Арестантов предписывалось содержать в строжайшей воинской дисциплине, в "наилучшей чистоте и опрятности" и брить особым образом: первым 2 разрядам — спереди полголовы от одного уха до другого, а 3-му разряду — от затылка до лба полголовы, с левой стороны. Состоявшие в 3-м разряде заковывались все без изъятия в кандалы; в 1-м и 2-м разряде — освобождались от оков, но в случае побега арестанта всех состоявших в том отделении тотчас же заковывали в кандалы, потому что "они одни за других должны ответствовать".
Строго запрещалось употреблять арестантов на другие какие-либо работы, кроме казенных. В свободное время заключенные должны были обучаться маршировке и военному строю. За леность и нерадение к работам предписывалось наказывать на месте же, не свыше 50 ударов унтер-офицерскою тростью. Широким применением пользовались и шпицрутены, в случае совершения преступления и предания военному суду. Розги могли быть назначаемы от 50 до 150 ударов.
При императоре Николае I арестантские роты стали так же использоваться в качестве мест заключения и для гражданских лиц, совершивших тяжкие уголовные и политические преступления. В одной из таких арестантских рот отбывал наказание за участие в тайном политическом обществе Петрашевского будущий известный русский писатель Ф.М. Достоевский. Свое пребывание в ней он описал в книге "Записки из мертвого дома".
Арестантские роты Морского ведомства были сформированы в составе "военных портов" (военно-морских баз — по нынешней терминологии) Балтийского и Черного морей в1826 году. Документы, определяющие и регулирующие их деятельность и структур, в виде различных "Положений" были изданы в феврале 1830, в декабре 1831 и в ноябре 1833 годов. Арестанты морских рот содержались наравне с арестантами военного ведомства, a сами роты подчинялись- "Капитану над портом".
В конце 30-х гг. ХIХ века в России имелось 55 арестантских рот в 33 городах.
Арестантская рота военных ведомств состояла из постоянного состава — 28 офицеров, унтер-офицеров и солдат и переменного состава — 100–250 арестантов. Командовал ротой "плац-майор" с правами батальонного командира. Он подчинялся коменданту крепости или командиру военного порта, на территории которых или поблизости от которых находилась его рота.
После отбытия наказания в арестантской ротах бывшие арестанты из числа военнослужащих — нижних чинов — вновь направлялись на военную службу.
Накануне Крымской войны в военных портах Севастополя и Николаева имелось 20 арестантских рот Морского ведомства с номерами с 11 по 30-ю, которые подчинялись "Инспектору ластовых команд, рабочих экипажей и арестантских рот" контр-адмиралу Метлину Н.Ф. По современной терминологии он был начальник тыла Черноморского флота.
В Первой обороне Севастополя 1854–1855 годов принимали участие 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 — я арестантские роты Севастопольского военного порта. Ими командовали подпоручик Бондаренко А.С., штабс-капитан Пономарев Е.С., штабс-капитан Коростылев, капитан Захаров, поручик Александров А., штабс-капитан Данилович С.И., поручик Петров, поручик Тарасов С.П., поручик Шеин В.А., капитан Андрузский Я.Н., поручик Зайцев Н.Н., поручик Ермоленко. Всего в этих ротах к началу Первой обороны Севастополя находилось 2300 арестантов.
В начале Первой обороны, арестантов этих рот начали массово использовать на строительстве укреплений, подносе боеприпасов на батареи, а так же на работах по сбору тел убитых и их дальнейшем захоронении на воинских кладбищах. Затем, постепенно арестантов стали все больше и больше привлекать к участию в непосредственных боевых действиях. К концу Первой обороны Севастополя в находившихся в городе арестантских ротах оставалось около 70 офицеров, 161 унтер-офицер и солдат, и 1026 арестантов.
Кроме них, в тылу, событиях Крымской войны и Первой обороны Севастополя принимали участие и арестантские роты гражданского ведомства, такие например, как Херсонская и Екатеринославская, созданные в 1834 году для строительства каменной набережной в городе Херсоне.
Спустя полгода после окончания Крымской войны, в конце 1856 года, весь оставшийся в живых личный состав арестантских рот, участвовавший в обороне Севастополя был амнистирован, и уволен с воинской службы, с последующим оказанием государственной помощи в выборе места жительства и трудоустройства.
Об участии арестантских рот в Первой обороне Севастополя упомянуто в романе Филиппова "Осажденный Севастополь", который стал в России первым художественным литературным произведением, посвященным Первой обороне Севастополя.