Около того же времени, когда в Москве происходили эти мирные прения о вере между представителем папства и православным святителем, в небольшом городке Ливонии, находившейся некогда под властию русских князей, в нашем древнем Юрьеве (Дерпте), совершено ревнителями латинства страшное насилие над православными. Там был Русский конец, т. е. населенный русскими, и в нем издавна существовали две русские церкви: одна – во имя святителя Николая, другая – во имя великомученика Георгия. Не далее как в 1463 г. Юрьевский бискуп, посадники и ратманы вновь заключили в Пскове с великим князем московским договор, которым обязывались давать русскому государю пошлину «по старине» и также «Русский конец и св. церкви держать по старине и по старым граматам, а не обидеть». Между тем в это самое время и начали наиболее обнаруживаться обиды русским в Юрьеве, так что один из русских священников – Иоанн, служивший при церкви святого Николая, нашелся вынужденным удалиться со всем своим семейством в Псков, где, по смерти жены своей приняв монашество с именем Ионы, положил основание Псково-Печерскому монастырю (около 1470 г.). А другой священник, Исидор, решившийся не оставлять своей паствы до конца, вскоре должен был вкусить мученическую смерть. В начале 1472 г., на праздник Богоявления, когда Исидор с своими прихожанами вышел на реку Амовжу (ныне Эмбах) и совершал водосвятие, на них внезапно устремились по приказанию своего бискупа толпы ливонских немцев, схватили священника и до 72 его прихожан, мужей и жен, и повлекли их сначала пред лицо бискупа, а потом в темницу. Очень вероятно, что власти и жители Дерпта если и терпели в своем городе православную церковь, то только под условием, как это делалось иногда и в других городах латинской веры, чтобы православные отправляли свои церковные службы скромно и скрытно, а отнюдь не публично и не торжественно, и что потому-то крестный торжественный ход русских на реку и возбудил в немцах религиозный фанатизм. Кроме того, против Исидора еще прежде сильно вооружен был бискуп, так как ему было донесено, что Исидор при своих религиозных собеседованиях с немцами, с жаром защищая свое исповедание, смело порицал веру латинскую. По заключении Исидора в темницу бискуп послал приглашение к старейшинам города, чтобы они собрались в ратушу. Потребовали в ратушу и Исидора с его прихожанами: здесь их судили и убеждали не упорствовать более в своем православии, сделаться католиками и сознаться, что они несправедливо хулили латинскую веру. Но Исидор и его духовные дети остались непреклонными и все по приговору своих жестоких судей 8 генваря потоплены были в реке Амовже на том самом месте, где ими устроен был иордан для водосвятия. Весною по вскрытии Амовжи, когда спали ее разлившиеся воды, тела страдальцев найдены на берегу ее в трех верстах от Дерпта, все в одном месте, ничем не поврежденные. Проезжие православные купцы некоторых похоронили тут же, а других перевезли в Дерпт и погребли у церкви святого Николая. Через два года (в 1474 г.) юрьевцы снова заключили с великим князем московским договор, в котором статья первая гласила: «Што св. Божии церкви у Юрьеве, у Руском концы, и Руский конец, и то честному бискупу, и посадником юрьевским, и всем юрьевцом держати честно, по старыне и по крестному целованью и не обидети» (А. Запад. Рос. 1. № 69 ). А в 1481 г. при возобновлении этого договора сказано было: «Бискупу Юрьевскому, и посадником, и ратманом юрьевским церкви Божии св. Николы и св. Георгия очистити и Руский конец и села тых церквей очистити по крестному целованью, по старыне» (там же. № 75. С. 97 ).