В состав Синода входили, помимо его Председателя–Патриарха, 12 членов: митрополит Киевский по кафедре, 6 архиереев по избранию Собора на три года и пять епископов, вызываемых по очереди на один год. Из 15 членов Высшего Церковного Совета, возглавляемого, как и Синод, Патриархом, три архиерея делегировались Синодом, а один монах, пять клириков из белою духовенства и шесть мирян избирались Собором. Выборы членов высших органов церковного управления состоялись на последних заседаниях первой сессии Собора перед его роспуском на рождественские каникулы.
Поместный Собор избрал в Синод митрополитов Новгородского Арсения, Харьковского Антония, Владимирского Сергия, Тифлисского Платона, архиепископов Кишиневского Анастасия (Грибановского) и Волынского Евлогия.
В Высший Церковный Совет Собор избрал архимандрита Виссариона, протопресвитеров Г. И. Шавельского и И. А. Любимова, протоиереев А. В. Санковского и А. М. Станиславского, псаломщика А. Г. Куляшова и мирян князя Е. Н. Трубецкого, профессоров С. Н. Булгакова, Н. М. Громогласова, П. Д. Лапина, а также бывшего министра исповеданий Временного правительства А. В. Карташова и С. М. Раевского. Синод делегировал в Высший Церковный Совет митрополитов Арсения, Агафангела и архимандрита Анастасия. Собор избрал также заместителей членов Синода и Высшего Церковного Совета.
13 (26) ноября Собор приступил к обсуждению доклада о правовом положении Церкви в государстве. По поручению Собора профессор С. Н. Булгаков составил Декларацию об отношениях Церкви и государства, которая предваряла „Определение о правовом положении Церкви в государстве“. В ней требование о полном отделении Церкви от государства сравнивается с пожеланием, „чтобы солнце не светило, а огонь не согревал. Церковь, по внутреннему закону своего бытия, не может отказаться от призвания просветлять, преображать всю жизнь человечества, пронизывать ее своими лучами“. Мысль о высоком призвании Церкви в государственных делах лежала в основе правового сознания Византии. Древняя Русь унаследовала от Византии идею симфонии Церкви и государства. На этом фундаменте строилась Киевская и Московская держава. При этом Церковь не связывала себя с определенной формой правления и исходила всегда из того, что власть должна быть христианской. „И ныне, — сказано в документе, — когда волею Провидения рушится в России царское самодержавие, а на замену его идут новые государственные формы, Православная Церковь не имеет определения об этих формах со стороны их политической целесообразности, но она неизменно стоит на таком понимании власти, по которому всякая власть должна быть христианским служением“. Меры внешнего принуждения, насилующие религиозную совесть иноверцев, признаны были несовместимыми с достоинством Церкви.
Острый спор возник вокруг вопроса о предполагавшемся в проекте „Определения“ обязательном Православии Главы государства и министра исповеданий. Член Собора профессор Н. Д. Кузнецов сделал резонное замечание: „В России провозглашена полная свобода совести и объявлено, что положение каждого гражданина в государстве… не зависит от принадлежности к тому или иному вероисповеданию и даже к религии вообще… Рассчитывать в этом деле на успех невозможно“. Но предостережение это не было учтено.
В окончательном виде „Определение“ Собора гласит: „1. Православная Российская Церковь, составляя часть Единой Вселенской Христовой Церкви, занимает в Российском государстве первенствующее среди других исповеданий публично–правовое положение, подобающее ей как величайшей святыне огромного большинства населения и как величайшей исторической силе, созидавшей Российское государство.
2. Православная Церковь в России в учении веры и нравственности, богослужении, внутренней церковной дисциплине и сношениях с другими автокефальными Церквами независима от государственной власти…
3. Постановления и указания, издаваемые для себя Православной Церковью, равно как и акты церковного управления и суда, признаются государством имеющими юридическую силу и значение, поскольку ими не нарушаются государственные законы…