В то же время между профессорами процветали интриги, доносы, ссоры. Собрание ученого совета университета проходило во взаимных обвинениях в темных интригах, составлении фальшивых протоколов, во взяточничестве и т. п.
Автор многотомной истории Казанского университета Н. П. Загоскин так характеризовал эпоху попечительства Магницкого (1819–1826); «Массовые увольнения неугодных Магницкому профессоров, признанных им неблагонадежными, с заменой их попечительскими креатурами, фарисейская благонамеренность, часто скрывающая под своей личиной невежество и нравственные недостатки; развитие лицемерного ханжества среди учащих и учащихся; запрещение одних наук и ограничение в преподавании других рамками узких и тенденциозно составленных программ».[48]
Следующей жертвой реакции стал преобразованный в 1819 году из Главного педагогического института Петербургский университет. Первоначально он состоял из трех отделений: 1) наук юридических и философских, 2) наук исторических и словесных, 3) наук математических и физических. В отличие от Московского университета здесь не было четвертого, медицинского отделения, так как в Петербурге существовала Медико-хирургическая академия. Отделения возглавляли профессора Лодий, Герман и Чижов. Первым ректором Петербургского университета стал профессор М. А. Балутьянский, видный специалист в области политических и юридических наук, человек прогрессивных взглядов, друг Сперанского и автор многочисленных проектов по крестьянскому, финансовому и другим вопросам. Для преподавания были привлечены выдающиеся ученые и педагоги. Большую популярность заслужили такие профессора университета, как А. П. Куницын, блестящий оратор, любимый лицейский педагог, пламенный патриот, известный своими выступлениями и статьями в период Отечественной войны. Куницын читал естественное право и общую теорию права. В 1815–18 годах он опубликовал на страницах журнала «Сын Отечества» статьи, в которых отстаивал преимущества конституционной формы правления. Европейски образованный специалист, историк и литератор (впоследствии известный драматург) профессор Э. Раупах преподавал всеобщую историю. Курсы статистики и географии читали К. Ф. Герман и К. И. Арсеньев. Профессор К. И. Герман, «ученик знаменитого Шлёцера в Геттингене был, по отзывам современника, человек умный и ученый… честный и добрый». К. И. Арсеньев был учеником профессора Германа, его лекции привлекали студентов как доступностью и четкостью изложения, так и политическим анализом материала, антикрепостническими убеждениями. Талантливым педагогом и ученым был и декан математического отделения профессор Д. С. Чижов.
С 1 ноября 1819 года начался первый учебный семестр в Санкт-Петербургском университете. И если укомплектование университета педагогическими кадрами прошло вполне успешно — значительная группа его профессоров стала украшением отечественной науки, то набор студентов представил значительные трудности. 100 казеннокоштных студентов (то есть студентов, находившихся на государственном обеспечении, получавших стипендию и общежитие — Н. Я.) были переведены из Главного педагогического института. Однако на дополнительный прием «своекоштных» студентов было подано только 27 прошений на 3 отделения. Один из поступающих был принят без экзамена «по удовлетворительному гимназическому аттестату». Итоги экзаменов остальных оказались печальными: троим было вообще отказано в приеме «по совершенной неудовлетворительности знаний», шестеро были подвергнуты переэкзаменовке, причем двое тут же от нее отказались; один абитуриент оказался крепостным и был оставлен вольнослушателем, остальные же были приняты, «несмотря на то, что большая часть их не показала в латинском языке никаких сведений».[49]
Надо заметить, что и в последующие годы число студентов возрастало медленно. К 1823 году число своекоштных студентов увеличилось только на три человека. Одной из причин этого было то, что некоторые предметы читались на латинском языке, естественно, что слабое знание его создавало студентам большие трудности. Основной же причиной малочисленности созданных в начале XIX века русских университетов было все же, видимо, то, что дворяне избегали высших учебных заведений смешанного типа, стараясь определить своих детей в закрытые привилегированные училища.
Предполагалось, что деятельность нового университета будет строиться на основе устава, проект которого разрабатывал М. А. Балугьянский. Он предопределял расширение учебной программы и научной базы университета, введение прогрессивных методов обучения, связь университетской науки с народнохозяйственной жизнью страны. Но не успев еще окрепнуть. Петербургский университет стал жертвой правительственных репрессий. Недовольство администрации возбудила книга Куницына «Право естественное», которая, несмотря на положительные отзывы ученых и педагогов, в числе которых были Балугьянский и директор Царскосельского лицея Энгельгардт, была признана «сбором пагубных лжеумствований». В результате последним был объявлен выговор за допущение в подведомственных им учебных заведениях «вредного сочинения», Куницын же был уволен из университета.