Корень характера Самгина — и в этом типичная для интеллигенции болезнь духа в понимании Горького — гипертрофия «самости», крайний индивидуализм. В это метит автор уже фамилией героя — Самгин — и всей историей его жизни, начиная с момента появления Клима на свет и сцены придумывания ему имени: родители озабочены тем. чтобы сразу выделить сына — имя должно быть необыкновенно и простонародно (прогрессивно). Стремление во что бы то ни стало выделиться из окружения, отличиться, с детства подогреваемое в Климе семьей, атмосферой дома, всей средой, постепенно формирует в характере героя расхождение формы и сущности (роль исключительного ребенка, ранняя поза солидности, дымчатые очки, чтобы не походить на сверстников, выдумывание самого себя, ложные самооценки, когда, например, Самгин, автор скучных, посредственных статей, мысленно ставит себя рядом с Писаревым или Чеховым). Чтобы утвердиться в чувстве превосходства над людьми, Клим совершенствуется в умении находить, а чаще воображать во всех известных ему лицах неприглядные черты — глупости, тщеславия, злобы и др. Для него узнать человека — значит уличить, «обнажить человека, вывернуть его наизнанку», поймать на какой — то фальши. Это качество героя, надо признать, с излишней настойчивостью, почти навязчиво педалировано в романе. Смысл игры на понижение ценностей, которую постоянно ведет Самгин, точно улавливается в реплике Лютова, адресованной Климу (а перекрестный огонь взаимооценок персонажей — один из ключевых приемов их характеристики в романе): «Легко, брат, убеждать людей, что они — дрянь, они этому тоже легко верят, черт их знает почему! Именно эта их вера и создает тебе и подобным репутации мудрецов».
Такая установка героя приводит его к неизбежной потере непосредственности и естественности, культивирует в нем сухо рассудочное. черство рационалистическое отношение к миру. «Скучно», «противно», «глупо» — основной тон его восприятия реальной жизни, окрашивающий собой и тон повествования в романе. Иссушающе рефлектирующее, рассудочное мировосприятие Самгина особенно недвусмысленно обнаруживает себя в сюжетах его любовных увлечений, в его отношениях к женщине («слежка» за собой в страхе — как бы не показаться смешным и глупым) или в сценах его общения с природой.
Во взаимоотношениях Самгина с людьми, с миром автор подчеркивает не только созерцательность и недостаточную действенность, но и на поверку — устойчивое равнодушие, когда интерес к человеку (а он несомненно присутствует у Клима) не выходит за пределы холодного, испытующего и ироничного любопытства (вспомним, например, эпизоды смерти людей, близких Самгину, — жены Варвары, Марины Зотовой, Лютова, Туробоева).
Другой важнейший узел внутренних противоречий в характере Самгина — это его отношение к правде и иллюзии, к реальности и мечтаниям о ней — сквозной мотив не только «Жизни Клима Самгина», но творчества Горького в целом, дилемма, на острие которой он испытывал многих своих героев, как испытывал в жизни самого себя. Отношение Самгина к правде двоится. С одной стороны, в своих собственных глазах он — сторонник полной объективности и трезвой правды, «не романтик». И это уже некое противоречие, некий даже парадокс: человек, «выдумывающий» самого себя, вся жизнь которого подчинена желанию «показать себя» (мудрецом, революционером, оригиналом и пр.), считает себя адвокатом правды. Но загадка, оказывается, лежит еще глубже, не только в ложной самооценке. Клим и в самом деле не раз на протяжении романа оказывается сторонником правды. Одной из ключевых здесь является сцена освящения церковного колокола, когда Самгин с приятелями — Лидией, Лютовым, Алиной, Макаровым — наблюдает, как огромный колокол поднимают на колокольню. Выразительно передано ощущение торжественного момента, восхищение чудесной силой народа (образ богатыря кузнеца) и страшною нарастающего напряжения. И в этот миг, когда у всех участников сцены создается впечатление, что люди поднимаются, внутренне растут в трудном общем деле («выпрямлялись», «как бы желая оторваться от земли», «тянутся все, точно растут»), Самгин опровергает это: «Врешь», — подумал Клим Самгин. И в чем — то оказывается прав, словно предвещая последовавшее затем несчастье, когда оборвалась веревка и был задавлен молодой парень. Самгин здесь, как и в других подобных ситуациях, выступает в роли правдолюба, похожего на Бубнова из пьесы «На дне», правда — констатация которого по сути есть отрицание надежды, отрицание возможностей развития. Такого рода бубновская философия, как известно, была абсолютно неприемлемой для Горького.