам несовершенны, таких не ставить до урочных лет. 3) Когда диаконского или священнического сана будут искать причетники, хотя и совершенные по летам, но еще несовершенно умеющие грамоте, то таких предварительно посылать по соборным церквам, чтобы там они под руководством протоиерея и священников обучались и навыкли всему церковному чину, и тогда-то уже, если окажутся достойными, да будут поставлены. 4) А если эти причетники, ищущие священного сана, грамоте мало умеют и по летам несовершенны или даже и совершенны, то святителям отсылать таких к мастерам в училище, пока не научатся совершенно грамоте и всему церковному чину, и затем достойных поставлять в священный сан. 5) Поставленным святители повелевают служить седмицу у соборных церквей, и, когда новопосвященный отслужит свою урочную седмицу, епископ, отпуская его к порученной ему церкви, даст ему от правил святых апостолов хиротонию (ставленую грамоту) и прочтет ему свиток, содержащий в себе подробнейшее поучение святителя к священнослужителям, как им проходить свое пастырское служение, положит этот свиток на престоле и велит новопоставленному взять свиток с престола себе на память и в руководство (снес.: А. и. 1. № 109). 6) В особенности же поучают в это время святители новорукоположенных священников, чтобы они сами жили в чистоте, страхе Божием и в прочих добродетелях, блюли себя от невоздержания, пьянства и прочих злых дел и служили примером для своих детей духовных; равно поучают и диаконов, чтобы хранили свое диаконство чисто и непорочно, жили без всякого зазору, были прилежны к Церкви Божией, в покорности священнику, а ко всем христианам в любви и смирении и всем показывали образ добрых дел во славу Божию (Стоглав. Гл. 89).