В трилогии Горького ослаблены черты семейно — бытового романа. Если они присутствуют в первых двух ее частях, особенно в «Детстве», то полностью утрачены или отброшены в завершающей повести. Символом утраты героем прежних кровных, родственных связей выступает в «Моих университетах» настигшая его весть о смерти бабушки. Последний, уходящий свет этой души блеснет в повести всего лишь раз, на первой странице. В словах бабушки внуку Алеше звучит вещая оценка и пророческое предвестье его внутренней драмы — борьбы двух начал в его душе: жалости, любви к людям, которые в нем — от бабушки, и гнева, «строгости», «зла» к ним — «от деда». «Провожая меня, бабушка советовала:
— Ты — не сердись на людей, ты сердишься все, строг и заносчив стал! Это — от деда у тебя, а — что он, дед? Жил, жил, да в дураки и вышел, горький старик».
В духовном становлении героя жизненно важной для него проблемой оказывается вопрос о роли любви в бытии современного человека (в повести изображен период 80–х годов прошлого века): «Вопрос о значении в жизни людей любви и милосердия — страшный и сложный вопрос — возник предо мною рано, сначала — в форме неопределенного, но острого ощущения разлада в моей душе, затем в четкой форме определенно ясных слов: «Какова роль любви?“»
Встречи с людьми, раздумья над их отношениями, над жизнью давали неоднозначный ответ на этот вопрос, толкали мысль нередко в сторону, отличную от традиционно христианской точки зрения. В сознании Пешкова не раз возникает ядовитая мысль о «злости». Жизнь волжских «грузчиков, босяков, жуликов» притягивает его именно этим: «Мне нравилась их злоба на жизнь, нравилось насмешливое враждебное отношение ко всему в мире и беззаботное к самим себе».
Испытующую проверку в сознании героя проходят люди. взявшие на себя миссию проповедников добра и любви. Значительна и красноречива в повести встреча Пешкова с первым на его пути толстовцем Клопским. Горький, мастер в создании портретов — характеров, строит образ толстовца Клопского, как и множества других эпизодических лиц, на косвенном выявлении — через бытовые, портретные, речевые детали — присущих персонажу внутренних несоответствий, противоречий проповеди и поведения, вероучения и действия, высоких слов и пустяковых дел. Эпизод встречи Пешкова с Клопским в доме приютивших его девушек — помещиц начинается диссонирующей с обликом «бездомного апостола» деталью, которая подчеркивает, с каким наслаждением этот аскет вкушает плоды земные («Он черпал серебряною ложкой из тарелки малину с молоком, вкусно глотая, чмокал губами и, после каждого глотка, сдувал белые капельки с редких усов кота»), и кончается нотой глухого равнодушия его к тревогам юной души, прозвучавшей в обращении Клопского к Алеше («А ты — кто?..» «Что? Устал я, прости!»).
Формирование личности центрального героя — это в значительной степени история идей, которые тянут его «во все стороны». Это и проповедь толстовской любви, и ницшеанские идеи о вреде жалости, и марксово учение о борьбе классовых интересов, и размышление о попытке примирить Ницше с Марксом». Фигура казанского студента — филолога, предпринимающего попытку подобного примирения, в воспоминании рассказчика встает в ряду «великомучеников разума», память о которых для него «священна». Среди вопросов, волнующих Алешу Пешкова, неизбежно возникает и такой, ницшеанский: «Предо мною стеной встал вопрос: как же? Если жизнь — непрерывная борьба за счастье на земле, — милосердие и любовь должны только мешать успеху борьбы?»