Из афонских монастырей Иван IV наиболее благодетельствовал Пантелеимонову, называвшемуся русским и ктиторией русского государя, и сербской Хиландарской лавре. В 1543 г. он пожаловал первому монастырю грамоту, в которой приказывал не только давать его старцам свободный проезд по России и не брать с них на пути никаких пошлин, но и доставлять им корм и подводы. По этой-то, конечно, грамоте приходили к нам в 1547 г. из Пантелеимонова монастыря строитель Савва и три другие брата просить милостыню «на прокормление, вспоможение и искупление» своей обители, и, после того как государь «почтил их и удовлетворил» из собственной казны, митрополит Макарий написал еще окружное воззвание ко всем сынам Русской Церкви, приглашая их жертвовать по мере сил на ту же обитель. В 1550 г., извещая государя о полученной от него милостыне, братия обители извещали также, что на деньги, присланные его покойным отцом, они построили лишь половину монастырской ограды, а другая половина рассыпалась, что монастырь задолжал 600 рублей и терпит насилия не только от турок, но и от греков, отнявших у него многие его земли, и умоляли вновь пособить им и написать о них турецкому султану. Иван Васильевич не отказал в пособии и действительно написал турецкому султану, прося Пантелеимонову монастырю «защищения и облегчения дани». В 1554 г. царь приказал выдать старцу этого монастыря Евфимию грамоту на беспрепятственное путешествие по России для сбора пожертвований, а в 1571 г. чрез купца Барзунова послал в этот монастырь двести рублей по царице своей Анастасии, сто пятьдесят по брате Юрии и серебряную чашу по царице Марии.