В 1940 году Эстония, Латвия и Литва вошли в состав Советского Союза. Епархии, расположенные на этой территории, в 1941 году были возвращены в юрисдикцию Московской Патриархии. Местоблюститель Патриаршего Престола назначил своим Экзархом в Прибалтике митрополита Сергия (Воскресенского), который после кончины митрополита Елевферия (в 1940 году) занял Виленскую кафедру.
Мировая и Отечественная война, война русского народа и союзных ему народов с поработителями вызвала размежевание в эмиграции. Решительное большинство ее исполнилось патриотических настроений. Русские в Америке, союзной СССР (большинство из них входило в митрополичий округ, который после смерти митрополита Платона (Рождественского; +l934) возглавлялся митрополитом Феофилом (Пашковским)) сочувствовали победам Красной Армии. Экзарх Московской Патриархии в Америке митрополит Вениамин (Федченков) выступал на многочисленных митингах, добивался скорейшего открытия второго фронта, организовывал сбор пожертвований в пользу Красной Армии.
О победе русского оружия втайне молился в оккупированном немцами Париже митрополит Евлогий. Своим близким он говорил тогда: "Сейчас мы переживаем вторую Отечественную войну, тот же всенародный подвиг спасения Родины". Так поступали и многие другие священнослужители Западноевропейского Экзархата. Русские патриоты участвовали во французском Сопротивлении. Многие из них были казнены фашистами. Мученическую кончину в концентрационном лагере приняли священники Димитрий Клепинин (+l944) и монахиня Мария (Кузьмина–Караваева; +1945); казнены были В. А. Оболенская, Б. Вильде, А. Левицкий. В Сопротивлении участвовали также архимандрит Афанасий (Сахаров), протоиерей Андрей Сергеенко, В. Н. Лосский, А. Блум (ныне митрополит Сурожский Антоний), И. А. Кривошеий, Н. А. Полторацкий.
Часть эмигрантов, однако, с нападением гитлеровской Германии на Советский Союз связывала надежду на крушение большевизма. Эти надежды выразились в некоторых официальных заявлениях и проповедях карловацких иерархов и клириков. Митрополит Анастасий, находясь в стране, где развернулась ожесточенная борьба с оккупантами, воздерживался от заявлений в поддержку Германии. Но в пасхальном послании 1942 года он, касаясь положения русского народа на занятых немцами территориях, писал: "Настал день, ожидаемый им (русским народом), и он ныне подлинно как бы воскресает из мертвых там, где мужественный германский меч успел рассечь его оковы. И древний Киев, и многострадальный Смоленск, и Псков светло торжествуют свое избавление как бы из самого ада преисподнего. Освобожденная часть русского народа повсюду давно уже запела: "Христос воскресе".
26 мая 1942 года, с согласия Германского правительства, был открыт Среднеевропейский митрополичий округ, в который вошли церкви Германии, Бельгии, Чехословакии, Венгрии, а также часть оккупированных западных областей СССР — Орловская, Смоленская и Белостокско–Гродненская епархии. Митрополитом этого округа был назначен православный немец Серафим (Лядэ), убитый после войны при невыясненных обстоятельствах; архиепископ Брюссельский Александр (Немоловский), состоявший в юрисдикции митрополита Евлогия, был арестован и выслан во Францию.
После избрания и интронизации Патриарха Сергия восемь карловацких епископов, собравшихся на совещание в Вене, вынесли постановление о недействительности этого избрания. Не признала Русская Зарубежная Церковь и избрание Патриарха Алексия.
Иначе воспринял весть об избрании Патриарха митрополит Евлогий и окружавшее его духовенство. Биограф митрополита Евлогия так описывает его настроение и последние месяцы Великой Отечественной войны: "Огромная непобедимая Россия…, гроза пограничных сильных держав, покровительница малых, сестра родная всех славян…, всемирный центр Православия…, казалось, теперь может развернуться со всей убедительностью исторической реальности… И было также убедительно, что Россия вознесена на вершину славы и справилась с врагом благодаря чьей-то железной воле, жестокость которой многим бы хотелось оправдать пользой…" В те дни побед впервые в Зарубежье стали раздаваться такие речи среди русских патриотов… Что-то незаметно сдвинулось, изменилось в старых привычных оценках, начала меркнуть самая о них память… Постепенно стало забываться незабываемое, о чем говорили так часто с амвона, в печати — о Соловках, о епископах–мучениках, об осквернении святынь… История перевернула страницу, и содержание следующей поглотило внимание, так оно казалось ново. Это новое — прекращение в России гонений на Церковь. Больше этого — согласие во взаимоотношениях государства и Церкви… Известие о прекращении гонений, а потом и о Соборе и избрании Патриарха Владыка воспринял как великую радость духовной победы, связанную с победой на полях сражений, как знак "прощенности" русского народа".