Вместе с отбыванием повинностей и оброков в пользу духовных владельцев крестьяне несли еще некоторую долю таких же повинностей и оброков в пользу лиц, которым поручалось дело непосредственного управления и суда над ними, т. е. в пользу приказчиков или, как в иных местах, наместников, посольских, ключников, доводчиков и тиунов. Крестьяне обрабатывали их пашню, молотили их хлеб, не везде, впрочем; доставляли им ежегодно от волости или села известное количество разных хлебных запасов и платили им деньгами – однажды в год – выезжее и три-четыре раза в год, обыкновенно на большие праздники, – поминки и праздничные кормы. Но кроме этого, собственно по управлению и суду крестьяне платили разные пошлины, иные в пользу самих владельцев, другие в пользу приказчиков и доводчиков. Таковые были: а) повоженные алтыны, платившиеся крестьянами при вступлении их в брак между собою, и выводная куница, платившаяся при вступлении их в брак с посторонними лицами; б) пошлины, под разными названиями, с продажи движимых и недвижимых имуществ – сена, ржи, домашнего скота, дворовых мест и пр., в) явочные пошлины брались с крестьян, нанимавших себе работников в своей же волости и принимавших к себе прохожих людей из других волостей; г) штрафы и пени — за неисправное отбывание личных повинностей и работы на монастырь или архиерейский дом, за игру в зернь, за покупку и продажу вина, за порубку леса и вообще за нарушение полицейских постановлений; д) хоженое и ставленое – за призыв и поставку к суду как ответчика, так и свидетелей; е) судебные пошлины, бравшиеся с виновного за производство суда соразмерно цене иска; ж) полевые пошлины – с крестьян, прибегавших для решения тяжбы к судебному поединку; з) мировые пошлины – с тех, которые оканчивали спор и тяжбу мировою сделкою, и пр.
Таким-то образом, благодаря жалованным грамотам князей, наши архиереи, монастыри и церкви пользовались самостоятельностию и независимостию от гражданских властей в отношении к своим недвижимым имуществам и крестьянам. Но надобно заметить, что некоторым монастырям, хотя и немногим, самостоятельность эта принадлежала не в полной мере. Разумеем, во-первых, домовые архиерейские монастыри, которые назывались так потому, что существовали на землях того или другого архиерейского дома, и, во-вторых, монастыри, приписные к большим монастырям, например Свято-Троицкому Сергиеву, Кирилло-Белозерскому, Пафнутиево-Боровскому, Иосифо-Волоколамскому, Ферапонтову. Те и другие имели иногда и свои земли и угодья, своих крестьян, но как во всем, так и в распоряжениях своих по имуществам, зависели от своих главных начальников: домовые монастыри – от своих архиереев, а приписные – от настоятелей и прочих властей больших монастырей, которым были подчинены. Не иначе как только с ведома, согласия и разрешения этих начальников могли они приобретать, продавать, менять, даже отдавать в аренду свои земли и угодья; не иначе как по грамотам и инструкциям, данным этими начальниками, должны были действовать в управлении своими крестьянами, в суде над ними, в собирании с них оброков и пошлин, в самом употреблении собранных оброков; им же, своим начальникам, должны были, наконец, отдавать и отчет по имениям, а иногда доставлять и известную долю доходов. Равным образом и независимость от гражданских властей, какая дарована была всем вообще духовным землевладельцам и вотчинникам, не была полная, как отчасти мы уже видели: над имуществами монастырей контроль предоставлен был служилым людям великого князя, которые и передавали по описям эти имущества новым настоятелям и требовали от них отчета. Самые главные чиновники архиерейские по управлению вотчинами – дворецкие не иначе могли быть увольняемы и вновь назначаемы, по крайней мере со времен Стоглавого Собора, как с ведома и соизволения или даже по указанию великого князя; по трем важнейшим уголовным преступлениям все церковные крестьяне, как и само духовенство, подлежали судам светским; тяжебные дела духовных вотчинников со сторонними лицами о земельных имуществах разбирались гражданскими чинами и иногда восходили на решение самого государя; к нему же непосредственно восходили и все иски, направленные лично на духовных владельцев и их приказчиков. Теперь прибавим, что земли духовных владельцев, наравне с землями всех вообще русских подданных, положены были по царевым писцовым книгам в сохи и частнее – в выти или обжи и что потому церковные крестьяне, кроме оброков и повинностей своим владельцам, должны были отбывать и государственные повинности. Исключение составляли, кажется, только те земли, которые духовные владельцы обрабатывали на самих себя, по крайней мере, о пашнях приходских церквей обыкновенно, а иногда и о пашнях монастырских говорится в писцовых книгах: «В обжы (или сохи) не положены». Правда, нередко и некоторые земли крестьян духовных владельцев освобождались княжескими грамотами от даней и пошлин князьям; но освобождались только на срок, а не навсегда – обыкновенно на два, на три года или на десять, даже на пятнадцать лет; всего чаще льгота эта давалась для привлечения новых поселенцев на церковные земли. Да и на урочные годы церковные крестьяне освобождались редко от всех податей и повинностей, а большею частию только от некоторых, и преимущественно от тех, которые должны были бы нести в пользу местных княжеских чинов, так как крестьяне церковные отбывали этого рода повинности таким же чинам, только поставленным над ними духовными землевладельцами. Главная льгота в отбывании государственных податей и повинностей для церковных крестьян состояла в том, что они были освобождены от многочисленных гражданских сборщиков, от их наездов, поборов и притеснений, лежавших всею тяжестию на прочих земледельцах, и что эти подати с церковных крестьян были собираемы самими их духовными владельцами чрез приказчиков и доставляемы в казну государеву. Таким образом, хотя жалованными грамотами князей земли и вотчины нашего духовенства были поставлены в независимость от местных государственных властей и в административном, и в судебном, и в финансовом отношениях и находились только в зависимости от своих духовных владельцев и поставляемых ими управителей, тем не менее земли эти и вотчины не были вовсе выделены из общего строя государства, не составляли как бы государства в государстве, а подлежали наравне со всеми другими землями и вотчинами и некоторым общим государственным законам.