Крайне напряженный характер приняла дискуссия о единоверии — давнем и сложном вопросе, отягощенном застарелыми недоразумениями и взаимными подозрениями. В отделе единоверия и старообрядчества не удалось выработать согласованный проект. Поэтому на пленарном заседании было представлено два диаметрально противоположных доклада. Камнем преткновения явился вопрос о единоверческом епископате. Один докладчик, епископ Челябинский Серафим (Александров), выступил против рукоположения епископов–единоверцев, усматривая в этом противоречие основанному на канонах территориальному принципу административного деления Церкви и угрозу отделения единоверцев от Православной Церкви. Другой докладчик единоверческий протоиерей Симеон Шлеев предложил учредить самостоятельные единоверческие епархии, после резкой полемики Собор пришел к компромиссному решению об учреждении пяти единоверческих викарных кафедр, подчиненных епархиальным архиереям.
Вторая сессия Собора совершала свои деяния, когда страна была охвачена гражданской войной. Среди русских людей сложивших свои головы в этой войне были и священники. 25 января (7 февраля) 1918 года бандитами в Киеве был убит митрополит Владимир. Получив это печальное известие, Собор вынес постановление, в котором говорится:
„1. Установить возношение в храмах за богослужением особых прошений о гонимых ныне за Православную веру и Церковь и скончавших жизнь сбою исповедниках и мучениках…
2. Установить по всей России ежегодное молитвенное поминовение в день 25 января или в следующий за сим воскресный день (вечером)… исповедников и мучеников“.
На закрытом заседании 25 января 1918 года Собор вынес экстренное постановление о том, чтобы „на случай болезни, смерти и других печальных для Патриарха возможностей предложить ему избрать несколько блюстителей Патриаршего Престола, которые в порядке старшинства и будут блюсти власть Патриарха и преемствовать ему“. На втором специальном закрытом заседании Собора Патриарх доложил, что постановление это им выполнено. После кончины Патриарха Тихона оно послужило спасительным средством для сохранения канонического преемства Первосвятительского служения.
5 апреля 1918 года, незадолго до роспуска на Пасхальные каникулы, Собор архипастырей Русской Православной Церкви принял постановление о прославлении в лике святых святителей Иосифа Астраханского и Софрония Иркутского.
Последняя, третья, сессия Собора продолжалась с 19 июня (2 июля) по 7 (20) сентября 1918 года. На ней продолжалась работа над составлением „Определений“ о деятельности высших органов церковного управления. В „Определении о порядке избрания Святейшего Патриарха“ устанавливался порядок, в основном похожий на тот, по которому был избран Патриарх на Соборе. Предусматривалось, однако, более широкое представительство на избирательном Соборе клириков и мирян Московской епархии, для которой Патриарх является епархиальным архиереем. В случае освобождения Патриаршего Престола „Определением о Местоблюстителе Патриаршего Престола“ предусматривалось незамедлительное избрание Местоблюстителя из числа членов Синода соединенным присутствием Священного Синода и Высшего Церковного Совета.
Одно из важнейших постановлений третьей сессии Собора — „Определение о монастырях и монашествующих“, разработанное в соответствующем отделе под председательством архиепископа Тверского Серафима. В нем устанавливается возрастной ценз постригаемого — не меньше 25 лет; для пострига послушника в более юном возрасте требовалось благословение епархиального архиерея. Определение восстанавливало древний обычай избрания настоятелей и наместников братией с тем, чтобы епархиальный архиерей, в случае одобрения избранного, представлял его на утверждение в Святейший Синод. Поместный Собор подчеркнул преимущество общежительства перед особожительством и рекомендовал всем монастырям по возможности вводить у себя общежительный устав. Важнейшей заботой монастырского начальства и братии должно быть строго уставное богослужение „без пропусков и без замены чтением того, что положено петь, и сопровождаемое словом назидания“. Собор высказался о желательности иметь в каждой обители для духовного окормления насельников старца или старицы. Всем монастырским насельникам предписывалось нести трудовое послушание. Духовно–просветительское служение монастырей миру должно выражаться в уставном богослужении, духовничестве, старчестве и проповедничестве.