Исидор, осужденный в России за измену православию, удалился в Рим и хотя продолжал титуловать себя Русским митрополитом, но не был признаваем Русскою Церковию. Великий князь Василий Васильевич многократно пытался послать своих послов в Константинополь известить царя и патриарха об измене Исидора и просить их о поставлении для России нового митрополита, но не находил возможности. Ему постоянно препятствовали домашняя кровавая борьба, которую он вел с князем Димитрием Шемякою, грабежи и разбои, совершавшиеся на пути из России в Константинополь, а особенно то, что в самом Константинополе не к кому было обратиться: и царь и патриарх держались Флорентийской унии. От них нельзя было ожидать ни осуждения Исидору, ни назначения на место его нового православного митрополита. Напротив, второй после Митрофана (4 мая 1440 г. – 1 августа 1443 г.) латинствовавший патриарх Григорий Мамма (7 июля 1446 г. – август 1451 г.) принимал у себя Исидора и рукоположил вместе с ним в Константинополе епископа Даниила на епархию Владимиро-Волынскую, а когда киевский князь Александр Владимирович, зять великого князя Василия Васильевича московского, спросил его, патриарха, чрез своего слугу о Флорентийской унии, то написал к этому князю, восхваляя унию, чтобы он принял «кира Исидора, митрополита и кардинала», имел к нему послушание и не принимал к себе никакого епископа или инока, которые учат несогласно с Флорентийскою униею. Что же оставалось делать? Ждать более благоприятных обстоятельств? Но Россия и без того ждала уже очень долго и около семи лет оставалась без митрополита. А притом неизвестно было, настанут ли и скоро ли настанут такие обстоятельства в Константинополе. И вот Василий Васильевич решился на последнее средство, какое у него оставалось, – решился созвать всех епископов своей земли и предложить им, чтобы они сами поставили для России митрополита, и именно Иону, епископа Рязанского, как избранного к тому еще прежде. По зову великого князя прибыли в Москву епископы: Ефрем Ростовский, Аврамий Суздальский, Варлаам Коломенский, Питирим Пермский, а владыки – Новгородский Евфимий и Тверской Илия прислали свои грамоты, в которых выражали свое согласие на поставление Ионы в митрополита. Собор открылся в церкви святого архангела Михаила, и здесь присутствовали, кроме святителей, множество архимандритов, игуменов и прочего духовенства. Прежде всего обратились к правилам святых апостолов и Соборов и нашли, что правила эти не только не возбраняют, напротив, повелевают епископам известной области поставлять большего святителя или митрополита. Чувствовали, что в России для этого нужны согласие и благословение Цареградского патриарха, и сослались на то, что патриарх с своим освященным Собором уже давно благословил Иону быть митрополитом после Исидора, когда Иона ездил в Константинополь. Припомнили, что в России и прежде по нужде ставились митрополиты Собором своих архиереев: Иларион при великом князе Ярославе и Климент при Изяславе. Вследствие всего этого Иона, епископ Рязанский, 5 декабря 1448 г. поставлен был в митрополита. Самое поставление состояло в том, что при совершении Ионою Божественной литургии на него возложен был митрополичий омофор, а в руки ему дан был великий митрополичий посох – символ митрополитской власти. Это был первый митрополит, поставленный своими епископами собственно в Москве, тогда как прежние два опыта совершены были еще в Киеве.
Поставление митрополита Ионы, хотя имело все свойства законности, но как выходившее из ряда естественно должно было привлечь на себя внимание и возбудить мнения и толки. Потому сам святитель сознавал нужду выяснять значение этого события верующим. Едва только взошедши на свою кафедру, он в своей окружной грамоте ко всем христианам русским между прочим писал: «Вам известно, дети, сколько лет вдовствовала Церковь Божия без большего святителя, без митрополита, и оттого много учинилось лиха и истомы христианству нашей земли. И ныне, волею Божиею, собрались на священный Собор владыки, и архимандриты, и игумены со всем великим Божиим священством нашей земли и, припомнив прежнее о нас повеление святого царя и благословение святого Вселенского патриарха и всего святого Вселенского Собора, поставили меня митрополитом по Божественным правилам и по думе господина сына моего великого князя Василия Васильевича и младшей его братии – князей, которые, пока было в Царьграде православие, оттуда принимали и благословение и митрополита». Еще подробнее излагал дело святой Иона в послании к киевскому князю Александру Владимировичу: «Ты сам знаешь, что сталось в Царьграде в царях и в патриаршестве... В великой соборной церкви и в палате царской начали поминать имя папы, тогда как ни в монастырях, ни в одной из церквей во всем Царьграде и во всей Святой горе нигде не поминается имя папино, а держат все по милости Божией добрую старину. Посему доселе в Русской митрополии не было митрополита – не к кому было посылать: царь не таков, и патриарх не таков; они иномудрствуют и приближаются к латинам». Затем Иона говорил, как великий князь Василий Васильевич, ревнуя об отечественной Церкви, многократно («во многия времена») совещался со всеми святителями и другими пастырями своей земли, сносился со всеми православными князьями, разыскивал старину, представившую примеры поставления митрополитов если не в Москве или Владимире, то в Киеве, и как наконец Собор русских иерархов поставил его, Иону, митрополитом по священным правилам и по прежнему благословению, данному ему еще в Царьграде от патриарха. Эти же самые мысли и объяснения святой Иона повторял и впоследствии в своих посланиях к литовским епископам. И не напрасны были такие объяснения: известно, например, что даже преподобный Пафнутий Боровский соблазнялся поставлением митрополита Ионы, не велел называть его митрополитом, не хотел исполнять в своей обители его пастырских распоряжений и объяснялся с ним непочтительно, так что Иона жаловался великому князю Василию Васильевичу, и Пафнутий, заключенный в оковы, должен был довольно времени просидеть в темнице, пока не смирился, не покаялся и не получил благословения от митрополита возвратиться в свою обитель.